Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F394 I0 R1
|
1342 |
215.0 |
7134094 |
96.2% |
6862998 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,727,972 |
T→A |
24.0% |
L298* (TTA→TAA) |
xylH → |
D‑xylose ABC transporter permease subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,727,972 | 0 | T | A | 24.0%
| 464.3
/ 158.9
| 229 | L298* (TTA→TAA) | xylH | D‑xylose ABC transporter permease subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (90/84); new base A (30/25); total (120/109) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.58e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
TTGCTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGCGGCACCAGCCTGGCTGGCGGTGTGGGAAGCGTTGCCGGAGC > CP009273/3727827‑3728119
|
ttGCTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTaa > 1:1096797/1‑148 (MQ=255)
tGCTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAAt < 2:96138/148‑1 (MQ=255)
tGCTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAAt < 1:1817564/148‑1 (MQ=255)
tGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGt > 2:2733034/1‑148 (MQ=255)
tGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGt > 2:3126008/1‑148 (MQ=255)
ttACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCGTTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAg > 1:1473894/1‑148 (MQ=255)
ttACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAg < 1:1421130/148‑1 (MQ=255)
tACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGc > 2:1345820/1‑148 (MQ=255)
cTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTTAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCa > 1:3539627/1‑148 (MQ=255)
cTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCa > 2:481148/1‑148 (MQ=255)
tCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCAt < 1:100180/148‑1 (MQ=255)
gAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCgg < 2:1106445/148‑1 (MQ=255)
aaTGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGa < 1:53099/148‑1 (MQ=255)
aaTGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGa > 1:321711/1‑148 (MQ=255)
gTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTa > 2:2986492/1‑148 (MQ=255)
gCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTa > 2:317103/1‑148 (MQ=255)
cAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAg < 2:3142664/148‑1 (MQ=255)
cAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAg > 1:172816/1‑148 (MQ=255)
cAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAg > 2:2288074/1‑148 (MQ=255)
cgcgGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTtc > 2:555667/1‑148 (MQ=255)
gACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGa < 1:2421445/148‑1 (MQ=255)
gACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGa > 1:2583952/1‑148 (MQ=255)
gACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGa < 2:2840841/148‑1 (MQ=255)
aCGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGAc < 2:2101983/148‑1 (MQ=255)
ggCATTTTGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTTTTGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACtt < 1:1344384/148‑1 (MQ=255)
ggCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACtt < 1:1117085/148‑1 (MQ=255)
ggCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACtt < 2:3009572/148‑1 (MQ=255)
gCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTg > 1:1196349/1‑148 (MQ=255)
cATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTgg > 1:2038457/1‑148 (MQ=255)
tttGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGgcg < 1:1689788/148‑1 (MQ=255)
gacgacGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTgg < 2:2473662/148‑1 (MQ=255)
gacgacGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTgg < 2:2458900/148‑1 (MQ=255)
acgCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCa > 1:1286805/1‑148 (MQ=255)
acgCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATACTTAGTTCTCGACTAGGCGCTGGTTCa > 1:3291269/1‑148 (MQ=255)
acgCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCa > 1:2479731/1‑148 (MQ=255)
acgCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCa > 2:3383485/1‑148 (MQ=255)
cgCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCAc > 1:1159463/1‑148 (MQ=255)
cgCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCAc > 1:2168975/1‑148 (MQ=255)
cATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCt > 2:2361988/1‑148 (MQ=255)
aTTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCtt > 1:3110181/1‑148 (MQ=255)
aTTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCtt > 1:1335720/1‑148 (MQ=255)
aTTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCtt < 1:2385069/148‑1 (MQ=255)
aTTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCtt < 1:2384928/148‑1 (MQ=255)
aTTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCtt < 2:580743/148‑1 (MQ=255)
tttATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTc < 2:3495040/148‑1 (MQ=255)
tttATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTc < 2:3493791/148‑1 (MQ=255)
ttATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCt > 1:797722/1‑148 (MQ=255)
ttATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCt > 2:2252140/1‑148 (MQ=255)
tATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTg > 2:892497/1‑148 (MQ=255)
aTGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGc > 2:506921/1‑148 (MQ=255)
gCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCgg > 1:2234918/1‑148 (MQ=255)
tCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGaaa > 1:2652269/1‑148 (MQ=255)
cggcAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGCAATATc > 1:1524992/1‑148 (MQ=255)
gcAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGc < 2:1146393/148‑1 (MQ=255)
aTCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGa < 2:3219560/148‑1 (MQ=255)
tGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACt > 2:597319/1‑148 (MQ=255)
aaGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGa < 1:1173698/148‑1 (MQ=255)
aaGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGa < 1:1602730/148‑1 (MQ=255)
aaGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGa < 1:384582/148‑1 (MQ=255)
gcagcaCGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACg < 2:2215270/148‑1 (MQ=255)
gcagcaCGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACg > 2:2555831/1‑148 (MQ=255)
gcaCGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCaa < 2:1096797/148‑1 (MQ=255)
caCGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAAt < 1:1925475/148‑1 (MQ=255)
caCGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAAt < 1:3101256/148‑1 (MQ=255)
ctctcCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTgcag > 2:159998/1‑148 (MQ=255)
ctctcCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTgcag > 1:2073414/1‑148 (MQ=255)
ctcCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTgcagca > 1:1364263/1‑148 (MQ=255)
ctcCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTgcagca > 1:1938701/1‑148 (MQ=255)
ccGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATg < 2:3045735/148‑1 (MQ=255)
ccGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATg < 2:2303064/148‑1 (MQ=255)
gggATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCg < 1:894881/148‑1 (MQ=255)
gggATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCg < 2:88576/148‑1 (MQ=255)
gATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTg < 2:1473894/148‑1 (MQ=255)
aTTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGa < 1:1692005/148‑1 (MQ=255)
aTTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGa < 1:435570/148‑1 (MQ=255)
tAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGAtt < 2:2307609/148‑1 (MQ=255)
aCGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCACTTGCAGCATGCGTGATTgg > 2:2754748/1‑148 (MQ=255)
aCGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTgg < 2:3073131/148‑1 (MQ=255)
cGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTggc > 1:3319128/1‑148 (MQ=255)
ttGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTggcgg > 2:685861/1‑148 (MQ=255)
tGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTggcggc > 1:374670/1‑148 (MQ=255)
gAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGCGGCa > 1:2785564/1‑148 (MQ=255)
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aCTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGCGGCACCAGCctggct > 2:444149/1‑148 (MQ=255)
aCTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGCGGCACCAGCctggct > 2:3251030/1‑148 (MQ=255)
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aCGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGCGGCACCAGCCTGGCTGGCGGTGTGGGAAGCGTTGc > 2:792033/1‑148 (MQ=255)
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tAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGCGGCACCAGCCTGGCTGGCGGTGTGGGAAGCGTTGCCGGAGc > 2:251527/1‑148 (MQ=255)
|
TTGCTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGCGGCACCAGCCTGGCTGGCGGTGTGGGAAGCGTTGCCGGAGC > CP009273/3727827‑3728119
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
