Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F361 I0 R1
|
1353 |
250.7 |
8230166 |
96.0% |
7900959 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,466,293 |
C→A |
36.1% |
pseudogene (1520/3497 nt) |
ydbA → |
pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,466,293 | 0 | C | A | 36.1%
| 342.4
/ 222.9
| 238 | pseudogene (1520/3497 nt) | ydbA | pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (85/67); new base A (39/47); total (124/114) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.38e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.31e-01 |
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
TAGTAGTGAGGGTAACAACACCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGAT > CP009273/1466146‑1466440
|
tagtagtGAGGGTAACAACACCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCa < 1:344624/149‑1 (MQ=255)
tagtagtGAGGGTAACAACACCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCa < 1:1657559/149‑1 (MQ=255)
agtagtGAGGGTAACAACACCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAg < 1:3506824/149‑1 (MQ=255)
agtagtGAGGGTAACAACACCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAg < 2:2970103/149‑1 (MQ=255)
agtGAGGGTAACAACACCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTaa < 1:3348012/149‑1 (MQ=255)
tGAGGGTAACAACACCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAAtt > 1:3952400/1‑149 (MQ=255)
gAGGGTAACAACACCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTTATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAAttc < 2:3731819/149‑1 (MQ=255)
ggTAACAACACCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAAttcttc < 1:2729338/149‑1 (MQ=255)
tAACAACACCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTccc > 2:1922560/1‑149 (MQ=255)
caacaCCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCcaca > 1:4098046/1‑149 (MQ=255)
caacaCCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCcaca > 1:110176/1‑149 (MQ=255)
acacCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAAc < 1:3099127/149‑1 (MQ=255)
acacCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAAc < 2:3559092/149‑1 (MQ=255)
acCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACgg < 1:3266515/149‑1 (MQ=255)
ccGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGa > 1:2472419/1‑149 (MQ=255)
gggATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGc < 2:3722400/149‑1 (MQ=255)
ggATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGcc > 1:2097462/1‑149 (MQ=255)
gATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCg > 1:473512/1‑149 (MQ=255)
cTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTaa < 1:3570235/149‑1 (MQ=255)
aGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATAtgt > 2:717610/1‑149 (MQ=255)
aGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATAtgt > 2:1716736/1‑149 (MQ=255)
gTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATAtgtg > 1:2800028/1‑149 (MQ=255)
gTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATAtgtg > 1:1870113/1‑149 (MQ=255)
gTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATAtgtg < 2:2698171/149‑1 (MQ=255)
ttAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTgg > 1:269493/1‑149 (MQ=255)
taataataaTTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACGTCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTggg < 2:2560531/149‑1 (MQ=255)
taataataaTTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTggg < 1:2243100/149‑1 (MQ=255)
aataatTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCgg < 1:1425209/149‑1 (MQ=255)
ataatTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGa > 2:1191582/1‑149 (MQ=255)
ataatTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTGAATATGTGGGGCGGa > 2:2769972/1‑149 (MQ=255)
aatTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGaaa > 2:926821/1‑149 (MQ=255)
aatTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGaaa > 2:3925928/1‑149 (MQ=255)
atTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAAt > 2:1334299/1‑149 (MQ=255)
atTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAAt > 2:2393651/1‑149 (MQ=255)
ttCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATg > 1:3088693/1‑149 (MQ=255)
tCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATgg > 1:3341313/1‑149 (MQ=255)
cAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGt < 2:3403477/149‑1 (MQ=255)
aGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTc < 2:2314416/149‑1 (MQ=255)
aGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAAGGGTc > 1:91738/1‑149 (MQ=255)
gCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGtgg < 2:2473975/149‑3 (MQ=255)
gCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCg > 1:2871120/1‑149 (MQ=255)
ttCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGttt < 2:2507307/149‑1 (MQ=255)
cAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGGAATGGTCGttttt > 1:421848/1‑148 (MQ=255)
aaTAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTAt > 2:1575878/1‑149 (MQ=255)
aaCCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTGGtgttttaaa > 1:3809162/1‑144 (MQ=255)
aaCCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAAGGGTCGttttttaaa > 1:3809305/1‑144 (MQ=255)
aCCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCAGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAAt > 2:1631399/1‑149 (MQ=255)
cgcgGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGa < 1:2494291/149‑1 (MQ=255)
gcggcgAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGAc > 2:218667/1‑149 (MQ=255)
ggcgAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACgg > 2:803873/1‑149 (MQ=255)
ggcgAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACgg > 2:142852/1‑149 (MQ=255)
gcgAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGa > 2:151813/1‑149 (MQ=255)
gcgAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGa > 1:648637/1‑149 (MQ=255)
gAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAAc < 1:1081955/149‑1 (MQ=255)
gAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAAc > 2:3592954/1‑149 (MQ=255)
gAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAAc < 1:3236582/149‑1 (MQ=255)
tttATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTGTTTTAAAATACGGAACGAt > 1:3651/1‑149 (MQ=255)
aTTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGa < 1:590701/149‑1 (MQ=255)
ttCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAACTGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGAt > 2:3019181/1‑149 (MQ=255)
cTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGt < 2:3206010/149‑1 (MQ=255)
cTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGt > 1:1982187/1‑149 (MQ=255)
cTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATAAATTACGGAACCATTGATGt > 1:1449787/1‑149 (MQ=255)
ttGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGtt < 1:1922560/149‑1 (MQ=255)
gATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTATTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTc < 1:863720/149‑1 (MQ=255)
aTAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCt > 1:1008712/1‑149 (MQ=255)
aaCGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGc < 1:1744739/149‑1 (MQ=255)
gACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGaa < 2:1746147/149‑1 (MQ=255)
cAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGt > 2:2865029/1‑149 (MQ=255)
cAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGt > 2:4048754/1‑149 (MQ=255)
aaGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTc < 1:784705/149‑1 (MQ=255)
aaGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTc < 2:1870113/149‑1 (MQ=255)
gAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCAc < 1:637627/149‑1 (MQ=255)
cTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTa > 2:1378481/1‑149 (MQ=255)
tgtgCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATAAATGACGGAACGATTGATGTTTATGCGAAGTCACTGGTAg > 1:2530829/1‑149 (MQ=255)
aCCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATAAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCtaat > 2:1140559/1‑149 (MQ=255)
cAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCtaataa < 2:720057/149‑1 (MQ=255)
aGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTAACAATGAACGAACGATTGATGTTTATGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCtaataaa > 1:665158/1‑148 (MQ=255)
gTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATg > 2:3313129/1‑149 (MQ=255)
tCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGc > 2:3940522/1‑149 (MQ=255)
cGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCg < 2:3088693/149‑1 (MQ=255)
gTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGc < 1:1710720/149‑1 (MQ=255)
aCGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGa > 2:3080999/1‑149 (MQ=255)
aCGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGa < 2:368803/149‑1 (MQ=255)
gCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATc < 1:3567711/149‑1 (MQ=255)
gCTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATc < 2:2586672/149‑1 (MQ=255)
cTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTGAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGAtaa > 2:740273/1‑147 (MQ=255)
cTTTATAATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCCGCGCGAATAATTCCGGCGAtaa > 1:3064888/1‑147 (MQ=255)
tataATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGaa < 1:1553166/149‑1 (MQ=255)
tataATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGaa < 2:473512/149‑1 (MQ=255)
tataATACCGGTCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGaa < 1:3742927/149‑1 (MQ=255)
aCCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCctt < 1:3592954/149‑1 (MQ=255)
cGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGATCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCcttct < 2:2588923/149‑1 (MQ=255)
tCACATGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTATGCGCAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTtcttct > 1:2944682/1‑149 (MQ=255)
cacaTGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATAAATTACGGAACGATTGTTGTTTATGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATTCCTTCTTCTg > 1:2344458/1‑149 (MQ=255)
acaTGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTgg > 2:2390622/1‑149 (MQ=255)
acaTGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTGAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATAAATTTCGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTTGGCAGCGCTAATAATTCCGGCGCTAAGAATGCCTTCTTCTgg > 2:1741958/1‑149 (MQ=255)
acaTGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATTACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCCGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTgg > 1:1362983/1‑149 (MQ=255)
acaTGAACATAAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATAAATGACGGAACGATTGATGTTTATGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATTCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTgg > 1:3411577/1‑149 (MQ=255)
caTGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGa > 2:625903/1‑149 (MQ=255)
tCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGAt < 1:3137346/149‑1 (MQ=255)
|
TAGTAGTGAGGGTAACAACACCGGGATGCTGGAAGTTAATAATAATTCAGCTTTCAATAACCGCGGCGAGTTTATTCTTGATAACGACAAGAATGCTGTGCACATCAACCAGTCCGGTACGCTTTATAATACCGGTCACATGAACATCAGTAATTCTTCCCACAACGGAGCCGTTAATATGTGGGGCGGAAATGGTCGTTTTATCAATGACGGAACGATTGATGTTTCTGCGAAGTCACTGGTAGTCAGCGCTAATAATGCCGGCGATCAGAATGCCTTCTTCTGGAACCAGGAT > CP009273/1466146‑1466440
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
