Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F159 I0 R1
|
879 |
305.9 |
9588012 |
96.6% |
9262019 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,407,008 |
G→A |
6.1% |
intergenic (‑184/‑215) |
acrS ← / → acrE |
acrAB operon transcriptional repressor/cytoplasmic membrane lipoprotein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,407,008 | 0 | G | A | 6.1%
| 527.5
/ 15.4
| 148 | intergenic (‑184/‑215) | acrS/acrE | acrAB operon transcriptional repressor/cytoplasmic membrane lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (68/71); new base A (3/6); total (71/77) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 |
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
AGTGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGTATTTTTCT > CP009273/3406861‑3407157
|
agTGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGtt > 1:1678804/1‑150 (MQ=255)
gTGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGttt < 2:4446274/150‑1 (MQ=255)
gagaAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTa < 1:3246657/150‑1 (MQ=255)
gaAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAAt > 2:3884367/1‑150 (MQ=255)
aaaaTAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAAtt > 2:1672644/1‑150 (MQ=255)
aGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGcc < 1:150332/150‑1 (MQ=255)
gAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCctct < 2:464646/150‑1 (MQ=255)
gAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCctct > 1:2344453/1‑150 (MQ=255)
aGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCttt < 2:1775080/150‑1 (MQ=255)
aTCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAAccc < 1:1606665/150‑1 (MQ=255)
tCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCcg > 1:2155229/1‑150 (MQ=255)
tATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCcgcg > 1:3802894/1‑150 (MQ=255)
tCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTc > 1:3124686/1‑150 (MQ=255)
aCCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCaa > 1:787363/1‑150 (MQ=255)
aaTGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATa < 1:1536231/150‑1 (MQ=255)
aaTGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATa > 2:1515147/1‑150 (MQ=255)
aaTGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATa < 1:1536162/150‑1 (MQ=255)
aaTGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATa < 1:3256671/150‑1 (MQ=255)
aTGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATaa > 1:2487428/1‑150 (MQ=255)
aTGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATaa < 2:1269428/150‑1 (MQ=255)
aTGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATATACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATaa > 1:2488364/1‑150 (MQ=255)
tATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGATTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAg < 1:3508944/150‑1 (MQ=255)
tATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGATTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAg < 1:1099686/150‑1 (MQ=255)
tataCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGa < 2:203747/150‑1 (MQ=255)
aCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAata < 1:1980443/150‑1 (MQ=255)
aCGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAata < 1:4646115/150‑1 (MQ=255)
cGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAatat < 2:516616/150‑1 (MQ=255)
cGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAatat < 2:514448/150‑1 (MQ=255)
gagGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTaa > 1:2381893/1‑150 (MQ=255)
agGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATACTAAt < 2:4600521/150‑1 (MQ=255)
ggCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATc > 1:322811/1‑150 (MQ=255)
gCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCt > 2:3800521/1‑150 (MQ=255)
gCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCt < 1:1270186/150‑1 (MQ=255)
cTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCtt > 2:1171857/1‑150 (MQ=255)
tAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCttt > 1:1546518/1‑150 (MQ=255)
aaTATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCtttt < 1:2126577/150‑1 (MQ=255)
atatTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAATACAGTAGAATATTAATCttttt > 2:185750/1‑150 (MQ=255)
tatTGAGTTGCTATAAATCTTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGATTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCtttttt < 2:844794/150‑1 (MQ=255)
ttGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTtg < 2:4160391/150‑1 (MQ=255)
ttGTTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGATTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAGTATTAATCTTTTTGTGTGttt > 2:2343660/1‑150 (MQ=255)
tataAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGTGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATTATACAGTAGAATATTAGTGTTTTTTTGGGTGTTtgt > 2:3551496/1‑150 (MQ=255)
tataAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTAtgt > 2:4083452/1‑150 (MQ=255)
aaTCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCt > 1:3152630/1‑150 (MQ=255)
aaTCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCt > 1:3152624/1‑150 (MQ=255)
aTCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCtt < 2:3322719/150‑1 (MQ=255)
tCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATGAATCTTTTTTTGTGTTTATTTGCCTTg > 2:2555447/1‑150 (MQ=255)
cGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTga < 1:3187586/150‑1 (MQ=255)
gTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTgag < 2:2895709/150‑1 (MQ=255)
gTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTgag > 1:81169/1‑150 (MQ=255)
taaataaaTAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGAt < 1:2640624/150‑1 (MQ=255)
taaataaaTAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGAt > 1:3766687/1‑150 (MQ=255)
taaataaaTAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGAt > 1:1093752/1‑150 (MQ=255)
taaataaTATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCt < 2:2588696/150‑1 (MQ=255)
taaataaTATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCt < 2:195997/150‑1 (MQ=255)
taaataaTATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCt > 1:2687250/1‑150 (MQ=255)
taaataaTATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCt > 1:2687254/1‑150 (MQ=255)
tatatTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATa > 1:3209257/1‑150 (MQ=255)
atatTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATaa > 2:2615422/1‑150 (MQ=255)
ttACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTcc > 2:1497376/1‑150 (MQ=255)
ttACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTcc > 2:1950192/1‑150 (MQ=255)
ccTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTa < 1:4553137/150‑1 (MQ=255)
ccTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTa < 2:1683447/150‑1 (MQ=255)
ccTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTa < 2:3707709/150‑1 (MQ=255)
ccTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTa < 2:3018096/150‑1 (MQ=255)
cTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGATTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTAc < 2:1313310/150‑1 (MQ=255)
cTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGATTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTAc < 2:3722326/150‑1 (MQ=255)
aaGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACAt < 2:1884387/150‑1 (MQ=255)
aaGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACAt < 2:1884426/150‑1 (MQ=255)
aaGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACAt < 2:2419192/150‑1 (MQ=255)
aCATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATcgacg > 1:488737/1‑150 (MQ=255)
aTTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGaa < 1:2201163/150‑1 (MQ=255)
ttCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAAt > 1:60996/1‑150 (MQ=255)
ttCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAAt > 1:61687/1‑150 (MQ=255)
cTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATa < 2:1260523/150‑1 (MQ=255)
tACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATaa > 1:254724/1‑150 (MQ=255)
tACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATaa > 2:2541627/1‑150 (MQ=255)
cATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAAtt < 1:3098933/150‑1 (MQ=255)
cAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTAATAACTATTCCTTACATCGAATAATGATAATTTGt > 2:4179356/1‑150 (MQ=255)
aaTATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTa < 2:3988965/150‑1 (MQ=255)
aaTATATATTTCAATTTACGAAGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTa > 1:1871301/1‑150 (MQ=255)
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gTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGTATTtttct > 1:800943/1‑150 (MQ=255)
|
AGTGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGTATTTTTCT > CP009273/3406861‑3407157
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
