Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,727,972 |
T→A |
23.3% |
L298* (TTA→TAA) |
xylH → |
D‑xylose ABC transporter permease subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,727,972 | 0 | T | A | 23.3%
| 394.7
/ 127.5
| 189 | L298* (TTA→TAA) | xylH | D‑xylose ABC transporter permease subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (79/66); new base A (16/28); total (95/94) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.99e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 |
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
GTTGCTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGCGGCACCAGCCTGGCTGGCGGTGTGGGAAGCGTTGCCGGAGC > CP009273/3727826‑3728119
|
ttGCTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATaaa > 2:2431447/1‑148 (MQ=255)
tGCTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAAt < 1:1980043/148‑1 (MQ=255)
tGCTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAAt < 1:2330315/148‑1 (MQ=255)
tGCTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAAt < 1:332470/148‑1 (MQ=255)
gCTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATg < 2:1763002/148‑1 (MQ=255)
cTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATgg > 1:2778082/1‑148 (MQ=255)
cTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATgg < 2:3741743/148‑1 (MQ=255)
cTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATgg < 2:2273652/148‑1 (MQ=255)
cTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATgg < 2:523082/148‑1 (MQ=255)
tGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGt < 1:1388230/148‑1 (MQ=255)
tGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGt < 2:223308/148‑1 (MQ=255)
cTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCa > 1:2158484/1‑148 (MQ=255)
cTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCa < 1:488413/148‑1 (MQ=255)
aaTGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGa > 1:2218901/1‑148 (MQ=255)
aaTGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGa > 1:2888912/1‑148 (MQ=255)
tGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGAtt > 2:3624452/1‑148 (MQ=255)
tGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGAtt < 2:1506949/148‑1 (MQ=255)
tttATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTaa < 1:1498232/148‑1 (MQ=255)
aTGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATcc < 1:811007/148‑1 (MQ=255)
aTGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATcc < 2:3481100/148‑1 (MQ=255)
ggCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTTCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCtt < 2:1667799/148‑1 (MQ=255)
cAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAg < 2:3118945/148‑1 (MQ=255)
cAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAg < 1:3751621/148‑1 (MQ=255)
aCGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGtt > 1:2617138/1‑148 (MQ=255)
ggACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCg < 2:2768001/148‑1 (MQ=255)
gACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGa > 2:2700014/1‑148 (MQ=255)
gACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGa > 1:982419/1‑148 (MQ=255)
aCGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGAc < 1:3224744/148‑1 (MQ=255)
aCGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGAc < 1:3266890/148‑1 (MQ=255)
aCGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGAc > 2:3706744/1‑148 (MQ=255)
aCGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGAc > 2:1489350/1‑148 (MQ=255)
tttGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGgcg > 1:2532311/1‑148 (MQ=255)
ttGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTaa < 2:3454625/105‑1 (MQ=255)
ttGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTaa > 1:3454625/1‑105 (MQ=255)
ttGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGgcgc > 1:3180508/1‑148 (MQ=255)
ttGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGgcgc > 1:1276855/1‑148 (MQ=255)
gacgacGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTgg < 2:2674312/148‑1 (MQ=255)
acgCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCa < 1:78422/148‑1 (MQ=255)
cgCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCAc < 2:586335/148‑1 (MQ=255)
gCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCAcc < 2:1988207/148‑1 (MQ=255)
cATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCt > 1:3591793/1‑148 (MQ=255)
aTTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCtt < 2:57728/148‑1 (MQ=255)
aTTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCtt > 2:1786687/1‑148 (MQ=255)
ttATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCt > 1:2167519/1‑148 (MQ=255)
aTGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGc > 2:2741603/1‑148 (MQ=255)
tGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCg > 1:240610/1‑148 (MQ=255)
tGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCg > 1:240164/1‑148 (MQ=255)
gCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCgg > 1:2479988/1‑148 (MQ=255)
ccATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCggg > 1:873827/1‑148 (MQ=255)
cggcggCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAat < 1:1447347/148‑1 (MQ=255)
ggcggcAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAata < 1:2529018/148‑1 (MQ=255)
gcggcAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAatat < 2:1209174/148‑1 (MQ=255)
cAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGcc < 1:2996360/148‑1 (MQ=255)
ggAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTg > 2:1323465/1‑148 (MQ=255)
gAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTgg > 2:2098381/1‑148 (MQ=255)
aaGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGa > 2:821332/1‑148 (MQ=255)
aaGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGa > 1:2949924/1‑148 (MQ=255)
agcaCGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCa < 2:2390182/148‑1 (MQ=255)
gcaCGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCaa < 1:915913/148‑1 (MQ=255)
gaaCGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCaa < 1:1678634/146‑1 (MQ=255)
caCGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAAt < 1:3245776/148‑1 (MQ=255)
caCGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAAt > 2:168965/1‑148 (MQ=255)
caCGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAAt > 2:2074588/1‑148 (MQ=255)
cGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTg < 2:1950832/148‑1 (MQ=255)
ctctcCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTgcag > 2:2210699/1‑148 (MQ=255)
ctcCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTgcagca < 1:103207/148‑1 (MQ=255)
ctcCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTgcagca < 1:2033162/148‑1 (MQ=255)
cGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGc < 2:2882226/148‑1 (MQ=255)
gggATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCg < 1:1827025/148‑1 (MQ=255)
ggATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGt > 1:1006880/1‑148 (MQ=255)
aTTATCGTTGAACGCACCACACGTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATAAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCTGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGa < 2:3513342/148‑1 (MQ=255)
aTTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGa < 2:2813150/148‑1 (MQ=255)
tAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGAtt > 2:3341867/1‑148 (MQ=255)
tAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGAtt > 2:3341803/1‑148 (MQ=255)
tAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGAtt > 1:2659375/1‑148 (MQ=255)
cGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTggc < 1:2060325/148‑1 (MQ=255)
ccAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGCGGCACCAGCct < 2:3325772/148‑1 (MQ=255)
aaCTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGCGGCACCAGCctggc < 2:2158484/148‑1 (MQ=255)
aaCTTGCCGTGTTCGCGAGTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGCGGCACCAGCctggc < 2:3334193/148‑1 (MQ=255)
aCTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGCGGCACCAGCctggct > 2:2786616/1‑148 (MQ=255)
aCTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGCGGCACCAGCctggct > 1:640229/1‑148 (MQ=255)
aCTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGCGGCACCAGCctggct > 2:2187554/1‑148 (MQ=255)
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tCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGTGAAATATCTCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGCGGCACCAGCCTGGCTGGCGGTGTggg > 1:563474/1‑148 (MQ=255)
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gATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGACATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGCGGCACCAGCCTGGCTGGCGGTGTGGGAAGCGTTGCCgg > 1:971736/1‑148 (MQ=255)
tAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGCGGCACCAGCCTGGCTGGCGGTGTGGGAAGCGTTGCCGGAGc > 1:1206473/1‑148 (MQ=255)
tAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCAACTTCTGCGTGAAATATCGCCGAAATGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGGGGCACCAGCCTGGCTGGCGGTGTGGGAATGGTTGCCGGatc > 2:2056060/1‑146 (MQ=255)
|
GTTGCTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGCATGCGTGATTGGCGGCACCAGCCTGGCTGGCGGTGTGGGAAGCGTTGCCGGAGC > CP009273/3727826‑3728119
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
