Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F202 I0 R1
|
1397 |
275.7 |
9089454 |
95.2% |
8653160 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
4,167,908 |
T→A |
7.5% |
W80R (TGG→AGG) |
nusG → |
transcription termination factor |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 4,167,908 | 0 | T | A | 7.5%
| 964.0
/ 52.1
| 292 | W80R (TGG→AGG) | nusG | transcription termination factor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (143/127); new base A (7/15); total (150/142) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.51e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
TCAAATTACACAACATGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGTTT > CP009273/4167759‑4168054
|
cAAATTACACAACATGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTg < 1:4183210/150‑1 (MQ=255)
cAAATTACACAACATGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTg > 1:3325760/1‑150 (MQ=255)
cAAATTACACAACATGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTg < 1:3289149/150‑1 (MQ=255)
cAAATTACACAACATGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTg > 1:1613527/1‑150 (MQ=255)
aaaTTACACAACCTGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTgg < 2:4091817/150‑1 (MQ=255)
aaaTTACACAACATGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTgg < 2:3954226/150‑1 (MQ=255)
aaaTTACACAACATGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTgg < 2:3954189/150‑1 (MQ=255)
aaTTACACAACATGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGc > 2:2691063/1‑150 (MQ=255)
aTTACACAACATGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCa < 2:710996/150‑1 (MQ=255)
aTTACACAACATGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCa < 2:362568/150‑1 (MQ=255)
acacAACATGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCt < 1:2095206/150‑1 (MQ=255)
acacAACATGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCt < 1:31252/150‑1 (MQ=255)
acacAACATGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCt > 2:1437029/1‑150 (MQ=255)
cacaACATGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTg < 1:1027458/150‑1 (MQ=255)
acaacaTGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTgg < 2:3015076/150‑1 (MQ=255)
acaacaTGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTgg > 2:3752836/1‑150 (MQ=255)
aacaTGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTg < 1:1491129/150‑1 (MQ=255)
acaTGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGCCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTgc > 2:2346613/1‑150 (MQ=255)
aTGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTgcgc > 2:1825368/1‑150 (MQ=255)
tGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCa < 1:951493/150‑1 (MQ=255)
gAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGc > 1:881815/1‑150 (MQ=255)
gAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGc > 1:1046522/1‑150 (MQ=255)
aaGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCg > 1:1939863/1‑150 (MQ=255)
aaGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCg > 1:1940012/1‑150 (MQ=255)
aGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGt > 1:523375/1‑150 (MQ=255)
aTTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTAc > 1:3928146/1‑150 (MQ=255)
aTTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTAc < 1:2366332/150‑1 (MQ=255)
ttgtttgGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACcg < 1:2623722/150‑1 (MQ=255)
tttgGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCgt > 2:3367294/1‑150 (MQ=255)
tttgGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCgt > 2:3367526/1‑150 (MQ=255)
tttgGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCgt < 2:823832/150‑1 (MQ=255)
ttgGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCgtg < 2:2582094/150‑1 (MQ=255)
tgGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCgtgt > 2:113736/1‑150 (MQ=255)
ggTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGtgtg < 1:1212325/150‑1 (MQ=255)
gTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGa > 2:435551/1‑150 (MQ=255)
gTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGa > 1:1037618/1‑150 (MQ=255)
gTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGa > 2:3481924/1‑150 (MQ=255)
gAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATg < 2:4525046/150‑1 (MQ=255)
gAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATg > 2:2421329/1‑150 (MQ=255)
cATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCtt < 2:2332258/150‑1 (MQ=255)
tGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCa < 1:1215843/150‑1 (MQ=255)
ggTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCAt < 1:2245023/150‑1 (MQ=255)
aCCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATcgg > 1:1216679/1‑150 (MQ=255)
aaCCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATcggcgg < 2:2515323/150‑1 (MQ=255)
aaCCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATcggcgg < 1:1755000/150‑1 (MQ=255)
aCCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGt > 1:1090466/1‑150 (MQ=255)
gaagaaGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACt > 1:2473649/1‑150 (MQ=255)
agTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGa > 2:1268984/1‑150 (MQ=255)
gTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGAt > 2:1249932/1‑150 (MQ=255)
tGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATc < 1:4423430/150‑1 (MQ=255)
tGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATc < 1:3989667/150‑1 (MQ=255)
ttGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTc < 2:884546/150‑1 (MQ=255)
gAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCt > 2:3529465/1‑150 (MQ=255)
aTCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTgcg > 1:2187134/1‑150 (MQ=255)
gTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCaa < 1:1359117/150‑1 (MQ=255)
tGGCGGTCAGCGTCGCAATAGCGATCGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGGTCAGATGGTGATGAAAGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAAt < 2:1677110/150‑1 (MQ=255)
tGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAAt < 1:1501140/150‑1 (MQ=255)
tGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCGTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAAt < 2:2181250/150‑1 (MQ=255)
gCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCa < 2:4322308/150‑1 (MQ=255)
cAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGAt < 1:708819/150‑1 (MQ=255)
aGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATa < 1:3232367/150‑1 (MQ=255)
aGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATa > 2:1184826/1‑150 (MQ=255)
gCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATaa < 1:4107723/150‑1 (MQ=255)
cGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATaaa < 2:1412860/150‑1 (MQ=255)
cGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATaaa < 2:2063861/150‑1 (MQ=255)
gTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAaag > 1:4259527/1‑150 (MQ=255)
gTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAaag > 1:2012388/1‑150 (MQ=255)
gCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAaagaag > 1:3575066/1‑150 (MQ=255)
cAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGt < 1:771615/150‑1 (MQ=255)
cAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGt > 1:443383/1‑150 (MQ=255)
aaaaGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTc < 2:3599034/150‑1 (MQ=255)
aGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGAt < 2:4175431/150‑1 (MQ=255)
gCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATg < 2:1637836/150‑1 (MQ=255)
cGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGc > 1:754239/1‑150 (MQ=255)
gAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCg > 1:124292/1‑150 (MQ=255)
gAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCg > 1:2912717/1‑150 (MQ=255)
cGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGAtt > 2:2344473/1‑150 (MQ=255)
cGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGAtt > 2:2293/1‑150 (MQ=255)
aaTTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGa > 1:1885402/1‑150 (MQ=255)
aTTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCGCCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGaa > 1:2849004/1‑150 (MQ=255)
ccTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTg > 2:521897/1‑150 (MQ=255)
tGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTgca < 1:2489803/150‑1 (MQ=255)
cTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGGGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGAGTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGt > 2:3258018/1‑150 (MQ=255)
tCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTg < 2:1095147/150‑1 (MQ=255)
gTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGAt > 2:4229411/1‑150 (MQ=255)
ttCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATa < 2:3324416/150‑1 (MQ=255)
cAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAg < 1:51080/150‑1 (MQ=255)
gATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCTCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGcc < 2:3453469/150‑1 (MQ=255)
gatgaACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTcc < 1:2237171/150‑1 (MQ=255)
gatgaACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGCGATAAGCCGCGTcc < 1:417993/150‑1 (MQ=255)
tgaACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGa > 2:1496432/1‑150 (MQ=255)
gaACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGaa > 1:61411/1‑150 (MQ=255)
aaCGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGaaa > 1:1880500/1‑150 (MQ=255)
cgacgCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGAGGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCAGCGCCAATCAGCGTTAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAAc > 1:3689599/1‑150 (MQ=255)
gacgCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCCGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACg > 2:3806412/1‑150 (MQ=255)
gacgCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACg > 2:3806188/1‑150 (MQ=255)
gacgCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACg > 2:4456834/1‑150 (MQ=255)
gacgCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACg > 2:1160686/1‑150 (MQ=255)
gcgAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTg < 2:1994982/150‑1 (MQ=255)
gAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAATAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGtt < 1:947275/150‑1 (MQ=255)
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TCAAATTACACAACATGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGTTT > CP009273/4167759‑4168054
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
