Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F218 I0 R1
|
1506 |
278.7 |
9275112 |
94.5% |
8764980 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
259,494 |
G→T |
6.2% |
C75* (TGC→TGA) |
yafW ← |
CP4‑6 prophage; antitoxin of the YkfI‑YafW toxin‑antitoxin system |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 259,494 | 0 | G | T | 6.2%
| 1124.0
/ 30.6
| 294 | C75* (TGC→TGA) | yafW | CP4‑6 prophage; antitoxin of the YkfI‑YafW toxin‑antitoxin system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (147/128); new base T (5/14); total (152/142) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.09e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
CCGCCCGCTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCAGATAATGCAGTCG > CP009273/259347‑259643
|
cccgcTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTg < 1:3459245/150‑1 (MQ=255)
cccgcTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTg < 2:2508726/150‑1 (MQ=255)
cgcTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTggg < 1:4627913/150‑1 (MQ=255)
tGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACATGGTAACGCAGTGGGCAt < 2:4108001/150‑1 (MQ=255)
tGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCAt > 1:4540058/1‑150 (MQ=255)
tGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCAt > 1:3401819/1‑150 (MQ=255)
aGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCAtgg > 1:1025668/1‑150 (MQ=255)
tATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCAtggtgg > 2:2307450/1‑150 (MQ=255)
tATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCAtggtgg < 2:1174197/150‑1 (MQ=255)
aTTGCCGGTAAAGTTATCAAGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACTTAGCCTCAACTGACAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGGTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGAAGTGGGCAtgcgggg > 2:1200770/1‑145 (MQ=255)
aTTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTggg > 1:509280/1‑150 (MQ=255)
aTTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTggg > 2:3988998/1‑150 (MQ=255)
aTTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTggg > 2:2855673/1‑150 (MQ=255)
ttGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTgggg < 2:3238632/150‑1 (MQ=255)
ttGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTgggg > 2:4013485/1‑150 (MQ=255)
cAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCt > 2:3318859/1‑150 (MQ=255)
aGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTg > 2:4378663/1‑150 (MQ=255)
aaGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTCACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTc < 2:4488665/150‑1 (MQ=255)
aaGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAAAGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTc < 1:2155950/150‑1 (MQ=255)
tttCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCg < 1:2933503/150‑1 (MQ=255)
tCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCggt < 1:1412076/150‑1 (MQ=255)
aTGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCggtgg < 1:4185421/150‑1 (MQ=255)
gTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTc > 1:2856528/1‑150 (MQ=255)
tttGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCa < 1:212931/150‑1 (MQ=255)
tttGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCa < 1:4387864/150‑1 (MQ=255)
tGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGc < 1:2793974/150‑1 (MQ=255)
ctcGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCg < 1:4054729/150‑1 (MQ=255)
gtAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTcc < 1:2259873/150‑1 (MQ=255)
tAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCa > 2:1692451/1‑150 (MQ=255)
aGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCAt > 1:2768836/1‑150 (MQ=255)
aGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCAt > 1:3902689/1‑150 (MQ=255)
ggTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGCGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATc > 1:1262363/1‑150 (MQ=255)
gTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCt < 2:2475174/150‑1 (MQ=255)
gTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCt < 1:383452/150‑1 (MQ=255)
tAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTg > 1:2869377/1‑150 (MQ=255)
tAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTg > 2:3172451/1‑150 (MQ=255)
aaCGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTggagga < 2:596111/150‑1 (MQ=255)
aaCGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTggagga < 1:1726084/150‑1 (MQ=255)
cGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATa > 1:2005583/1‑150 (MQ=255)
tGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAg > 1:1887428/1‑150 (MQ=255)
gAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGt < 1:3728436/150‑1 (MQ=255)
gAGTGGGGTAAATGGCGATGAATACGTAGCCGCAAATGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGAGGGCATGGTGCGTGCTGAGTACACCGCTGGTCAGCATCGATACCATCAGGAGGATAAAGt > 1:945595/1‑150 (MQ=255)
aGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTg > 1:3284710/1‑150 (MQ=255)
tGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCg > 1:2563380/1‑150 (MQ=255)
gggTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCggg < 1:1632843/150‑1 (MQ=255)
gTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGaa < 2:1222017/150‑1 (MQ=255)
tAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAAt > 2:4412178/1‑150 (MQ=255)
aaTGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGt < 1:2978175/150‑1 (MQ=255)
aaTGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGt < 1:3149903/150‑1 (MQ=255)
aaTGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGt < 2:1738880/150‑1 (MQ=255)
ggCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTc > 2:2701893/1‑150 (MQ=255)
ataCGTAGCCGCAACTGTCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCt > 2:2164147/1‑150 (MQ=255)
ataCGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCt < 1:1522527/150‑1 (MQ=255)
ataCGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCt > 2:1670355/1‑150 (MQ=255)
cGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTcc < 2:3538302/150‑1 (MQ=255)
cGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTcc < 2:4572391/150‑1 (MQ=255)
gTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCg < 2:1248168/150‑1 (MQ=255)
gTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCg < 1:699833/150‑1 (MQ=255)
gCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCa < 2:4297615/150‑1 (MQ=255)
ccGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGAGAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCag > 1:1475843/1‑149 (MQ=255)
gCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTc < 1:88241/150‑1 (MQ=255)
gCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTc < 2:2903532/150‑1 (MQ=255)
gCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTc > 1:3566215/1‑150 (MQ=255)
aaCTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGACTGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGa > 2:4607834/1‑150 (MQ=255)
aaCTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGa < 2:2495082/150‑1 (MQ=255)
cTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATg < 2:3772156/150‑1 (MQ=255)
tGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGt > 2:424592/1‑150 (MQ=255)
tGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGt > 2:2547391/1‑150 (MQ=255)
aaGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACt > 1:3764523/1‑150 (MQ=255)
gggTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGa > 2:1368914/1‑150 (MQ=255)
gtCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACtt > 2:1599664/1‑150 (MQ=255)
cGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGc > 1:2615736/1‑150 (MQ=255)
cTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCgg > 1:1765055/1‑150 (MQ=255)
cTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCgg > 1:1059705/1‑150 (MQ=255)
ttCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGt > 2:240399/1‑150 (MQ=255)
gCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGAt < 2:1000335/150‑1 (MQ=255)
gCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGAt > 2:3496545/1‑150 (MQ=255)
cAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATg > 2:3888343/1‑150 (MQ=255)
aGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGc > 2:2661741/1‑150 (MQ=255)
gTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGTTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTg < 1:3715643/150‑1 (MQ=255)
aaaTCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGcc > 2:677943/1‑150 (MQ=255)
atagatgtgGTACATCGTAACGCAGTGGTCATGGTGGGGGCTGAGTTCACATGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCTGGAATGTTTCATCCAGCTTCAGGCATTAGATGTCACTTAACTTGCAGTTGATGCTGGCACg > 2:455689/6‑150 (MQ=255)
aTCGTTGTGGTACAGGGTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCg < 2:1017377/150‑1 (MQ=255)
aTCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCg > 1:746085/1‑150 (MQ=255)
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ttGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCa < 2:4310410/150‑1 (MQ=255)
tgtgGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAg < 2:1994708/150‑1 (MQ=255)
ggTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCa > 1:4537963/1‑150 (MQ=255)
aCAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCAGAt > 1:3108785/1‑150 (MQ=255)
aCAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCAGAt > 1:404785/1‑150 (MQ=255)
cAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCAGATa < 1:272731/150‑1 (MQ=255)
aGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCAGATaa > 1:1112727/1‑150 (MQ=255)
aGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCAGATaa < 2:646003/150‑1 (MQ=255)
aGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCAGATaa > 1:2959035/1‑150 (MQ=255)
gggTAACGCAGTGTGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCATCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCAGATAAt < 2:3790580/150‑1 (MQ=255)
gggTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCAGATAAt < 2:2051504/150‑1 (MQ=255)
ggTAACTCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCAGATAATg < 2:2947457/150‑1 (MQ=255)
tAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCAGATAATGCa > 1:686658/1‑150 (MQ=255)
cGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCAGATAATGCAGTc > 2:3712539/1‑150 (MQ=255)
|
CCGCCCGCTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGCATGGTGGGGGCTGAGTTCACCGGTGGTCAGCATCGATTCCATCTGGAGGATAAAGTGCGGGAATGTTTCATCCAGCTTCCGGCATTCGATGTCACTGAACTTGCCGGTGATGCTGGCCCGGTCAGCCAGATAATGCAGTCG > CP009273/259347‑259643
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
