Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F394 I0 R1
|
1342 |
215.0 |
7134094 |
96.2% |
6862998 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,622,209 |
G→T |
21.1% |
V146F (GTT→TTT) |
ydfG → |
NADP‑dependent 3‑hydroxy acid dehydrogenase; malonic semialdehyde reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,622,209 | 0 | G | T | 21.1%
| 558.3
/ 99.1
| 213 | V146F (GTT→TTT) | ydfG | NADP‑dependent 3‑hydroxy acid dehydrogenase; malonic semialdehyde reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (71/97); new base T (24/21); total (95/118) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.37e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 |
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
AAGACTGGGAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCAATGTCCGCTTTAAAGGCGATGACG > CP009273/1622063‑1622356
|
aaGACTGGGAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGt < 1:284294/148‑1 (MQ=255)
aaGACTGGGAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGt > 1:1663975/1‑148 (MQ=255)
gACTGGGAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACtttt > 2:2838069/1‑148 (MQ=255)
aCTGGGAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTa > 1:74049/1‑148 (MQ=255)
tGGGAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACg > 2:29602/1‑148 (MQ=255)
gAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACTTTTACGGTg < 1:1044784/148‑1 (MQ=255)
gAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACTTTTACGGTg < 1:1381934/148‑1 (MQ=255)
gAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACTTTTACGGTg > 1:2607908/1‑148 (MQ=255)
gAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTg > 2:791443/1‑148 (MQ=255)
aCGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGcga < 1:875637/148‑1 (MQ=255)
atgatTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGcgacga < 2:845047/148‑1 (MQ=255)
atgatTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGcgacga < 2:844967/148‑1 (MQ=255)
tgattgatACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGaa < 1:233645/148‑1 (MQ=255)
gattgatACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACTTTTACGGTGCGACGaaa > 2:2718511/1‑148 (MQ=255)
gattgatACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACTTTTACGGTGCGACGaaa < 2:1989239/148‑1 (MQ=255)
attgatACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAg > 2:1830185/1‑148 (MQ=255)
ttgatACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGc > 2:2617984/1‑148 (MQ=255)
tgatACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTGACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCg < 2:3421675/148‑1 (MQ=255)
gatACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGt < 1:2706161/148‑1 (MQ=255)
atACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGtt > 2:1348554/1‑148 (MQ=255)
caacaacaaAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGtt < 2:3369287/148‑1 (MQ=255)
aacaaAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACTTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTc > 2:3532691/1‑148 (MQ=255)
aacaaAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTc < 1:3057450/148‑1 (MQ=255)
acaaAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCa < 2:3395537/148‑1 (MQ=255)
acaaAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCa < 2:1516650/148‑1 (MQ=255)
aaaGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGt < 1:2191343/148‑1 (MQ=255)
ccTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGc > 2:1544095/1‑148 (MQ=255)
ccTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGc > 1:1912455/1‑148 (MQ=255)
ccTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGc > 2:1917884/1‑148 (MQ=255)
cTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACTTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGcc < 1:2108602/148‑1 (MQ=255)
tGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCt > 1:2886962/1‑148 (MQ=255)
tGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCt > 1:3291405/1‑148 (MQ=255)
atatatGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAAt < 2:717273/148‑1 (MQ=255)
tatatGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATc < 1:2156571/148‑1 (MQ=255)
tatGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTg > 2:2862846/1‑148 (MQ=255)
atGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACTTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGc > 1:1956007/1‑148 (MQ=255)
atGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACTTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGc > 1:189884/1‑148 (MQ=255)
cgcgcgCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTAc < 2:2248354/148‑1 (MQ=255)
cgcgcgCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTAc < 1:3566939/148‑1 (MQ=255)
gcgcCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGa < 1:1341513/148‑1 (MQ=255)
gcCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACTTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATc < 2:338449/148‑1 (MQ=255)
gcCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATc < 2:1095419/148‑1 (MQ=255)
ccGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATTCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCt > 2:2068938/1‑148 (MQ=255)
cGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACTTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTg > 2:1608327/1‑148 (MQ=255)
gTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGc < 2:2547176/148‑1 (MQ=255)
tCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCa > 2:1412377/1‑148 (MQ=255)
cTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACTTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTTAATCTGCGTACGGATCTGCAt > 1:3217462/1‑148 (MQ=255)
cTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCAt > 1:63937/1‑148 (MQ=255)
cTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCAt > 2:2398653/1‑148 (MQ=255)
tACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATGGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATgg < 2:376699/148‑1 (MQ=255)
aCCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGt < 2:1122801/148‑1 (MQ=255)
ccGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTa > 2:2126734/1‑148 (MQ=255)
gTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACTTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTgc > 2:941771/1‑148 (MQ=255)
aaCGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGt > 1:2652609/1‑148 (MQ=255)
gTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCAc < 2:886267/148‑1 (MQ=255)
tAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCAcc > 1:1881718/1‑148 (MQ=255)
aaTCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCg < 2:2006147/148‑1 (MQ=255)
tCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGAc < 1:1087163/148‑1 (MQ=255)
tCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGAc < 2:74093/148‑1 (MQ=255)
cATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACa > 1:2904616/1‑148 (MQ=255)
tGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATc > 1:2075515/1‑148 (MQ=255)
ggTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCg < 2:1663975/148‑1 (MQ=255)
gTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGa < 1:779624/148‑1 (MQ=255)
tCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACTTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGaa < 1:2017227/148‑1 (MQ=255)
cATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAAc < 2:2429255/148‑1 (MQ=255)
tattatTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACTTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCg > 1:1575373/1‑148 (MQ=255)
tattatTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACTTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCg > 1:975140/1‑148 (MQ=255)
ttattaACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACTTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCggg < 1:309076/148‑1 (MQ=255)
ttattaACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCggg < 1:785783/148‑1 (MQ=255)
taACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCtg > 2:561041/1‑148 (MQ=255)
taACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCtg < 1:1830185/148‑1 (MQ=255)
aCATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACTTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCtggt > 2:3132865/1‑148 (MQ=255)
cATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCtggtg > 2:3190339/1‑148 (MQ=255)
ttGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCGGGTGGTAACGTTTAGGGTGCGACGAAAGCTTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTAAGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTggtggg < 1:3033248/148‑1 (MQ=255)
tGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGCATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTggtgggt > 1:3231862/1‑148 (MQ=255)
tCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTa < 1:2542736/148‑1 (MQ=255)
cAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTAc > 2:2457378/1‑148 (MQ=255)
cAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTAc > 2:2367658/1‑148 (MQ=255)
aCGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCg < 1:2775875/148‑1 (MQ=255)
aCGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCg < 1:1541539/148‑1 (MQ=255)
ggCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAg < 2:1381997/148‑1 (MQ=255)
gCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGt < 1:3542572/148‑1 (MQ=255)
gCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGt > 2:1748016/1‑148 (MQ=255)
cAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGtt > 1:378914/1‑148 (MQ=255)
gTAGCTGGCCTTATGCCGTTGTTATCTTTTTCGTTGCGACGAATGCGTTTGTTCTTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTc < 1:60443/148‑1 (MQ=255)
aGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCa < 2:2904616/148‑1 (MQ=255)
gCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCaa > 1:1067644/1‑148 (MQ=255)
gCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCaa > 1:1067628/1‑148 (MQ=255)
gCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCaa < 1:2617984/148‑1 (MQ=255)
cTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCAAt > 2:3048777/1‑148 (MQ=255)
gCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCAATGTc > 1:1566381/1‑148 (MQ=255)
gCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCAATGTc > 1:1454854/1‑148 (MQ=255)
tATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCAATGTCCGCt < 1:2398/148‑1 (MQ=255)
aTGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCAATGTCCGCtt > 2:2816576/1‑148 (MQ=255)
tGCCGGTGGTAACTTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCAATGTCCGCttt > 2:3149350/1‑148 (MQ=255)
tGCCGGTGGTAACTTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCAATGTCCGCttt > 2:664344/1‑148 (MQ=255)
gtggtAACTTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCAATGTCCGCTTTAAAgg < 2:115304/148‑1 (MQ=255)
gtAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGGTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGGGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGCACCGGGTCTTGTGGGTGGTACCGTGTTTTCCTATGTCCGCTTTAAAGGCGa < 1:1731643/148‑1 (MQ=255)
aaCGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCAATGTCCGCTTTAAAGGCGATg < 2:2156923/148‑1 (MQ=255)
aCGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCAATGTCCGCTTTAAAGGCGATGa < 1:29602/148‑1 (MQ=255)
|
AAGACTGGGAAACGATGATTGATACCAACAACAAAGGCCTGGTATATATGACGCGCGCCGTCTTACCGGGTATGGTTGAACGTAATCATGGTCATATTATTAACATTGGCTCAACGGCAGGTAGCTGGCCGTATGCCGGTGGTAACGTTTACGGTGCGACGAAAGCGTTTGTTCGTCAGTTTAGCCTGAATCTGCGTACGGATCTGCATGGTACGGCGGTGCGCGTCACCGACATCGAACCGGGTCTGGTGGGTGGTACCGAGTTTTCCAATGTCCGCTTTAAAGGCGATGACG > CP009273/1622063‑1622356
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
