Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F368 I0 R1
|
1472 |
214.4 |
7116750 |
95.9% |
6824963 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
280,968 |
G→T |
10.0% |
intergenic (+89/‑138) |
yagF → / → yagG |
CP4‑6 prophage; dehydratase family protein/CP4‑6 prophage; putative sugar transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 280,968 | 0 | G | T | 10.0%
| 722.7
/ 37.3
| 216 | intergenic (+89/‑138) | yagF/yagG | CP4‑6 prophage; dehydratase family protein/CP4‑6 prophage; putative sugar transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (110/84); new base T (15/7); total (125/91) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.66e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.97e-01 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
ATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTAATTCGGCACACTACATAAGGGTGTAATTCTGATGACGCAAT > CP009273/280821‑281115
|
aTGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTgag < 2:2121006/148‑1 (MQ=255)
aTGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTgag > 2:2239123/1‑148 (MQ=255)
tGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTgaga > 1:3114066/1‑148 (MQ=255)
acacCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAACTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGata > 2:196084/1‑148 (MQ=255)
cacCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGatat < 1:2730956/148‑1 (MQ=255)
acCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGatata > 1:2388045/1‑148 (MQ=255)
acCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGatata > 1:1389090/1‑148 (MQ=255)
cctaTAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGatatat < 2:1121264/145‑1 (MQ=255)
ccGATAAAATTATCGAGTTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGatatatat < 1:2764921/148‑1 (MQ=255)
tAAAATTATCGAGGTAATTAACGCAGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCATTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGtt < 2:3025116/148‑1 (MQ=255)
aaaaTTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATACAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTg < 1:180876/148‑1 (MQ=255)
aaaaTTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTg > 2:2141365/1‑148 (MQ=255)
aTTATCGATGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCg > 2:1558312/1‑148 (MQ=255)
ttATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGt > 2:584704/1‑148 (MQ=255)
ttATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGt > 2:2653073/1‑148 (MQ=255)
tATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTc > 2:2762348/1‑148 (MQ=255)
aGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCATTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACaaa < 2:3522213/148‑1 (MQ=255)
tAATTAACGCCGGTACAAAAGCGATCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGc > 1:1020022/1‑148 (MQ=255)
aTTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCACGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTTAGATATATCTTTGGAGTCACAAAACCaa > 1:1203958/1‑148 (MQ=255)
cGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATaa > 1:1588789/1‑148 (MQ=255)
gCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGATATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAAc < 1:2271482/148‑1 (MQ=255)
ccGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACg > 1:2576440/1‑148 (MQ=255)
ccGGTAAAAAAGAGCTAGTTATTTATTGATTTTAAGATATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCATTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACg < 1:1520350/148‑1 (MQ=255)
gTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTaa > 1:953528/1‑148 (MQ=255)
gTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTaa < 1:2706087/148‑1 (MQ=255)
gTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTaa < 2:3217202/148‑1 (MQ=255)
tAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAAt > 2:556721/1‑148 (MQ=255)
tAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTGTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCATTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAAt < 2:2978963/148‑1 (MQ=255)
ttaGCGCTCGGAATTGAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTTATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCgg < 2:785347/146‑1 (MQ=255)
aaaGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCgg > 2:2413419/1‑148 (MQ=255)
aaGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAAAATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTCTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCAAAAAAGCAAAAAAACGTACTTCGGa > 1:1856291/1‑148 (MQ=255)
aGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGaa < 2:1206585/148‑1 (MQ=255)
gcTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATa < 2:254499/148‑1 (MQ=255)
aaTTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGATATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGatat > 1:1316592/1‑148 (MQ=255)
aTTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATg > 1:1273512/1‑148 (MQ=255)
tttAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGa < 1:3556000/148‑1 (MQ=255)
aaTTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCa < 2:707336/148‑1 (MQ=255)
attattTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCAt > 1:1047911/1‑148 (MQ=255)
ttattTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGATATATATCGTTGGCGTCACAAAAGAAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCAtt > 1:3100101/1‑148 (MQ=255)
ttattTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCAtt > 2:1518612/1‑148 (MQ=255)
ttttAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCt < 2:2106123/148‑1 (MQ=255)
aaGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATAGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGtt > 1:2786285/1‑148 (MQ=255)
agagATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGATATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTa < 1:2155753/148‑1 (MQ=255)
gagaTAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATCTGACCATTGCTGGTTaa > 1:325656/1‑148 (MQ=255)
gagaTAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTaa > 2:312433/1‑148 (MQ=255)
gagaTAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTaa > 2:910852/1‑148 (MQ=255)
agaTAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAAt < 2:273751/148‑1 (MQ=255)
agaTAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAAt > 2:2726490/1‑148 (MQ=255)
agaTAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAAt < 2:1689984/148‑1 (MQ=255)
gaTAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAAtt > 1:2095015/1‑148 (MQ=255)
aTAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTg > 1:2539151/1‑148 (MQ=255)
aTAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATAGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCTGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTg > 1:840686/1‑148 (MQ=255)
aTAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTGTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAACTAACGTAATTCGGAAATAAGAGATGTCCATTGCTGGTTAATTg > 2:269360/1‑148 (MQ=255)
aCCGTCTGCGGAATATTTCCCACAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGATATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAg < 1:626852/148‑1 (MQ=255)
ccGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGc > 2:3336957/1‑148 (MQ=255)
cTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCAt > 1:1083015/1‑148 (MQ=255)
ggAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTaca > 1:58524/1‑148 (MQ=255)
aaTATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACt > 1:2043587/1‑148 (MQ=255)
tgtCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCAt < 1:1772744/146‑1 (MQ=255)
cccGCAGACGGCTTTGTTTTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATGAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGGAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTaa < 2:3075489/148‑1 (MQ=255)
ccGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAac > 2:3404328/1‑148 (MQ=255)
cGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAaca > 1:2564782/1‑148 (MQ=255)
cAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACg < 1:2844842/148‑1 (MQ=255)
cGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGAtgt > 2:1441398/1‑148 (MQ=255)
cGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGAtgt > 2:1348910/1‑148 (MQ=255)
cGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGAtgt < 1:3509321/148‑1 (MQ=255)
cGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGAtgt < 2:1265203/148‑1 (MQ=255)
ggCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGAtgtt < 2:2492160/148‑1 (MQ=255)
cTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGATATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGAtgttgt > 1:2887891/1‑148 (MQ=255)
cTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGAtgttgt > 1:706878/1‑148 (MQ=255)
cTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGAtgttgt > 1:566607/1‑148 (MQ=255)
cTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGAtgttgt < 1:2653073/148‑1 (MQ=255)
attgttgTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTa < 2:2673234/147‑1 (MQ=255)
tgttgtTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTAAt > 2:3397500/1‑148 (MQ=255)
tgttgtTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTAAt < 2:483068/148‑1 (MQ=255)
tgttgtTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTAAt > 1:2402886/1‑148 (MQ=255)
tgttTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTAATTCg > 1:1840/1‑148 (MQ=255)
tgttTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTAATTCg > 2:1979776/1‑148 (MQ=255)
tttttGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTAATTCGGc < 2:1389919/148‑1 (MQ=255)
tttttGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTAATTCGGc < 2:2388045/148‑1 (MQ=255)
aaTTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTAATTCGGCACACTAc < 2:2043587/148‑1 (MQ=255)
tattaATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTAATTCGGCACACTACATaa < 1:2413419/148‑1 (MQ=255)
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gaTATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTAATTCGGCACACTACATAAGGGTGTAATTCTGATGACGCAAt > 2:3097360/1‑148 (MQ=255)
|
ATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTAATTCGGCACACTACATAAGGGTGTAATTCTGATGACGCAAT > CP009273/280821‑281115
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
