Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F368 I0 R1
|
1472 |
214.4 |
7116750 |
95.9% |
6824963 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,466,293 |
C→A |
37.9% |
pseudogene (1520/3497 nt) |
ydbA → |
pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,466,293 | 0 | C | A | 37.9%
| 292.5
/ 208.9
| 216 | pseudogene (1520/3497 nt) | ydbA | pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (67/67); new base A (45/37); total (112/104) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.75e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
AGTAGTGAGGGTAACAACACCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGAT > CP009273/1466147‑1466440
|
agtagtGAGGGTAACAACACCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCa < 1:1169338/148‑1 (MQ=255)
agtagtGAGGGTAACAACACCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCa < 2:3237781/148‑1 (MQ=255)
agtagtGAGGGTAACAACACCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCa < 2:335001/148‑1 (MQ=255)
aGGGTAACAACACCGTGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCATCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAAttc < 1:3169013/148‑1 (MQ=255)
aGGGTAACAACACCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAAttc < 1:2401218/148‑1 (MQ=255)
tAACAACACCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTcc > 2:3240242/1‑148 (MQ=255)
caacaCCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCcac > 1:463970/1‑148 (MQ=255)
aacaCCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCcaca > 2:1386810/1‑148 (MQ=255)
acacCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACaa < 1:3556968/148‑1 (MQ=255)
cacCGGGATGCTGGAAGATAAGAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACCAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAAc < 2:2406530/148‑1 (MQ=255)
acCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACg < 2:1371861/148‑1 (MQ=255)
gggATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAg < 1:1602761/148‑1 (MQ=255)
ggATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGc > 2:2134119/1‑148 (MQ=255)
aTGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCg < 2:1047672/148‑1 (MQ=255)
aTGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCg > 1:1540389/1‑148 (MQ=255)
ggAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAat < 1:3229057/148‑1 (MQ=255)
aGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATAtg < 2:1604068/148‑1 (MQ=255)
gTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATAtgt > 2:2496284/1‑148 (MQ=255)
ttAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATAtgtg < 2:2621410/148‑1 (MQ=255)
aataataatTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTggg > 2:1738988/1‑148 (MQ=255)
taataatTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGc > 1:2024716/1‑148 (MQ=255)
taataatTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGc > 2:530223/1‑148 (MQ=255)
aataatTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGGTAATATGTGGGGCg > 1:1680263/1‑148 (MQ=255)
taatTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGa > 2:2213141/1‑148 (MQ=255)
aatTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGaa < 1:2837111/148‑1 (MQ=255)
atTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGaaa < 1:1520107/148‑1 (MQ=255)
ttCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAAt > 1:3461948/1‑148 (MQ=255)
tCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATg > 1:1674021/1‑148 (MQ=255)
cAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATGCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATgg > 2:957731/1‑148 (MQ=255)
ttCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATACTACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACCACGGAGCCGTTAATATGTGGGGGGGTAAGGGTCGtg > 1:3311532/1‑147 (MQ=255)
ttCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGtt > 2:2582808/1‑148 (MQ=255)
ttCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGtt < 2:1706841/148‑1 (MQ=255)
aaTAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTa < 1:3397944/148‑1 (MQ=255)
tAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATc > 1:355897/1‑148 (MQ=255)
aaCCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCa > 2:562259/1‑148 (MQ=255)
aaCCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCa > 1:2554427/1‑148 (MQ=255)
cgcgGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATg < 2:2315114/148‑1 (MQ=255)
gcggcgAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGa < 2:2680686/148‑1 (MQ=255)
ggcgAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACg < 2:1661261/148‑1 (MQ=255)
cgAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGa > 2:100812/1‑148 (MQ=255)
gattttATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGaa < 2:1981350/145‑1 (MQ=255)
gTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACg > 2:3023457/1‑148 (MQ=255)
gTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACg < 1:1584619/148‑1 (MQ=255)
gTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACg < 1:147048/148‑1 (MQ=255)
tttATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGa > 2:2410044/1‑148 (MQ=255)
ttATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGAt > 2:468677/1‑148 (MQ=255)
tATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGAtt > 2:2203746/1‑148 (MQ=255)
tCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTGAAAATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATAAATGACGGAACGATTGAt > 1:808200/1‑148 (MQ=255)
tAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCt < 2:3486879/148‑1 (MQ=255)
aaCGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTg > 2:565856/1‑148 (MQ=255)
aaCGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTg < 2:65286/148‑1 (MQ=255)
aaCGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATAAATGACGGAACGATTGATGTTTCTg > 2:13238/1‑148 (MQ=255)
aCGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTATGc > 2:1167174/1‑148 (MQ=255)
cAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAg > 2:2855129/1‑148 (MQ=255)
aGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTc > 2:2347874/1‑148 (MQ=255)
gAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGTAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGGGAAGTCa > 1:2496768/1‑148 (MQ=255)
gtgCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGTAATGGTCGTTTTATCAAATACGGGACGAGTGATGTTTCTTCGAAGTCACTGGTAg > 1:940208/1‑148 (MQ=255)
gtgCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAg < 1:2708268/148‑1 (MQ=255)
gCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTc < 2:1401092/148‑1 (MQ=255)
cacaTCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCa > 2:931861/1‑148 (MQ=255)
caTCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAgc > 1:1756012/1‑148 (MQ=255)
aTCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAgcg < 1:494519/148‑1 (MQ=255)
aaCCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCACACAACTGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCTGCGC‑ta < 1:1847076/148‑1 (MQ=255)
aCCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑taa < 2:800096/148‑1 (MQ=255)
aCCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑taa < 2:450495/148‑1 (MQ=255)
aCCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑taa < 1:2020722/148‑1 (MQ=255)
cAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑taata < 2:3527640/148‑1 (MQ=255)
cAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATAAATTAAGGAACGATTGATGTTTCTTCGAAGTCACTGGTAGTCCGCGC‑taata > 1:3055053/1‑148 (MQ=255)
gTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑Taataat > 2:629001/1‑148 (MQ=255)
gTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑Taataat > 2:628711/1‑148 (MQ=255)
tCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATg < 2:2060105/148‑1 (MQ=255)
tCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATg < 2:36577/148‑1 (MQ=255)
tCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATg > 2:2483263/1‑148 (MQ=255)
ccGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATGc < 2:3186314/148‑1 (MQ=255)
cGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATGcc < 2:1428546/148‑1 (MQ=255)
gTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATTACGGGACGATTGATTTTTCTGCGCAGAAACGGGTACTCAGCGC‑GAATAATTCCgg > 1:2919649/1‑148 (MQ=255)
tACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATGCCGGc < 1:1223862/148‑1 (MQ=255)
tACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATGCCGGc < 1:1223469/148‑1 (MQ=255)
aCGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGAAGGAACGATTGATGTTTATGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATGCCGGCg > 1:1659726/1‑148 (MQ=255)
gCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATAAAAGACGGAACGCTTGTTTTTTCTGCGAAGTCACGGGGAGTCAGCGC‑TAAAAATGCCGGCGAt > 1:994294/1‑148 (MQ=255)
cTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATGCCGGCGATc < 1:3530578/148‑1 (MQ=255)
tataATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATGCCGGCGATCAGa < 2:1811444/148‑1 (MQ=255)
taataCCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATGCCGGCGATCAGAAt < 2:859636/148‑1 (MQ=255)
ataCCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATGCCGGCGATCAGAATGc < 1:1952621/148‑1 (MQ=255)
ccGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATGCCGGCGATCAGAATGCctt > 1:1475310/1‑148 (MQ=255)
ccGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACCATTGATGTTTATGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑GAATAATGCCGGCGATCAGAATGccgt > 1:1359268/1‑146 (MQ=255)
ccGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATAAATGACGGAACGATTGATGTTTATGCGAAGGCACAGGTAGTCAGCGCAAAAAAATCCGGGCGA‑CAGAATTCctt > 1:3074804/1‑148 (MQ=255)
ggTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATGCCGGCGATCAGAATGCcttct < 1:2347874/148‑1 (MQ=255)
tCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGTCGGAACGGTTGTTGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCgtcttc > 1:541276/1‑148 (MQ=255)
tCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCAAAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCttcttc > 2:3379727/1‑148 (MQ=255)
aTGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGa > 2:3147041/1‑148 (MQ=255)
tGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATTTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGaa < 1:2801443/148‑1 (MQ=255)
tGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATAAAAGACGGCACGCTTGATGTTTCTGCGAAGTGACAGGTAGTCAGCGC‑GAAAAAATCCGGCGCTCAGACAGCCTTCATCTggca > 1:649157/1‑146 (MQ=255)
tGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGaa > 2:792520/1‑148 (MQ=255)
tGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGaa < 1:2213141/148‑1 (MQ=255)
tGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGaa < 1:1553218/148‑1 (MQ=255)
aCATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCa < 1:562304/148‑1 (MQ=255)
aTCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATTACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAAAAATTCCGGCGATAAGAATTCCTTCTTCTGGAACCAgg > 1:2373756/1‑148 (MQ=255)
aTCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAgg < 2:1540389/148‑1 (MQ=255)
cAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGAt > 2:240728/1‑148 (MQ=255)
|
AGTAGTGAGGGTAACAACACCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGC‑TAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGAT > CP009273/1466147‑1466440
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
