Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F434 I0 R1
|
1130 |
215.9 |
7031662 |
97.1% |
6827743 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
729,456 |
G→A |
100% |
R75R (AGG→AGA) |
ybfB → |
putative membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 729,456 | 0 | G | A | 98.7%
| 759.7
/ 0.1
| 231 | R75R (AGG→AGA) | ybfB | putative membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/3); new base A (92/136); total (92/139) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.78e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
TTTCACTATTAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATT > CP009273/729311‑729600
|
tttCACTATTAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAAt > 2:777881/1‑148 (MQ=255)
cACTATTAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGa < 1:3018211/148‑1 (MQ=255)
cACTATTAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGa < 1:640240/148‑1 (MQ=255)
cACTATTAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGa < 1:1192203/148‑1 (MQ=255)
aCTATTAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGAt > 2:3261766/1‑148 (MQ=255)
cTATTAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATa < 2:2722594/148‑1 (MQ=255)
aTTAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATagt > 2:1766659/1‑148 (MQ=255)
aTTAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATagt > 1:3445217/1‑148 (MQ=255)
gACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATagtaagt < 2:2755133/148‑1 (MQ=255)
aCTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATagtaagta > 1:3277332/1‑148 (MQ=255)
ccACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTatat < 2:2666201/148‑1 (MQ=255)
cTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTAtattat < 2:314040/148‑1 (MQ=255)
tCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATg < 2:83982/148‑1 (MQ=255)
tCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAAGTGATAGTAAGTATATTATg > 1:506748/1‑148 (MQ=255)
aTGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGat > 1:75784/1‑148 (MQ=255)
tgtgAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGata > 1:2517440/1‑148 (MQ=255)
tgtgAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGata < 2:2473067/148‑1 (MQ=255)
gtgAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGataa < 2:1808216/148‑1 (MQ=255)
gAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGataata < 2:281454/148‑1 (MQ=255)
gCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGataataat < 1:671554/148‑1 (MQ=255)
gCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGataataat < 1:1464141/148‑1 (MQ=255)
gCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATAATGGCGataataat > 2:493821/1‑148 (MQ=255)
gTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATgg < 1:1113862/148‑1 (MQ=255)
ttAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGc < 1:3082706/148‑1 (MQ=255)
aTTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCttt < 2:3181147/148‑1 (MQ=255)
tAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTAt > 2:364831/1‑148 (MQ=255)
ctcATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTc < 1:2169139/148‑1 (MQ=255)
ctcATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTc < 2:1324546/148‑1 (MQ=255)
cATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTg < 1:2098892/148‑1 (MQ=255)
cTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCagg < 2:1554768/148‑1 (MQ=255)
cTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCagg < 1:777881/148‑1 (MQ=255)
tATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCaggag > 1:456303/1‑148 (MQ=255)
gAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGta > 2:2024705/1‑148 (MQ=255)
aaTGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGtat > 2:879891/1‑148 (MQ=255)
tgatgGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTatat > 2:3291519/1‑148 (MQ=255)
atgGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTc > 1:1168622/1‑148 (MQ=255)
tAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATg > 1:21934/1‑148 (MQ=255)
aaTATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATgg > 1:3118535/1‑148 (MQ=255)
aaTATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATgg < 2:2410231/148‑1 (MQ=255)
tatGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGtt > 1:1389542/1‑148 (MQ=255)
atGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGttt > 1:2657704/1‑148 (MQ=255)
gTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGt > 2:85546/1‑148 (MQ=255)
ttttCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTa < 1:1078845/148‑1 (MQ=255)
ttttCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTa < 2:2256077/148‑1 (MQ=255)
tCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATta < 1:2261414/148‑1 (MQ=255)
aaCAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATtaagt > 1:2711215/1‑148 (MQ=255)
aCAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATtaagta > 2:3352476/1‑148 (MQ=255)
aCAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATtaagta > 1:950123/1‑148 (MQ=255)
cAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATtaagtaa < 2:1362989/148‑1 (MQ=255)
ggCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAgc < 1:1997651/148‑1 (MQ=255)
cATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAgcgc < 1:101921/148‑1 (MQ=255)
tAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCAt < 1:1915794/148‑1 (MQ=255)
aGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCAtt < 1:1729968/148‑1 (MQ=255)
aGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCAtt < 2:619727/148‑1 (MQ=255)
tATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATTTTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATtat < 2:3445217/148‑1 (MQ=255)
ttCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTTTCTTAAGTAATCGCAATATaa > 2:1824732/1‑148 (MQ=255)
tttATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGTTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACa > 2:2194233/1‑148 (MQ=255)
ttATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACaa < 2:1160553/148‑1 (MQ=255)
tATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACaaa < 2:800882/148‑1 (MQ=255)
tATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACaaa > 2:1683625/1‑148 (MQ=255)
aTTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACaaat < 1:3247981/148‑1 (MQ=255)
aTTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACaaat < 2:141241/148‑1 (MQ=255)
aTTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACaaat > 2:3461961/1‑148 (MQ=255)
ttGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACaaata < 1:2373621/148‑1 (MQ=255)
tGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACaaataa < 2:171848/148‑1 (MQ=255)
ctctAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACaaataaat < 2:2162238/148‑1 (MQ=255)
ctctAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACaaataaat < 2:1387450/148‑1 (MQ=255)
ctAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACaaataa > 1:434015/1‑144 (MQ=255)
ctAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACaaataa < 2:434015/144‑1 (MQ=255)
ctAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGGTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTa > 2:3021909/1‑148 (MQ=255)
tatTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGtt > 2:184188/1‑148 (MQ=255)
tttATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTaa < 2:21934/148‑1 (MQ=255)
tttATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTaa < 1:1674245/148‑1 (MQ=255)
ataGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTg < 1:85546/148‑1 (MQ=255)
gggACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGctc < 1:2670820/148‑1 (MQ=255)
ggACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGctct > 2:2341622/1‑148 (MQ=255)
ggACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGctct < 1:1225241/148‑1 (MQ=255)
ggACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGctct < 2:495466/148‑1 (MQ=255)
gACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCtt < 2:3391323/148‑1 (MQ=255)
aCTTTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCtta < 2:2967809/148‑1 (MQ=255)
aCTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCtta < 1:1014795/148‑1 (MQ=255)
aCTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCtta < 2:2268051/148‑1 (MQ=255)
cTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCttat > 2:1630537/1‑148 (MQ=255)
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tGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCttatt < 1:2476770/148‑1 (MQ=255)
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CTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATag > SRR19973065.437032/1‑148 (MQ=60)
TAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGT < SRR19973065.2945122/150‑1 (MQ=60)
TAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGT > SRR19973065.1324327/1‑150 (MQ=60)
TATTTATATGGACTGTATCAGACATTATTGGCTTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGAGATAATAATATTGCTTTATTTTCTGTCAGGAGTGTATATTCAATGGTTTGTATTAATTAAGAGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAA < SRR19973065.2241590/150‑1 (MQ=60)
TATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAA > SRR19973065.104637/1‑150 (MQ=60)
ATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATTGTTTGTATTAAGTAAGAGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAAT > SRR19973065.700564/1‑150 (MQ=60)
TTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATT < SRR19973065.2353402/150‑1 (MQ=60)
TTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATT < SRR19973065.1685444/150‑1 (MQ=60)
TTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTG < SRR19973065.2000245/150‑1 (MQ=60)
ATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCT < SRR19973065.86378/150‑1 (MQ=60)
TAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTC > SRR19973065.3163990/1‑150 (MQ=60)
TAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTC < SRR19973065.3392056/150‑1 (MQ=60)
GGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTT < SRR19973065.2687366/150‑1 (MQ=60)
GGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTA < SRR19973065.2484268/150‑1 (MQ=60)
GGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTA < SRR19973065.1233230/150‑1 (MQ=60)
GACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTTAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTAT < SRR19973065.497142/150‑1 (MQ=60)
GACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTAT > SRR19973065.3022094/1‑150 (MQ=60)
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TGTATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTAT < SRR19973065.1331063/150‑1 (MQ=60)
ATCAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTAT < SRR19973065.1889953/150‑1 (MQ=60)
CAGACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATAT < SRR19973065.2953756/150‑1 (MQ=60)
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ACATTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTA > SRR19973065.1866805/1‑150 (MQ=60)
TTATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACC < SRR19973065.449580/150‑1 (MQ=60)
TATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCT > SRR19973065.71839/1‑150 (MQ=60)
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ATTGGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTG > SRR19973065.1417615/1‑150 (MQ=60)
GGCGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGC > SRR19973065.2862174/1‑150 (MQ=60)
CGTAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACATGGGCAT < SRR19973065.885497/150‑1 (MQ=60)
TAAGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTG < SRR19973065.1702266/150‑1 (MQ=60)
AAGAATTGATAGTAAGTATATTATGTCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAAACTGGGCATTGA > SRR19973065.2261317/1‑150 (MQ=60)
AGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGCGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGAT < SRR19973065.1811490/150‑1 (MQ=60)
AGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGAT < SRR19973065.3384825/150‑1 (MQ=60)
AGAATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGAT < SRR19973065.2353743/150‑1 (MQ=60)
|
TTTCACTATTAGACTCCACTCGTGATGTGAGCGAGTTAATTAGTCTCATGTCTTATGGAATGATGGTAATATGTTTTCCAACAGGCATAGTATTCTTTATTGCTCTAATATTTATAGGGACTGTATCAGACATTATTGGCGTAAGGATTGATAGTAAGTATATTATGGCGATAATAATATGGCTTTATTTTCTGTCAGGAGGGTATATTCAATGGTTTGTATTAAGTAAGCGCATTATAAACAAATAAATTAAGTTAATTGCTCTTATTATTATATGTAACCTGGGCATTGAT > CP009273/729311‑729603
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
