Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F142 I0 R1
|
859 |
274.6 |
8723680 |
96.4% |
8409627 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
863,745 |
T→A |
10.9% |
F257Y (TTT→TAT) |
gsiA → |
glutathione transporter ATP‑binding protein, ABC superfamily |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 863,745 | 0 | T | A | 10.9%
| 811.9
/ 72.2
| 248 | F257Y (TTT→TAT) | gsiA | glutathione transporter ATP‑binding protein, ABC superfamily |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (122/99); new base A (9/18); total (131/117) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.06e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
CCTGCAATTAATCAAAGTATTGCAAAAAGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCCCATCGAGCAGAAAACGG > CP009273/863596‑863894
|
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cAATTAATCAAAGTATTGCAAAAAGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTATCAt < 2:2080060/150‑1 (MQ=255)
aaTTAATCAAAGTATTGCAAAAAGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATg < 2:115948/150‑1 (MQ=255)
aTTAATCAAAGTATTGCAAAAAGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGc > 2:1361778/1‑150 (MQ=255)
tAATCAAAGTATTGCAAAAAGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTATCATGCAc < 1:1010273/150‑1 (MQ=255)
cAAAGTATTGCAAAAAGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCa < 1:1648181/150‑1 (MQ=255)
aaGTATTGCAAAAAGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAAc > 2:1741332/1‑150 (MQ=255)
aaGTATTGCAAAAAGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAAc < 1:1984532/150‑1 (MQ=255)
aGTATTGCAAAAAGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACa < 2:2681709/150‑1 (MQ=255)
gTATTGCAAAAAGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACAt < 2:1958665/150‑1 (MQ=255)
aTTGCAAAAAGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATcc < 2:1027609/150‑1 (MQ=255)
tGCAAAAAGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCtt < 1:1106415/150‑1 (MQ=255)
gCAAAAAGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTa > 2:1335543/1‑150 (MQ=255)
cAAAAAGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTac < 1:777938/150‑1 (MQ=255)
aaaaaGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTaca > 1:1530909/1‑150 (MQ=255)
aaaaaGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTaca > 2:309063/1‑150 (MQ=255)
aaaGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACAACCTTACAcc > 1:1568750/1‑150 (MQ=255)
agagATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCg < 1:577063/150‑1 (MQ=255)
agaTGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTg > 1:1997795/1‑150 (MQ=255)
aTGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACTGGTAACGTCGAAAAGATTTTACATGCACCGCAACATCCTTACACACGTgcg > 1:2753440/1‑150 (MQ=255)
aTGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTgcg < 2:3395494/150‑1 (MQ=255)
aTGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTgcg < 2:2983114/150‑1 (MQ=255)
tCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTg < 1:3073604/150‑1 (MQ=255)
cGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGt > 1:3858213/1‑150 (MQ=255)
gATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGtt > 1:3988988/1‑150 (MQ=255)
aTGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGTGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTa < 1:3972497/150‑1 (MQ=255)
tGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAg > 2:428884/1‑150 (MQ=255)
ggCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAgct < 2:3621022/150‑1 (MQ=255)
ttATCTTGATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGAGTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGCGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACCTCCTTCCACCCGTGCGCTGTTAGctgctg < 2:1622058/150‑1 (MQ=255)
tATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGt < 2:2485196/150‑1 (MQ=255)
tATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGt < 2:310522/150‑1 (MQ=255)
aTCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGtt > 2:1320010/1‑150 (MQ=255)
cTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTcc > 1:2836583/1‑150 (MQ=255)
cTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTcc > 1:4038399/1‑150 (MQ=255)
cTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTcc > 1:1848142/1‑150 (MQ=255)
cTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTATCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTcc < 1:2551778/150‑1 (MQ=255)
cTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTATCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTcc < 1:4254123/150‑1 (MQ=255)
cTTGATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTcc < 2:4151291/150‑1 (MQ=255)
tATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCCGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCa > 1:3279624/1‑150 (MQ=255)
actcacGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACtt > 2:635771/1‑150 (MQ=255)
actcacGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACtt > 2:786825/1‑150 (MQ=255)
ctcacGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTg > 1:1726658/1‑150 (MQ=255)
ctcacGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTg > 1:4297973/1‑150 (MQ=255)
tcacGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGAGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTgg > 1:2426745/1‑150 (MQ=255)
tcacGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTATCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTgg < 2:539870/150‑1 (MQ=255)
gATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCg > 2:1709678/1‑150 (MQ=255)
gATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCg < 1:1097451/150‑1 (MQ=255)
gATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCg > 1:2128288/1‑150 (MQ=255)
gATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCg < 1:2358089/150‑1 (MQ=255)
gATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCg < 1:2462396/150‑1 (MQ=255)
tatGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTATCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGAt < 2:876691/150‑1 (MQ=255)
atGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATg > 1:2152679/1‑150 (MQ=255)
atGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATg > 1:2152296/1‑150 (MQ=255)
atGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTATCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATg > 2:3663676/1‑150 (MQ=255)
tGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGa < 2:3832154/150‑1 (MQ=255)
gtggtgGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAggg < 1:3387300/150‑1 (MQ=255)
gtggCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTATCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTa < 1:1604956/150‑1 (MQ=255)
tggCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAg > 1:2872038/1‑150 (MQ=255)
tggCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAg < 1:2225422/150‑1 (MQ=255)
tggCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAg < 2:1301660/150‑1 (MQ=255)
tggCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTATCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAg < 2:2785049/150‑1 (MQ=255)
cAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGAtt < 1:4313259/150‑1 (MQ=255)
cAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGAtt < 2:1080111/150‑1 (MQ=255)
agagATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTa > 1:4196775/1‑150 (MQ=255)
gagaTTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTAt < 2:3747422/150‑1 (MQ=255)
gaTTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTATCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATcc > 2:2755126/1‑150 (MQ=255)
aTTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATccc > 2:1325874/1‑150 (MQ=255)
aTTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTATCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATccc < 1:980879/150‑1 (MQ=255)
aTTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTATCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATccc < 2:1862827/150‑1 (MQ=255)
ttGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATcccc < 1:631323/150‑1 (MQ=255)
cGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACg > 1:2575623/1‑150 (MQ=255)
cGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTc < 2:669387/150‑1 (MQ=255)
gggTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTATCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTcc < 2:2349739/150‑1 (MQ=255)
tACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTATCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGt > 1:499699/1‑150 (MQ=255)
tGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGGTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGa > 2:1379509/1‑150 (MQ=255)
gTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGata < 2:539569/150‑1 (MQ=255)
tGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGatat < 1:3047418/150‑1 (MQ=255)
tGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTATCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGatat < 1:3603954/150‑1 (MQ=255)
gATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATc < 1:1361778/150‑1 (MQ=255)
aTGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCg < 2:2232497/150‑1 (MQ=255)
aTGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCg < 2:1573207/150‑1 (MQ=255)
aTGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCg < 2:3168485/150‑1 (MQ=255)
gTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATTAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCt > 2:3985202/1‑150 (MQ=255)
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ttttCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCCCATCGAGCAGAAAAc < 2:2580997/150‑1 (MQ=255)
ttttCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCCCATCGAGCAGAAAAc < 1:1152148/150‑1 (MQ=255)
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CCTGCAATTAATCAAAGTATTGCAAAAAGAGATGTCGATGGGCGTTATCTTTATCACTCACGATATGGGCGTGGTGGCAGAGATTGCCGATCGGGTACTGGTGATGTATCAGGGCGAGGCGGTGGAAACGGGTACCGTCGAACAGATTTTTCATGCACCGCAACATCCTTACACCCGTGCGCTGTTAGCTGCTGTTCCGCAACTTGGTGCGATGAAAGGGTTAGATTATCCCCGACGTTTCCCGTTGATATCGCTTGAACATCCAGCGAAACAGGCCCCCCCCATCGAGCAGAAAACGG > CP009273/863596‑863894
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
