Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F247 I0 R1
|
1496 |
299.8 |
9582018 |
97.8% |
9371213 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
4,256,589 |
G→T |
9.7% |
E294* (GAA→TAA) |
alr → |
alanine racemase, biosynthetic, PLP‑binding |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 4,256,589 | 0 | G | T | 9.7%
| 1172.1
/ 59.1
| 326 | E294* (GAA→TAA) | alr | alanine racemase, biosynthetic, PLP‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (126/168); new base T (13/19); total (139/187) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.53e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
GTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATGACGAAAGTAAGCGCTTA > CP009273/4256443‑4256737
|
gtgAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGaa < 2:2249107/149‑1 (MQ=255)
tgAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAg < 1:2322328/149‑1 (MQ=255)
tgAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAg < 2:2657377/149‑1 (MQ=255)
tgAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAg > 2:1514342/1‑149 (MQ=255)
gCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTAc < 2:732238/149‑1 (MQ=255)
cATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTAcc < 1:4431047/149‑1 (MQ=255)
aTAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCg > 1:2434763/1‑149 (MQ=255)
aaaGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGAt < 1:1663695/149‑1 (MQ=255)
aaGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGAtt < 1:2527194/149‑1 (MQ=255)
aGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTg > 2:1080234/1‑149 (MQ=255)
gCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGt < 1:682453/149‑1 (MQ=255)
gCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGt > 1:4003059/1‑149 (MQ=255)
ccGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTc < 2:2468901/149‑1 (MQ=255)
ggAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCgg > 2:3179267/1‑149 (MQ=255)
gagCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGgcg > 2:4765432/1‑149 (MQ=255)
ccTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGTTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCTCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGTTACGCCTGTGCTGGTGATCGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGt < 2:2311945/149‑1 (MQ=255)
ccTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGt < 2:4502420/149‑1 (MQ=255)
tGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTgg > 2:1554255/1‑149 (MQ=255)
tGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTgg > 1:1076655/1‑149 (MQ=255)
tGTTGGTTATGGTGGAACCCGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTgg > 1:2231107/1‑149 (MQ=255)
gTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGc < 1:4564055/149‑1 (MQ=255)
tGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGa < 2:4611377/149‑1 (MQ=255)
tGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGa < 2:4171515/149‑1 (MQ=255)
gTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATg < 2:4403052/149‑1 (MQ=255)
gTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATg < 2:631296/149‑1 (MQ=255)
ttATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATgg > 1:139372/1‑149 (MQ=255)
ggtggAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGatat < 2:4130461/149‑1 (MQ=255)
gtggAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATg > 2:790225/1‑149 (MQ=255)
ggAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGAt < 2:3757443/149‑1 (MQ=255)
gAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATc > 2:3590129/1‑149 (MQ=255)
gAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATc < 1:2612667/149‑1 (MQ=255)
aaCCTGGGGACGCGAACGTGATACCCGTCTGGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTGATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCt < 2:2910114/149‑1 (MQ=255)
aCCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTg < 1:4081824/149‑1 (MQ=255)
gggTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTa > 1:3873431/1‑149 (MQ=255)
gTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGa > 2:2579290/1‑149 (MQ=255)
aaGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACt < 2:3400245/149‑1 (MQ=255)
aaGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACt < 2:2126259/149‑1 (MQ=255)
aaGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACt > 1:4147773/1‑149 (MQ=255)
aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACtt < 1:1301048/149‑1 (MQ=255)
gCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTa > 1:588453/1‑149 (MQ=255)
cGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTcc < 1:1620103/149‑1 (MQ=255)
gTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCca < 1:641299/149‑1 (MQ=255)
gTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCca > 2:220854/1‑149 (MQ=255)
tGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCcac > 2:1666759/1‑149 (MQ=255)
aTACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAg > 1:4700887/1‑149 (MQ=255)
aCCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGgc < 1:4159704/149‑1 (MQ=255)
aCCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGgc > 2:3296599/1‑149 (MQ=255)
cccGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGgcg > 2:1924921/1‑149 (MQ=255)
cGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCa < 1:4055935/149‑1 (MQ=255)
cGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCa < 1:3481002/149‑1 (MQ=255)
gTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAg > 1:1877824/1‑149 (MQ=255)
tCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAgg > 1:3880099/1‑149 (MQ=255)
tCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCGATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAgg < 1:52410/149‑1 (MQ=255)
ggCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACaa < 2:1735096/149‑1 (MQ=255)
gCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACaaa > 2:431082/1‑149 (MQ=255)
cGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAg < 1:69127/149‑1 (MQ=255)
gTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGc < 2:1051914/149‑1 (MQ=255)
gTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGc < 1:1388108/149‑1 (MQ=255)
gTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCgg > 2:2930331/1‑149 (MQ=255)
gTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCgg > 2:4545735/1‑149 (MQ=255)
gTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCgg > 1:2871543/1‑149 (MQ=255)
cgcgATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCgggg < 2:3999679/149‑1 (MQ=255)
gcgATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATGGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGa < 2:2007188/149‑1 (MQ=255)
gggCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCgg > 2:564494/1‑149 (MQ=255)
gCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTc < 2:4082816/149‑1 (MQ=255)
gCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTc > 1:3099374/1‑149 (MQ=255)
gCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTc > 1:3949336/1‑149 (MQ=255)
aTGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCAtt > 2:3934589/1‑149 (MQ=255)
aTGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCAtt > 2:148248/1‑149 (MQ=255)
tGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCAttt < 1:3047173/149‑1 (MQ=255)
tGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCAttt < 1:1964304/149‑1 (MQ=255)
gATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATg < 1:2268135/149‑1 (MQ=255)
gATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATg > 1:1721536/1‑149 (MQ=255)
aTGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATgg < 2:1305148/149‑1 (MQ=255)
tGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATggg > 1:494790/1‑149 (MQ=255)
tATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGa > 2:4290056/1‑149 (MQ=255)
aTCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGaa > 2:1354011/1‑149 (MQ=255)
aTCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGaa < 2:3194075/149‑1 (MQ=255)
tCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAg < 1:3759305/149‑1 (MQ=255)
tCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAg < 2:2749086/149‑1 (MQ=255)
cgcgcgCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGt < 2:1841658/149‑1 (MQ=255)
gcgcgcCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGtt > 1:270986/1‑149 (MQ=255)
cgcgccgTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCg > 1:1905846/1‑149 (MQ=255)
gcgccgTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGt > 1:3248227/1‑149 (MQ=255)
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ccGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGt < 1:95267/149‑1 (MQ=255)
tACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCg > 1:1117368/1‑149 (MQ=255)
aCGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGc < 2:3479823/149‑1 (MQ=255)
aCGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGc < 2:1828670/149‑1 (MQ=255)
cGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCt < 1:1176447/149‑1 (MQ=255)
cGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCt > 1:2939297/1‑149 (MQ=255)
tGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATg < 1:910032/149‑1 (MQ=255)
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cTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATGAc < 2:4218687/149‑1 (MQ=255)
gTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATGACGaa > 1:336131/1‑149 (MQ=255)
tGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATGACGaaa < 1:79769/149‑1 (MQ=255)
gAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATGACGAAAg > 1:1017896/1‑149 (MQ=255)
cGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATGACGAAAGTaa < 1:93288/149‑1 (MQ=255)
ggTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATGACGAAAGTAAg < 2:3038338/149‑1 (MQ=255)
tCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATGACGAAAGTAAgcg > 1:4363420/1‑149 (MQ=255)
|
GTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATGACGAAAGTAAGCGCTTA > CP009273/4256443‑4256737
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
