Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F247 I0 R1
|
1496 |
299.8 |
9582018 |
97.8% |
9371213 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
259,494 |
G→T |
82.6% |
C75* (TGC→TGA) |
yafW ← |
CP4‑6 prophage; antitoxin of the YkfI‑YafW toxin‑antitoxin system |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 259,494 | 0 | G | T | 82.6%
| 597.9
/ 145.6
| 279 | C75* (TGC→TGA) | yafW | CP4‑6 prophage; antitoxin of the YkfI‑YafW toxin‑antitoxin system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/25); new base T (112/118); total (136/143) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
CGCCCGCTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCAGATAATG > CP009273/259348‑259637
|
cgcccgcTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCa > 1:2459762/1‑149 (MQ=255)
cccgcTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGt < 1:1036349/149‑1 (MQ=255)
cccgcTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGt < 1:1697482/149‑1 (MQ=255)
gAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCAt > 2:3761107/1‑149 (MQ=255)
tATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCAtggtg > 2:998647/1‑149 (MQ=255)
tATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCAtggtg > 2:3612358/1‑149 (MQ=255)
tATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCAtggtg < 1:398822/149‑1 (MQ=255)
ttGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTggg > 2:4114595/1‑149 (MQ=255)
tGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTgggg > 1:2757506/1‑149 (MQ=255)
gCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTggggg > 1:4545446/1‑149 (MQ=255)
aGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCt > 1:3117299/1‑149 (MQ=255)
ggTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTg < 2:1135169/149‑1 (MQ=255)
aaGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGtt > 2:2800675/1‑149 (MQ=255)
gTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCa > 2:121652/1‑149 (MQ=255)
gTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCa > 2:1443883/1‑149 (MQ=255)
gTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCa > 2:193309/1‑149 (MQ=255)
gTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCa > 2:2816291/1‑149 (MQ=255)
tCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCgg > 1:1827601/1‑149 (MQ=255)
tCATGTGTGCTCTCTTGTAGGTAATTAACGCTGAGAGGGGTAAATGGCCATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTACGCAGCTTAAATCGGTGTGGTACAGCGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCgg > 2:4061023/1‑149 (MQ=255)
tGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCggtgg > 1:237460/1‑149 (MQ=255)
gTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCggtggt < 2:1308051/149‑1 (MQ=255)
tttGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTc < 1:1330882/149‑1 (MQ=255)
gCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGc < 1:2096568/149‑1 (MQ=255)
ctctCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCa < 1:2382751/149‑1 (MQ=255)
tctcGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCAt > 1:3997547/1‑149 (MQ=255)
tctcGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCAt > 2:2995475/1‑149 (MQ=255)
tctcGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCAt > 2:3282585/1‑149 (MQ=255)
ctcGTGGAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATc < 2:2645496/149‑1 (MQ=255)
cGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGa < 2:3007171/149‑1 (MQ=255)
gtgtAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGAt < 1:2233607/149‑1 (MQ=255)
gtgtAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGAt < 1:807540/149‑1 (MQ=255)
gtgtAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGAt < 1:4337037/149‑1 (MQ=255)
gtgtAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGAt < 1:4377547/149‑1 (MQ=255)
tgtAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGAtt < 2:2456504/149‑1 (MQ=255)
tAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTcc > 1:4787111/1‑149 (MQ=255)
aGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCa > 2:508208/1‑149 (MQ=255)
ggTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCAt < 2:938193/149‑1 (MQ=255)
ggTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCAt < 1:4173263/149‑1 (MQ=255)
tAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCt < 1:4472240/149‑1 (MQ=255)
tAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCt < 1:3921041/149‑1 (MQ=255)
aaTTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTg < 2:341524/149‑1 (MQ=255)
ttAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTgga < 2:762332/149‑1 (MQ=255)
ttAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTgga > 1:4635997/1‑149 (MQ=255)
ttAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTgga > 1:3650716/1‑149 (MQ=255)
ttAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTgga > 1:2692552/1‑149 (MQ=255)
ttAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTgga < 2:1262486/149‑1 (MQ=255)
ttAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTgga < 1:1594358/149‑1 (MQ=255)
ttAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAAGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTgga > 2:4638723/1‑149 (MQ=255)
cGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGAt < 1:1917929/149‑1 (MQ=255)
cGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGAt > 2:3628643/1‑149 (MQ=255)
tGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATaaa < 1:2123240/149‑1 (MQ=255)
gAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAg > 2:3985035/1‑149 (MQ=255)
gTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTg < 2:454266/149‑1 (MQ=255)
gTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTg < 1:3870435/149‑1 (MQ=255)
gTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTg > 2:496554/1‑149 (MQ=255)
gTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTg > 1:4732196/1‑149 (MQ=255)
gggTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCATCTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGTCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCgg < 2:2170208/149‑1 (MQ=255)
gggTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCAGGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCgg > 2:2101915/1‑149 (MQ=255)
tAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGaa > 1:1285374/1‑149 (MQ=255)
tAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGaa < 2:2365915/149‑1 (MQ=255)
aTGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGt > 1:573939/1‑149 (MQ=255)
aTGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGt < 2:2847100/149‑1 (MQ=255)
aTGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGt > 2:1661938/1‑149 (MQ=255)
tGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGtt < 2:1837557/149‑1 (MQ=255)
aTGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATc < 1:1994238/149‑1 (MQ=255)
tGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATcc < 1:2887679/149‑1 (MQ=255)
tataCGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAg > 1:3289405/1‑149 (MQ=255)
cGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTc < 2:3932101/149‑1 (MQ=255)
cGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTc < 1:3160887/149‑1 (MQ=255)
ccGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCa < 1:3022313/149‑1 (MQ=255)
gCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCAtt < 1:997392/149‑1 (MQ=255)
aaCTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCg > 2:1220642/1‑149 (MQ=255)
aaCTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCg > 2:3527116/1‑149 (MQ=255)
cTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGAt < 2:310062/149‑1 (MQ=255)
tGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATg < 2:1495972/149‑1 (MQ=255)
tGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGGTACATCGTTGTGGGACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGCGTTCCCCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGAGAAAGTGCGGGAATGGTTCATCCAGCTGCCGGCATTCGagg < 2:2625977/149‑3 (MQ=255)
gCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGt < 2:3826864/149‑1 (MQ=255)
aaGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGACTGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCAc > 2:3611247/1‑149 (MQ=255)
aaGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCAc < 1:1026366/149‑1 (MQ=255)
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GTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATT < SRR19973071.4392925/150‑1 (MQ=60)
GTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATT < SRR19973071.2242249/150‑1 (MQ=60)
GTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATT > SRR19973071.2768711/1‑150 (MQ=60)
GTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCC > SRR19973071.2701297/1‑150 (MQ=60)
GTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCC > SRR19973071.4803981/1‑150 (MQ=60)
TAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCA > SRR19973071.2104048/1‑150 (MQ=60)
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TAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTG < SRR19973071.4488098/150‑1 (MQ=60)
TAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTG < SRR19973071.3934859/150‑1 (MQ=60)
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GCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAA < SRR19973071.1314770/150‑1 (MQ=60)
CTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAA > SRR19973071.309167/1‑150 (MQ=60)
TGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAG < SRR19973071.2131084/150‑1 (MQ=60)
TGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAG < SRR19973071.2131096/150‑1 (MQ=60)
AGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTG > SRR19973071.4748951/1‑150 (MQ=60)
GTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGC < SRR19973071.3884132/150‑1 (MQ=60)
GGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGG < SRR19973071.2036379/150‑1 (MQ=60)
GTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAA > SRR19973071.1290044/1‑150 (MQ=60)
TAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAAT < SRR19973071.1928858/150‑1 (MQ=60)
AATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGT > SRR19973071.576088/1‑150 (MQ=60)
TGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTT < SRR19973071.1479301/150‑1 (MQ=60)
GGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTC < SRR19973071.3292835/150‑1 (MQ=60)
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ATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCC > SRR19973071.4100306/1‑150 (MQ=60)
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ATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCC > SRR19973071.4365841/1‑150 (MQ=60)
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TGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGT > SRR19973071.1042230/1‑150 (MQ=60)
AAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACT < SRR19973071.1030080/150‑1 (MQ=60)
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TGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCC > SRR19973071.4773528/1‑150 (MQ=60)
CAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCAGATA < SRR19973071.626531/150‑1 (MQ=60)
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GGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCAGATAAT < SRR19973071.406253/150‑1 (MQ=60)
GGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCAGATAAT < SRR19973071.920257/150‑1 (MQ=60)
GGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCAGATAAT < SRR19973071.920407/150‑1 (MQ=60)
TCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCAGATAATGCAGTCG < SRR19973071.664367/150‑1 (MQ=60)
TCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCAGATAATGCAGTCG > SRR19973071.874496/1‑150 (MQ=60)
|
CCGCCCGCTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCAGATAATGCAGTCG > CP009273/259347‑259643
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
