Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F247 I0 R1
|
1496 |
299.8 |
9582018 |
97.8% |
9371213 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,213,332 |
G→T |
30.7% |
M183I (ATG→ATT) |
ycgG → |
putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,213,332 | 0 | G | T | 30.7%
| 499.2
/ 208.9
| 263 | M183I (ATG→ATT) | ycgG | putative membrane‑anchored cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (86/96); new base T (40/41); total (126/137) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.90e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.11e-01 |
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
GCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGATAAAGGCTTTGGGATTTTAATATTTATTCTGTTAATCGCCT > CP009273/1213185‑1213480
|
gCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGtgatga < 2:1517943/149‑1 (MQ=255)
ctctATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGAc < 1:985561/149‑1 (MQ=255)
ctctATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGAc < 1:985611/149‑1 (MQ=255)
tctATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACg > 1:4474552/1‑149 (MQ=255)
tATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCt < 1:4709182/149‑1 (MQ=255)
tATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCt > 2:4734271/1‑149 (MQ=255)
tATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCt > 2:4334518/1‑149 (MQ=255)
aGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCTTAAt > 1:2730201/1‑149 (MQ=255)
aGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAAt < 1:4583911/149‑1 (MQ=255)
aGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAAt > 1:435180/1‑149 (MQ=255)
gAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTTGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATg < 1:2440298/149‑1 (MQ=255)
gAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATg < 1:4725324/149‑1 (MQ=255)
gAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATg < 1:2583722/149‑1 (MQ=255)
aaCCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTACTgg > 2:3553168/1‑149 (MQ=255)
aaTTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACAt > 2:29547/1‑149 (MQ=255)
aTTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACAtt > 1:3273383/1‑149 (MQ=255)
aTTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACAtt > 2:1040241/1‑149 (MQ=255)
aGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCTTAATGGACATTATCCCt > 1:363827/1‑149 (MQ=255)
aGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCt < 1:280143/149‑1 (MQ=255)
gATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCTTAATGGACATTATCCCta > 2:1219272/1‑149 (MQ=255)
tACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCtata < 1:1454567/149‑1 (MQ=255)
gcgcATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCg > 1:520470/1‑149 (MQ=255)
gcgcATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTCTACCg > 2:31745/1‑149 (MQ=255)
gcATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCgag > 1:2762977/1‑149 (MQ=255)
aTTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGaa < 1:552111/149‑1 (MQ=255)
aTTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTCTACCGAGaa > 2:3593872/1‑149 (MQ=255)
ttttGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAg < 1:3134753/149‑1 (MQ=255)
ttttGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAg > 1:3431050/1‑149 (MQ=255)
tGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGtt > 2:1846676/1‑149 (MQ=255)
tGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGtt < 1:72599/149‑1 (MQ=255)
gTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCa < 2:1144556/149‑1 (MQ=255)
aCGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTc > 2:1406932/1‑149 (MQ=255)
gATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGTTTCACTCca < 2:4125034/149‑1 (MQ=255)
aaGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACaa > 1:3751076/1‑149 (MQ=255)
aGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACaaa > 2:410342/1‑149 (MQ=255)
gATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAata > 2:2662083/1‑149 (MQ=255)
gATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAata > 1:823128/1‑149 (MQ=255)
aTCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAatat < 2:2271510/149‑1 (MQ=255)
gCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCAtt > 2:3070140/1‑149 (MQ=255)
cATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCTTAATGGACATTATCCATATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCAttt > 2:386804/1‑149 (MQ=255)
atatTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTc > 2:3776501/1‑149 (MQ=255)
tatTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCa > 2:1740805/1‑149 (MQ=255)
tatTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCa > 2:3823366/1‑149 (MQ=255)
atTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCAc < 1:1672949/149‑1 (MQ=255)
gTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACtatt > 1:2328761/1‑149 (MQ=255)
gTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACtatt < 1:4299993/149‑1 (MQ=255)
tGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACtatta < 1:4153045/149‑1 (MQ=255)
ggggCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACtattat > 2:1286476/1‑149 (MQ=255)
ggCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCt > 1:3681169/1‑149 (MQ=255)
cACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCttt > 1:546351/1‑149 (MQ=255)
aCTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTa > 1:1044193/1‑149 (MQ=255)
aCTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTa < 1:4054841/149‑1 (MQ=255)
aaTGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAAccc > 1:3775684/1‑149 (MQ=255)
tACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACccgccg > 2:4028847/1‑149 (MQ=255)
ccTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCa > 2:1549659/1‑149 (MQ=255)
ttGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCAct > 1:4497135/1‑149 (MQ=255)
tGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCActc > 1:4434252/1‑149 (MQ=255)
tGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCActc < 1:1592923/149‑1 (MQ=255)
aaaGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCtt < 1:2263757/149‑1 (MQ=255)
aaaGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCtt < 1:1840480/149‑1 (MQ=255)
aGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTa > 1:1557868/1‑149 (MQ=255)
aGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTa > 1:1013478/1‑149 (MQ=255)
gggTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGc < 1:3342051/149‑1 (MQ=255)
gggTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGc < 1:3037436/149‑1 (MQ=255)
gggTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGc < 1:953295/149‑1 (MQ=255)
tAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTc > 1:4207136/1‑149 (MQ=255)
tAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATGTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTc < 2:2692450/149‑1 (MQ=255)
gtatgtatTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACa < 1:3956195/149‑1 (MQ=255)
gtatgtatTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTGTAGCTTCTACa > 2:4122427/1‑149 (MQ=255)
tatgtatTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAg > 2:3309149/1‑149 (MQ=255)
gtatTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATTGACATTATCCCTATACCGATAAGGTTCAATCAACAAAATATAATTTCACTATTATCTTTAACAAGCCGCCACTCTTTAGCTTATACAGACt > 1:2873871/1‑149 (MQ=255)
gtatTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACt > 1:1391743/1‑149 (MQ=255)
ttACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTAt < 1:2480782/149‑1 (MQ=255)
ttACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTAt < 2:18766/149‑1 (MQ=255)
tACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATc < 1:3355454/149‑1 (MQ=255)
aCGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCg > 1:2147881/1‑149 (MQ=255)
aCGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCg < 1:2851751/149‑1 (MQ=255)
cgcgTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGa < 2:529970/149‑1 (MQ=255)
gcgTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGAt < 1:3674470/149‑1 (MQ=255)
cgTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGATa < 2:745562/149‑1 (MQ=255)
ggCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGATAAAg > 2:911145/1‑149 (MQ=255)
cGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGATAAAGGc < 2:4417005/149‑1 (MQ=255)
ggATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATTACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGATAAAGGCt < 1:1738997/149‑1 (MQ=255)
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tgtgatgACGATTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGATAAAGGCTTTGGGATTTTAATATTTATTCTGTTaa < 1:4170153/149‑1 (MQ=255)
gtgattACGCTAAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGATAAAGGCTTTGGGATTTTAATATTTATTCTGTTAAt < 1:3075109/149‑1 (MQ=255)
gaCGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGATAAAGGCTTTGGGATTTTAATATTTATTCTGTTAATCGCCt < 1:1151105/149‑1 (MQ=255)
|
GCTCTATCAGAACCAATTTGCAGATACGCGCATTTTGGTTACGATAAGCGATCAGCATATTCGTGGGGCACTTAATGTACCCTTGAAAGGGGTAAGGTATGTATTACGCGTGGCGGATGACATTATTGGACCAACGGGTGATGTGATGACGCTTAATGGACATTATCCCTATACCGAGAAGGTTCACTCCACAAAATATCATTTCACTATTATCTTTAACCCGCCGCCACTCTTTAGCTTCTACAGACTTATCGATAAAGGCTTTGGGATTTTAATATTTATTCTGTTAATCGCCT > CP009273/1213185‑1213480
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
