Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F247 I0 R1
|
1496 |
299.8 |
9582018 |
97.8% |
9371213 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,172,212 |
C→A |
15.4% |
S46S (TCC→TCA) |
lolD → |
outer membrane‑specific lipoprotein transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,172,212 | 0 | C | A | 15.4%
| 703.8
/ 74.3
| 226 | S46S (TCC→TCA) | lolD | outer membrane‑specific lipoprotein transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (113/78); new base A (20/15); total (133/93) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.53e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
GCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTGCGCAACCAGAAGCTGGGCTTTATTTATCAGTTTC > CP009273/1172065‑1172360
|
gCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCg > 1:289760/1‑149 (MQ=255)
cTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCgg > 1:2703448/1‑149 (MQ=255)
gattAAGATCCTGTTGCAATGCGACAAGCTGTGCATTCGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGTTGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCt < 2:1404273/146‑1 (MQ=255)
aaTAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCtt < 2:531562/149‑1 (MQ=255)
aaTAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCtt > 1:2132842/1‑149 (MQ=255)
aaTAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCtt > 1:3504957/1‑149 (MQ=255)
aTAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTtg < 2:1761407/149‑1 (MQ=255)
aTAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTtg > 2:4775912/1‑149 (MQ=255)
tAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTtgc < 2:2035265/149‑1 (MQ=255)
tAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTtgc < 2:425707/149‑1 (MQ=255)
tAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTtgc < 1:789376/149‑1 (MQ=255)
tAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTtgc > 1:3878135/1‑149 (MQ=255)
tAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTtgc > 1:434738/1‑149 (MQ=255)
aaGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTtgct < 1:511624/149‑1 (MQ=255)
aaGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTtgct > 2:3064842/1‑149 (MQ=255)
aaGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTtgct > 2:4614814/1‑149 (MQ=255)
aaGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTtgct < 2:3665108/149‑1 (MQ=255)
aGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTtgctg > 2:3538891/1‑149 (MQ=255)
gATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTtgctgc > 1:2322091/1‑149 (MQ=255)
aTCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCa > 2:3610967/1‑149 (MQ=255)
tCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCAc > 1:1061971/1‑149 (MQ=255)
cTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACct > 1:2659806/1‑149 (MQ=255)
cTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACct > 1:1280285/1‑149 (MQ=255)
gTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTTGCTGCACctgc > 1:2272456/1‑149 (MQ=255)
ttGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACctgct > 1:3332452/1‑149 (MQ=255)
cAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTggg > 2:3096718/1‑149 (MQ=255)
aaTGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTgggc > 1:1012955/1‑149 (MQ=255)
aaTGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTgggc > 2:2914036/1‑149 (MQ=255)
tGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTgggcgg > 1:4685059/1‑149 (MQ=255)
gACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCt > 1:3115255/1‑149 (MQ=255)
aCAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTg > 1:634359/1‑149 (MQ=255)
aCAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTg > 2:17099/1‑149 (MQ=255)
aaCCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGa < 2:1146797/149‑1 (MQ=255)
aaCCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGa < 1:2568970/149‑1 (MQ=255)
aaCCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGa < 2:2208737/149‑1 (MQ=255)
aCCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGAt > 2:2163347/1‑149 (MQ=255)
cccgtgCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATa > 1:3980396/4‑149 (MQ=255)
cTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATAc > 1:4523751/1‑149 (MQ=255)
tgCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGcc > 1:1178443/1‑149 (MQ=255)
cAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCaa < 2:2724052/149‑1 (MQ=255)
aaaCGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAAc > 1:1339518/1‑149 (MQ=255)
aaCGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAAcc < 1:2756825/149‑1 (MQ=255)
cGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTTGCTGCCCCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTc < 2:2414210/149‑1 (MQ=255)
tATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTAAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTACGGTAAAAGTACAATGCTGCACCAGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCACCgg > 1:1930965/1‑149 (MQ=255)
cAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGa > 2:4664829/1‑149 (MQ=255)
gAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGAtgt > 1:1696230/1‑149 (MQ=255)
aaGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGAtgtg > 2:474666/1‑149 (MQ=255)
aaGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGAtgtg > 2:2999337/1‑149 (MQ=255)
aGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGa > 1:4720387/1‑149 (MQ=255)
aGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGa > 1:3451852/1‑149 (MQ=255)
aGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGa > 1:1538791/1‑149 (MQ=255)
ggCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGAt > 1:238399/1‑149 (MQ=255)
gCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGAtt < 1:4188207/149‑1 (MQ=255)
aGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGAtttt < 2:3737560/149‑1 (MQ=255)
gtgCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTaa < 2:3497729/149‑1 (MQ=255)
tgCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAAt < 1:1364980/149‑1 (MQ=255)
aaaCCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGt > 1:2513818/1‑149 (MQ=255)
aCCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCa > 2:46843/1‑149 (MQ=255)
cGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGc > 2:350065/1‑149 (MQ=255)
gATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGcc > 1:1812478/1‑149 (MQ=255)
tttgctgcACAATGTCAGTTTCAGAGTAGGAGAAGGTTAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGTCGGGCTGGTTACTCCAACCTCCGGCTATGTGATTTTTAATGGTCAGCCaa < 1:2948788/147‑1 (MQ=255)
tgtgCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCaa < 1:668480/149‑1 (MQ=255)
tgtgCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCaa < 1:2462572/149‑1 (MQ=255)
tgtgCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCaa < 1:2949194/149‑1 (MQ=255)
gtgCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAAt < 1:3161480/149‑1 (MQ=255)
gctgcACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGa > 2:1608514/1‑149 (MQ=255)
gcACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCa < 1:863806/149‑1 (MQ=255)
acaATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCaaa < 2:4412542/149‑1 (MQ=255)
acaATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCaaa < 2:3852846/149‑1 (MQ=255)
aaTGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACt > 1:3624007/1‑149 (MQ=255)
aTGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTg > 1:642713/1‑149 (MQ=255)
tGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTgt < 1:3077457/149‑1 (MQ=255)
aGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTgtcgtc < 2:2703448/149‑1 (MQ=255)
aGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTgtcgtc > 2:4111811/1‑149 (MQ=255)
aGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTgtcgtc > 1:3771025/1‑149 (MQ=255)
tttCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCgg < 2:22545/149‑1 (MQ=255)
ttCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGc < 1:3981690/149‑1 (MQ=255)
ttCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGc < 1:3416968/149‑1 (MQ=255)
tCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGACGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCa < 2:1016141/149‑1 (MQ=255)
gCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCg > 2:1508616/1‑149 (MQ=255)
aaGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGaa < 1:2883203/149‑1 (MQ=255)
tGAACTGATGGCGCTCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTgc < 1:1630980/149‑1 (MQ=255)
tGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTgc < 1:1209203/149‑1 (MQ=255)
aaTGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTGCGCa > 2:2503166/1‑149 (MQ=255)
atgatgGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTGCGCaa > 2:4077860/1‑149 (MQ=255)
atgatgGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTGCGCaa > 2:4078070/1‑149 (MQ=255)
gatgGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTGCGCAAcc < 1:4053834/149‑1 (MQ=255)
gatgGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTGCGCAAcc > 2:2859840/1‑149 (MQ=255)
tgGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTGCGCAACCAg > 2:4160686/1‑149 (MQ=255)
gATCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTGCGCAACCAGAAGc > 2:4086712/1‑149 (MQ=255)
aTCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTGCGCAACCAGAAGCt > 2:2364185/1‑149 (MQ=255)
aTCGTCGGTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTGCGCAACCAGAAGCt > 1:1663726/1‑149 (MQ=255)
aTCGTCGGTAGCTCAGGTTCCGGTAAAAGAACCTTGCTGCACCAGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGAGATTTTTAATGGACAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTGCGCAACCAGAAGCt > 2:4694084/1‑149 (MQ=255)
gtcgGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTGCGCAACCAGAAGCTggg > 2:3778081/1‑149 (MQ=255)
ggTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATTGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTGCGCAACCAGAAGCTGGGCtt < 1:2583423/149‑1 (MQ=255)
gTAGCTCTGGTTCAGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTGCGCAACCAGAAGCTGGGCttt < 2:512739/149‑1 (MQ=255)
tctGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTGCGCAACCAGAAGCTGGGCtttattta > 2:730516/1‑149 (MQ=255)
ggTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTGCGCAACCAGAAGCTGGGCTTTATTTATCa > 2:1095087/1‑149 (MQ=255)
gTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTGCGCAACCAGAAGCTGGGCTTTATTTATCAg > 1:1008711/1‑149 (MQ=255)
ttCAGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTGTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTGCGCAACCAGAAGCTGGGCTTTGTTTGTCAGt > 2:3400939/1‑149 (MQ=255)
|
GCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATGAGCAAACTGTCGTCGGCAGCGAAAGCTGAACTGCGCAACCAGAAGCTGGGCTTTATTTATCAGTTTC > CP009273/1172065‑1172360
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
