Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F309 I0 R1
|
1697 |
197.2 |
6627756 |
95.7% |
6342762 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,999,632 |
G→T |
100% |
intergenic (+73/‑5) |
fliT → / → amyA |
putative flagellar synthesis and assembly chaperone/cytoplasmic alpha‑amylase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,999,632 | 0 | G | T | 100.0%
| 626.3
/ NA
| 189 | intergenic (+73/‑5) | fliT/amyA | putative flagellar synthesis and assembly chaperone/cytoplasmic alpha‑amylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (95/94); total (95/94) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
GCAAAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCGAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGCCGCCCGCCTATAAA > CP009273/1999487‑1999774
|
gCAAAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCtaa < 1:2544809/148‑1 (MQ=255)
aaTCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATg > 1:2660839/1‑148 (MQ=255)
tCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCg < 1:2087787/148‑1 (MQ=255)
tCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCg < 1:1382731/148‑1 (MQ=255)
ggTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTa < 1:2184960/148‑1 (MQ=255)
ggTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTa < 1:517011/148‑1 (MQ=255)
tgtTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGGTGGCTGCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAAt < 2:3104862/148‑1 (MQ=255)
gtTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATc < 1:3182236/148‑1 (MQ=255)
tAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATccc > 1:1310003/1‑148 (MQ=255)
tAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATccc < 1:917911/148‑1 (MQ=255)
tAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATccc < 2:1401859/148‑1 (MQ=255)
aGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCAc > 1:1791285/1‑148 (MQ=255)
gCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCt > 1:1924151/1‑148 (MQ=255)
aTGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTa < 2:1538007/148‑1 (MQ=255)
aTGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTa > 1:1540811/1‑148 (MQ=255)
ggCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACa > 2:287231/1‑148 (MQ=255)
ggCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACa < 1:662696/148‑1 (MQ=255)
gCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACaa < 2:2104214/148‑1 (MQ=255)
gATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATg < 2:1636964/148‑1 (MQ=255)
gATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATg < 1:967757/148‑1 (MQ=255)
gATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATg < 2:153131/148‑1 (MQ=255)
tCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGtt < 1:765202/148‑1 (MQ=255)
tCAGGGCGGCTTTGTGCGGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGtt < 2:667102/148‑1 (MQ=255)
acAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGtt < 2:2196739/147‑1 (MQ=255)
cAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGttt < 2:2271181/148‑1 (MQ=255)
cAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGttt < 2:1637163/148‑1 (MQ=255)
gggCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTc < 1:2588014/148‑1 (MQ=255)
gggCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTGTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTc < 2:2019445/148‑1 (MQ=255)
gcggcTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCAc < 1:2881362/148‑1 (MQ=255)
gcggcTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCAc < 1:1113585/148‑1 (MQ=255)
gcggcTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCAc < 2:2666875/148‑1 (MQ=255)
cggcTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACt > 2:1094364/1‑148 (MQ=255)
ggcTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTg < 2:1963146/148‑1 (MQ=255)
gcTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTgg < 1:3228029/148‑1 (MQ=255)
cTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGt > 1:777449/1‑148 (MQ=255)
cTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGt > 2:553916/1‑148 (MQ=255)
cTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGt < 2:1683392/148‑1 (MQ=255)
tttGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTa < 1:2759664/148‑1 (MQ=255)
ttGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTAt < 2:427006/148‑1 (MQ=255)
ggCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCgg > 1:1083212/1‑148 (MQ=255)
gCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGa > 1:320622/1‑148 (MQ=255)
cTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGaa > 2:2415021/1‑148 (MQ=255)
ccGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGACTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTAACTGTTATTACCCGGaatg > 1:3310920/1‑146 (MQ=255)
aGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGt > 2:144421/1‑148 (MQ=255)
gATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTaa > 1:3155211/1‑148 (MQ=255)
gATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTaa > 2:2908959/1‑148 (MQ=255)
aaCCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGct > 1:2350573/1‑148 (MQ=255)
aaCCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACACGGAAGGCGGTAAGct > 1:1216208/1‑148 (MQ=255)
aCCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGctc > 2:2468784/1‑148 (MQ=255)
ccTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGctct > 1:1858046/1‑148 (MQ=255)
ctTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGc > 2:135484/1‑148 (MQ=255)
tttGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCt > 2:3183024/1‑148 (MQ=255)
tCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTg > 2:2371770/1‑148 (MQ=255)
cTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTgg > 1:1529603/1‑148 (MQ=255)
aaTGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCg < 2:1540811/148‑1 (MQ=255)
aaTGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCg > 1:357586/1‑148 (MQ=255)
tGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCCCTGGTATTACCCGGAAGGCGGTCGGCTCTGGGCTGGACGGGGCggg > 1:2955340/1‑146 (MQ=255)
gAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAgc > 1:159569/1‑148 (MQ=255)
gAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAgc > 1:160762/1‑148 (MQ=255)
aGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAgcg > 1:2915311/1‑148 (MQ=255)
tCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAgcgcg > 1:2641450/1‑148 (MQ=255)
tCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAgcgcg > 2:559803/1‑148 (MQ=255)
tCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAgcgcg > 1:2035943/1‑148 (MQ=255)
aTGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTCCCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCg > 1:287960/1‑148 (MQ=255)
aTGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCg > 1:3272378/1‑148 (MQ=255)
ggCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGAc > 2:1259103/1‑148 (MQ=255)
gCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACg > 2:3275676/1‑148 (MQ=255)
gCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACg < 1:806810/148‑1 (MQ=255)
gCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACg > 2:1228580/1‑148 (MQ=255)
tCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGt < 2:1912307/148‑1 (MQ=255)
aataatCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTaa > 2:2022180/1‑148 (MQ=255)
taatCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATg > 1:1764677/1‑148 (MQ=255)
aatCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGa < 1:336597/148‑1 (MQ=255)
atCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGat > 2:1247415/1‑148 (MQ=255)
tCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGACGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGata > 2:2665110/1‑148 (MQ=255)
ccGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGatat > 2:3203792/1‑148 (MQ=255)
gATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTg > 2:746685/1‑148 (MQ=255)
gATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTg > 2:746706/1‑148 (MQ=255)
gATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTg < 1:1712065/148‑1 (MQ=255)
ttACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGt < 2:403278/148‑1 (MQ=255)
tACGGCTACGCTTCTAATGGTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTa < 2:653567/148‑1 (MQ=255)
cTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAat < 1:1018058/148‑1 (MQ=255)
cTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAat < 1:1018061/148‑1 (MQ=255)
cGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATg > 1:630230/1‑148 (MQ=255)
cTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGt < 1:2461444/148‑1 (MQ=255)
cTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGt > 2:413956/1‑148 (MQ=255)
ttCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTc > 2:269318/1‑148 (MQ=255)
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TAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGAT < SRR19973070.420675/150‑1 (MQ=60)
AATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATA < SRR19973070.339050/150‑1 (MQ=60)
GATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGT < SRR19973070.1260169/150‑1 (MQ=60)
GATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGT < SRR19973070.1724448/150‑1 (MQ=60)
GATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGT < SRR19973070.1723892/150‑1 (MQ=60)
ATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTA > SRR19973070.2592284/1‑150 (MQ=60)
ATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTA > SRR19973070.605699/1‑150 (MQ=60)
TTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTAT < SRR19973070.3253745/150‑1 (MQ=60)
TACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATC < SRR19973070.135439/150‑1 (MQ=60)
TACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATC < SRR19973070.1722654/150‑1 (MQ=60)
CGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAA < SRR19973070.3006775/150‑1 (MQ=60)
CTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATAT < SRR19973070.1025285/150‑1 (MQ=60)
CTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATAT < SRR19973070.1025288/150‑1 (MQ=60)
CTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATAT < SRR19973070.2087266/150‑1 (MQ=60)
TACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATG > SRR19973070.634698/1‑150 (MQ=60)
CTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCT < SRR19973070.3203620/150‑1 (MQ=60)
CTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCT < SRR19973070.2477518/150‑1 (MQ=60)
TTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTG < SRR19973070.675418/150‑1 (MQ=60)
TAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTT < SRR19973070.2387414/150‑1 (MQ=60)
TAATGGTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTT < SRR19973070.2387458/150‑1 (MQ=60)
ATGTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGC > SRR19973070.3158317/1‑150 (MQ=60)
GTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGCCG > SRR19973070.2240379/1‑150 (MQ=60)
GTTCCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGCCG > SRR19973070.2952170/1‑150 (MQ=60)
CCCCTTGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGCCGCCC < SRR19973070.1404145/150‑1 (MQ=60)
TGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGCCGCCCGCCTA < SRR19973070.2666835/150‑1 (MQ=60)
TGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGCCGCCCGCCTA < SRR19973070.2666954/150‑1 (MQ=60)
TGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGCCGCCCGCCTA < SRR19973070.862401/150‑1 (MQ=60)
TGAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGCCGCCCGCCTA < SRR19973070.2666759/150‑1 (MQ=60)
GAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCTGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGCCGCCCGCCTAT < SRR19973070.1220849/150‑1 (MQ=60)
GAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGCCGCCCGCCTAT < SRR19973070.2424968/150‑1 (MQ=60)
GAATGGAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGCCGCCCGCCTAT < SRR19973070.1221627/150‑1 (MQ=60)
GAGTCTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGCCGCCCGCCTATAAAGG < SRR19973070.2925340/150‑1 (MQ=60)
CTAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTAgatcggaagagcacacgtctgaactccagtcactgatc > SRR19973070.1107376/1‑112 (MQ=60)
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CGGTGCAAAAATCGGTGTTAAGTGCCTATGGCGATCAGGGCGGCTTTGTGCTGGCTCCGCAGGATAACCTCTTTTGAATCTGAATGAGTCGATGGCTCGCGAATAATCCGATTACGGCTACGCTTCTAATGTTCCCCTTGAATGGAGTCGAAGAATGCGTAATCCCACGCTGTTACAATGTTTTCACTGGTATTACCCGGAAGGCGGTAAGCTCTGGCCTGAACTGGCCGAGCGCGCCGACGGTTTTAATGATATTGGTATCAATATGGTCTGGTTGCCGCCCGCCTATAAAGGCGCA > CP009273/1999483‑1999780
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
