Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F434 I0 R1
|
1130 |
215.9 |
7031662 |
97.1% |
6827743 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,837,532 |
C→A |
100% |
P70Q (CCG→CAG) |
ade → |
cryptic adenine deaminase |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,837,532 | 0 | C | A | 99.1%
| 739.7
/ ‑1.9
| 228 | P70Q (CCG→CAG) | ade | cryptic adenine deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base A (110/116); total (112/116) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.40e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
CCGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGA > CP009273/3837388‑3837676
|
ccGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGc < 1:2491635/148‑1 (MQ=255)
cGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCt < 2:1773364/148‑1 (MQ=255)
tttCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCttt > 2:2112402/1‑148 (MQ=255)
ccGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTTGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAg > 2:1148676/1‑148 (MQ=255)
tGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCgg > 1:2381284/1‑148 (MQ=255)
aCGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGa > 2:461675/1‑148 (MQ=255)
aCGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGa > 2:1551315/1‑148 (MQ=255)
cTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATTGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGc > 1:900179/1‑148 (MQ=255)
cTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGc > 2:2372041/1‑148 (MQ=255)
cTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGc > 2:1495321/1‑148 (MQ=255)
tGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCt < 1:3411132/148‑1 (MQ=255)
tGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCt < 1:2049393/148‑1 (MQ=255)
tGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCt < 2:1812680/148‑1 (MQ=255)
ttGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTcg < 2:2538884/148‑1 (MQ=255)
tGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGCGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTcgc > 1:413077/1‑148 (MQ=255)
ttatattatTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCa < 1:2247384/148‑1 (MQ=255)
ttatattatTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCa < 1:2615020/148‑1 (MQ=255)
ttattGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAAcggc < 1:115091/148‑1 (MQ=255)
tGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTg < 1:532870/148‑1 (MQ=255)
gATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGc < 2:2100951/148‑1 (MQ=255)
aTAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGcc > 2:2432931/1‑148 (MQ=255)
aTGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAgg > 2:911988/1‑148 (MQ=255)
aTGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAgg > 2:890435/1‑148 (MQ=255)
gTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGt < 1:695351/148‑1 (MQ=255)
gTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGt > 2:1933079/1‑148 (MQ=255)
gTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGt > 2:3158774/1‑148 (MQ=255)
ttCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGa < 2:964592/148‑1 (MQ=255)
ttCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGa > 1:2695828/1‑148 (MQ=255)
cGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCt < 2:404794/148‑1 (MQ=255)
cGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCt < 1:543691/148‑1 (MQ=255)
ccTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCAc > 2:1375098/1‑148 (MQ=255)
gATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTGACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTg < 2:1898483/148‑1 (MQ=255)
aTCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGc < 1:3487034/148‑1 (MQ=255)
aTCAATGGCGGAGAAATTTACTGCCCAATTTTGATTAAAGGACGTTACATTGACGGTGTTGGCGCATAATACACTGATGATCAGGCTTTGCAGCTGATAGATGCTCGCGGAGCAACTGCGGTCACAGGGTTTATTGATGCTCACCTGc > 2:1498474/1‑148 (MQ=255)
tCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTAAAATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTGTGCTGCGGATTGATGCTCGCGGCGCACCGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCa > 2:1487120/1‑148 (MQ=255)
cAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCat < 1:2707505/148‑1 (MQ=255)
aTGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCatat < 2:1422114/148‑1 (MQ=255)
aTGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCatat < 1:1867043/148‑1 (MQ=255)
gCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGa > 1:1096052/1‑148 (MQ=255)
gCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGa > 1:2781943/1‑148 (MQ=255)
gagaAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATc > 2:322708/1‑148 (MQ=255)
gagaAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATc > 1:730226/1‑148 (MQ=255)
agaAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATcc > 2:258199/1‑148 (MQ=255)
aaaTTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAg > 1:3449127/1‑148 (MQ=255)
aaaTTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCAGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAg < 2:2769438/148‑1 (MQ=255)
aaTTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGc < 2:64594/148‑1 (MQ=255)
aTTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATAAACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTAGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCa > 1:1935338/1‑148 (MQ=255)
ttCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCatg < 1:2101589/148‑1 (MQ=255)
gtCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCatg < 2:3430435/147‑1 (MQ=255)
tCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCatga < 1:69085/148‑1 (MQ=255)
tCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCatga < 1:1058797/148‑1 (MQ=255)
cGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCatgatg < 2:3120847/148‑1 (MQ=255)
cGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCatgatg < 1:95246/148‑1 (MQ=255)
cGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCatgatg > 2:2223472/1‑148 (MQ=255)
cccAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACg < 1:3159789/148‑1 (MQ=255)
ccAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGc < 1:2112402/148‑1 (MQ=255)
aaTTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCg < 1:3014834/148‑1 (MQ=255)
aaTTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCg > 2:233451/1‑148 (MQ=255)
aaTTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCg < 1:3014332/148‑1 (MQ=255)
aaTTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCg > 2:2702493/1‑148 (MQ=255)
aTTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCgg > 2:19470/1‑148 (MQ=255)
tgtgATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTc > 1:1422374/1‑148 (MQ=255)
gtgATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCa < 1:2210317/148‑1 (MQ=255)
gtgATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCa < 1:1033219/148‑1 (MQ=255)
ttAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCCGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACttt > 2:1045660/1‑148 (MQ=255)
ttAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACttt > 2:2971649/1‑148 (MQ=255)
tAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACtttt < 1:3263698/148‑1 (MQ=255)
tAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACtttt > 2:1274075/1‑148 (MQ=255)
aaaGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTg < 2:535505/148‑1 (MQ=255)
aGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGaa > 1:363995/1‑148 (MQ=255)
aGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGaa < 2:2846156/148‑1 (MQ=255)
cGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCg > 1:2662166/1‑148 (MQ=255)
cGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCg > 1:2894564/1‑148 (MQ=255)
cGTTACATTCCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTAAGGCTTTGCAGCGTATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGTGTTTATTGATGCTCACCTGCATAATGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTGTGAAACCg > 1:2318125/1‑148 (MQ=255)
tACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTa > 2:2050817/1‑148 (MQ=255)
tACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTa < 1:19470/148‑1 (MQ=255)
aCATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTAc < 2:2910245/148‑1 (MQ=255)
ttGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCt > 1:2585536/1‑148 (MQ=255)
tGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTg < 1:1478184/148‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTg > 2:837113/1‑148 (MQ=255)
tGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTg < 1:1533945/148‑1 (MQ=255)
tGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTg > 1:1367612/1‑148 (MQ=255)
gtgtTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCcgcg < 1:1283633/148‑1 (MQ=255)
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TTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGAT < SRR19973065.2115048/150‑1 (MQ=60)
TCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATG < SRR19973065.2701990/150‑1 (MQ=60)
TCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATG < SRR19973065.69818/150‑1 (MQ=60)
TCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATG < SRR19973065.1065816/150‑1 (MQ=60)
CGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGAC < SRR19973065.96141/150‑1 (MQ=60)
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TAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGA < SRR19973065.3283479/150‑1 (MQ=60)
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TTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACTCTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGTGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTAC < SRR19973065.3530217/150‑1 (MQ=60)
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CATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCT > SRR19973065.2601641/1‑150 (MQ=60)
ATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTG > SRR19973065.1376648/1‑150 (MQ=60)
TGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCC < SRR19973065.1487635/150‑1 (MQ=60)
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GTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCG < SRR19973065.1292101/150‑1 (MQ=60)
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CACTGATGCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTAT > SRR19973065.2458476/1‑150 (MQ=60)
TGATGCTGAGGCTTTGCAGCGGTTTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATTTTGAATCCAGCTTGTTGACGCCGGTCACTTTTGAATCCGCTACCCTTCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTG < SRR19973065.3425205/150‑1 (MQ=60)
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GCTCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGAC < SRR19973065.618736/150‑1 (MQ=60)
TCAGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACCC > SRR19973065.2059007/1‑150 (MQ=60)
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AGCCGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGCCAGGGTTTATTGATGCTCACCTGCATATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTTGAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACCC > CP009273/3837386‑3837679
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |