Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F247 I0 R1
|
1496 |
299.8 |
9582018 |
97.8% |
9371213 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,414,519 |
G→T |
24.2% |
D343Y (GAT→TAT) |
yhdX → |
putative amino‑acid transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,414,519 | 0 | G | T | 24.2%
| 682.9
/ 152.4
| 280 | D343Y (GAT→TAT) | yhdX | putative amino‑acid transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (118/93); new base T (42/27); total (160/120) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
AGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATAACCGCCGCATCGCGATCGTTG > CP009273/3414371‑3414666
|
gCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTAGTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGatat < 2:4727416/149‑1 (MQ=255)
tCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATgg < 1:2736533/149‑1 (MQ=255)
cGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGt < 1:643958/149‑1 (MQ=255)
gTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGttt > 2:4263917/1‑149 (MQ=255)
gTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGttt > 2:1874866/1‑149 (MQ=255)
aCTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGc > 1:3571551/1‑149 (MQ=255)
cTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCt < 2:1552476/149‑1 (MQ=255)
gATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGttt < 1:1362277/149‑1 (MQ=255)
gATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGttt > 2:1274301/1‑149 (MQ=255)
gATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGttt < 1:2637657/149‑1 (MQ=255)
ttACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCTATATGGTTTCGCTGTTTGc > 1:669689/1‑149 (MQ=255)
ttACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGc > 1:4448158/1‑149 (MQ=255)
ttACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGc < 1:2395209/149‑1 (MQ=255)
ttACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGc < 1:268691/149‑1 (MQ=255)
ttACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGAGATGGTTTCGCTGTTTGc > 1:1660042/1‑149 (MQ=255)
cccAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCgg > 1:930779/1‑149 (MQ=255)
ccAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGc > 2:3690437/1‑149 (MQ=255)
ccAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGc > 2:3354897/1‑149 (MQ=255)
ccAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGc < 2:644174/149‑1 (MQ=255)
cAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCTATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCa < 2:4763239/149‑1 (MQ=255)
tacgctacgcCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGa < 2:3303200/149‑1 (MQ=255)
acgctacgcCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGaa < 1:281692/149‑1 (MQ=255)
cgctacgcCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAAt > 1:3026059/1‑149 (MQ=255)
cgctacgcCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAAt < 2:337502/149‑1 (MQ=255)
cgctacgcCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAAt < 2:2880175/149‑1 (MQ=255)
cgctacgcCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAAt < 2:488196/149‑1 (MQ=255)
gctacgcCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCTATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATc < 1:559244/149‑1 (MQ=255)
gctacgcCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATc < 1:3915540/149‑1 (MQ=255)
ctacgcCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCa < 2:2431548/149‑1 (MQ=255)
cAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCTCTATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACggg > 1:193796/1‑149 (MQ=255)
aGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACgggg > 2:2550420/1‑149 (MQ=255)
gTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCTATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCa > 1:597662/1‑149 (MQ=255)
gTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCTATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCa > 1:1207127/1‑149 (MQ=255)
gTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCTATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCa < 2:4460396/149‑1 (MQ=255)
gTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCTATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCa > 2:3021268/1‑149 (MQ=255)
cATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAg > 1:3979560/1‑149 (MQ=255)
attattCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGc > 2:3066382/1‑149 (MQ=255)
tattCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCa > 2:911315/1‑149 (MQ=255)
ttCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATc > 1:404920/1‑149 (MQ=255)
ccccAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCTATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCga < 1:3080965/149‑1 (MQ=255)
ccccAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCga < 1:1307200/149‑1 (MQ=255)
ccAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCgaga > 2:2908537/1‑149 (MQ=255)
gCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGAt > 1:2851563/1‑149 (MQ=255)
aTTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAg < 2:20149/149‑1 (MQ=255)
ttGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGc > 1:1148449/1‑149 (MQ=255)
ttGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGc > 1:2216813/1‑149 (MQ=255)
tGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGcc < 2:1618051/149‑1 (MQ=255)
gTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGACTCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGAc > 2:3544408/1‑149 (MQ=255)
gATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCa < 1:3463716/149‑1 (MQ=255)
tCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCgg > 1:1395261/1‑149 (MQ=255)
ccACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGt < 2:1653801/149‑1 (MQ=255)
aCCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCTATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCt > 1:420400/1‑149 (MQ=255)
ccGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTa > 1:2702855/1‑149 (MQ=255)
cGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCTATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTAt > 2:1386722/1‑149 (MQ=255)
gTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCTATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATc < 1:530181/149‑1 (MQ=255)
gTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATc > 1:3041556/1‑149 (MQ=255)
ttAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCt > 2:1262488/1‑149 (MQ=255)
ttAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCt > 1:2959138/1‑149 (MQ=255)
aCCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGAt < 2:3781923/149‑1 (MQ=255)
aCCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGAt > 2:887027/1‑149 (MQ=255)
aCCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGATATCCCTATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGAt > 2:2150978/1‑149 (MQ=255)
cagccagTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTa < 2:4676131/149‑1 (MQ=255)
cagccagTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTa < 2:2279065/149‑1 (MQ=255)
agccagTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTAt > 2:3885603/1‑149 (MQ=255)
agccagTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTAt > 2:1123410/1‑149 (MQ=255)
gccagTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCTATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATc > 2:3503317/1‑149 (MQ=255)
gccagTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATc < 2:4663676/149‑1 (MQ=255)
cagTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAg < 1:4692437/149‑1 (MQ=255)
gTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGcc > 2:2513915/1‑149 (MQ=255)
aTCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCTATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTg > 2:891954/1‑149 (MQ=255)
aTCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTg > 2:3232687/1‑149 (MQ=255)
tcAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACt < 1:1077638/149‑1 (MQ=255)
aCATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTAtc > 1:3195887/1‑149 (MQ=255)
aCATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTAtc > 2:14818/1‑149 (MQ=255)
aCATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTAtc < 2:1326332/149‑1 (MQ=255)
aCATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTAtc > 1:3319888/1‑149 (MQ=255)
aTCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCTATATGGTTTCGCTGTTTGCCCGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTAtctc < 1:1206173/149‑1 (MQ=255)
aTCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTAtctc < 1:3756988/149‑1 (MQ=255)
cAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCgctgc < 1:4544986/149‑1 (MQ=255)
aaaCTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCTATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCtga > 1:2506053/1‑149 (MQ=255)
aaCTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCTATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCtgat > 2:2221182/1‑149 (MQ=255)
ctcctcTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCtgatga > 1:2171036/1‑149 (MQ=255)
cctcTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCTATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAat > 2:3133894/1‑149 (MQ=255)
cctcTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAat > 2:2000581/1‑149 (MQ=255)
tctTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCTATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCt < 2:4222306/149‑1 (MQ=255)
gccgccGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATaa < 1:292327/149‑1 (MQ=255)
gccgcTATTGGCTATCCCTATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATAAccg > 1:123311/1‑149 (MQ=255)
tATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATAACCGCCGCa > 2:4064411/1‑149 (MQ=255)
aTTGGCTATCCCTATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATAACCGCCGCAt > 2:2750045/1‑149 (MQ=255)
ttGGCTATCCCTATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATAACCGCCGCATc > 2:695853/1‑149 (MQ=255)
ttGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATAACCGCCGCATc > 1:4189293/1‑149 (MQ=255)
ttGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATAACCGCCGCATc < 1:887955/149‑1 (MQ=255)
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cTATCCCTATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATAACCGCCGCATCGCGa < 2:2179593/149‑1 (MQ=255)
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aTCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATAACCGCCGCATCGCGATc > 1:1437743/1‑149 (MQ=255)
ccGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATAACCGCCGCATAGCGATCGtt < 2:119709/149‑1 (MQ=255)
cGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATAACCGCCGCATCGCGATCGTTg < 1:910842/149‑1 (MQ=255)
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AGCGGCTCGGTCACTGGGATTACCCAACCCGGTTACGCTACGCCAGGTCATTATTCCCCAGGCATTGCGGGTGATTATTCCACCGTTAACCAGCCAGTATCTCAACATCGTCAAAAACTCCTCTCTTGCCGCCGCTATTGGCTATCCCGATATGGTTTCGCTGTTTGCCGGCACCGTGCTGAATCAGACGGGGCAAGCCATCGAGACGATAGCCATGACCATGTCGGTCTATCTGATTATCAGCCTGACTATCTCGCTGCTGATGAATATCTATAACCGCCGCATCGCGATCGTTG > CP009273/3414371‑3414666
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
