Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F121 I0 R1
|
856 |
273.6 |
9081716 |
94.1% |
8545894 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
4,167,908 |
T→A |
19.0% |
W80R (TGG→AGG) |
nusG → |
transcription termination factor |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 4,167,908 | 0 | T | A | 19.0%
| 817.0
/ 182.5
| 315 | W80R (TGG→AGG) | nusG | transcription termination factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (133/122); new base A (32/28); total (165/150) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.87e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
TCAAATTACACAACATGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGTTTGAA > CP009273/4167759‑4168057
|
aaTTACACAACATGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGc > 1:892355/1‑150 (MQ=255)
cacaACATGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTg > 2:604293/1‑150 (MQ=255)
acaacaTGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTgg > 1:3581869/1‑150 (MQ=255)
acaacaTGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTgg > 2:4138546/1‑150 (MQ=255)
acaacaTGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTgg > 1:199327/1‑150 (MQ=255)
aacaTGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTg > 2:1182239/1‑150 (MQ=255)
acaTGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTgc < 2:3876688/150‑1 (MQ=255)
caTGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAACGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTgcg < 2:3722203/150‑1 (MQ=255)
tGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCa > 1:2367349/1‑150 (MQ=255)
tGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCa > 1:3981690/1‑150 (MQ=255)
aGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGt > 2:2734527/1‑150 (MQ=255)
gATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTa > 1:1080504/1‑150 (MQ=255)
aTTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTAc < 1:3418028/150‑1 (MQ=255)
tttgtttgGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTAcc < 2:4006649/150‑1 (MQ=255)
ttgtttgGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACcg < 2:2490695/150‑1 (MQ=255)
tgGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCgtgt < 1:637529/150‑1 (MQ=255)
tgGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCgtgt > 2:3915383/1‑150 (MQ=255)
tgGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGAGGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCgtgt > 1:793540/1‑150 (MQ=255)
ggTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGtgtg > 2:1887259/1‑150 (MQ=255)
tGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGAt < 2:4472223/150‑1 (MQ=255)
aaGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATgg < 1:3682365/150‑1 (MQ=255)
aGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATggg < 2:3925329/150‑1 (MQ=255)
gTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGc > 2:136527/1‑150 (MQ=255)
cATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCtt > 1:2302988/1‑150 (MQ=255)
aTGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTc < 2:1501113/150‑1 (MQ=255)
aTGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTc > 2:661326/1‑150 (MQ=255)
tACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATcg < 2:2769178/150‑1 (MQ=255)
tACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATcg > 2:3632565/1‑150 (MQ=255)
cAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATcggcg > 2:3232980/1‑150 (MQ=255)
aaCCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATcggcgg > 1:261351/1‑150 (MQ=255)
aCCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAACGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGt < 1:800697/150‑1 (MQ=255)
aCCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGt > 1:990856/1‑150 (MQ=255)
cGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTAc > 1:1336317/1‑150 (MQ=255)
cGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTAc > 2:3578263/1‑150 (MQ=255)
gaagaaGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACt > 2:781535/1‑150 (MQ=255)
gaagaaGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACt > 2:2391573/1‑150 (MQ=255)
gaagaaGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACt > 2:1560161/1‑150 (MQ=255)
aagaagTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACtt > 1:4100251/1‑150 (MQ=255)
aagaagTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACtt > 1:2812000/1‑150 (MQ=255)
agaagTGGTTGAAATCCGTGGCTGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTc > 1:592663/1‑150 (MQ=255)
aagTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCg > 2:333017/1‑150 (MQ=255)
tGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATc < 1:4481701/150‑1 (MQ=255)
ggTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCg < 2:1935716/150‑1 (MQ=255)
aaaTCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTg < 2:1599920/150‑1 (MQ=255)
aaaTCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTg > 2:3307485/1‑150 (MQ=255)
aTCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTgcg < 2:1097782/150‑1 (MQ=255)
aTCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTgcg < 1:1203966/150‑1 (MQ=255)
ccGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGcc < 2:1061467/150‑1 (MQ=255)
cGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCa > 1:1279882/1‑150 (MQ=255)
cGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCa > 2:1272560/1‑150 (MQ=255)
tGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAAt < 1:1710225/150‑1 (MQ=255)
ggTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGc < 2:2252499/150‑1 (MQ=255)
gTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCCGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCg < 2:1432512/150‑1 (MQ=255)
gTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCGTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCg < 2:421851/150‑1 (MQ=255)
cAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGAt < 2:283012/150‑1 (MQ=255)
cGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATaaa < 1:556519/150‑1 (MQ=255)
cGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATaaa < 1:2962734/150‑1 (MQ=255)
cGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATaaa < 1:2149928/150‑1 (MQ=255)
cGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAaagaa < 2:1841071/150‑1 (MQ=255)
cGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAaagaa > 2:937821/1‑150 (MQ=255)
aaaGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCg > 2:1145825/1‑150 (MQ=255)
gCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATg < 1:4513209/150‑1 (MQ=255)
aaCGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGa > 1:2543908/1‑150 (MQ=255)
aaCGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGa < 1:4178771/150‑1 (MQ=255)
aCGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGag > 2:2945882/1‑149 (MQ=255)
cGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGAtt < 1:3239009/150‑1 (MQ=255)
cGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGAtt < 2:513194/150‑1 (MQ=255)
cGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGAtt < 2:3694966/150‑1 (MQ=255)
gTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTa < 2:733981/150‑1 (MQ=255)
aaTTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGGGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTCTGa > 1:3847022/1‑150 (MQ=255)
aaTTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGa > 1:1133378/1‑150 (MQ=255)
tcttcCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAAcc > 2:3538126/1‑150 (MQ=255)
cttcCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCg > 2:4522032/1‑150 (MQ=255)
cttcCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCg > 2:4389669/1‑150 (MQ=255)
tcCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGcc > 1:137719/1‑150 (MQ=255)
tcCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGcc > 1:3906058/1‑150 (MQ=255)
cccTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCt < 1:3293196/150‑1 (MQ=255)
cccTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCt < 1:22305/150‑1 (MQ=255)
cccTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCt < 2:3075414/150‑1 (MQ=255)
ccTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTg < 2:1080504/150‑1 (MQ=255)
tACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGcagcag > 2:1737484/1‑150 (MQ=255)
gTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGtt > 1:158824/1‑150 (MQ=255)
cTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGt > 1:4360069/1‑150 (MQ=255)
tCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTg < 1:1478310/150‑1 (MQ=255)
cGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGa > 2:495282/1‑150 (MQ=255)
ttCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATa < 1:528817/150‑1 (MQ=255)
tCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATaa < 2:2200879/150‑1 (MQ=255)
tCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATaa < 1:2412304/150‑1 (MQ=255)
cAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAg < 1:1001977/150‑1 (MQ=255)
aGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTTGTGATAAGc > 1:4441221/1‑150 (MQ=255)
aGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGc < 2:2629347/150‑1 (MQ=255)
tgatgaACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTc > 1:1409375/1‑150 (MQ=255)
gaACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGaa < 1:3334152/150‑1 (MQ=255)
gaACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGaa > 1:713430/1‑150 (MQ=255)
gacgCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACg > 2:2097334/1‑150 (MQ=255)
gcgAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTg < 1:346440/150‑1 (MQ=255)
gAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGtt < 1:477727/150‑1 (MQ=255)
gAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGATGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGtt < 2:3409557/150‑1 (MQ=255)
gCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGTTTg < 1:1852373/150‑1 (MQ=255)
tGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGTTTGaa > 1:2941665/1‑150 (MQ=255)
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TCAAATTACACAACATGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGTTTGAA > CP009273/4167759‑4168057
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
