Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F202 I0 R1
|
1397 |
275.7 |
9089454 |
95.2% |
8653160 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
4,256,589 |
G→T |
42.7% |
E294* (GAA→TAA) |
alr → |
alanine racemase, biosynthetic, PLP‑binding |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 4,256,589 | 0 | G | T | 42.7%
| 307.7
/ inf
| 321 | E294* (GAA→TAA) | alr | alanine racemase, biosynthetic, PLP‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (97/87); new base T (58/79); total (155/166) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.15e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
CGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATGACGAAAGTAAGCGCTTAC > CP009273/4256442‑4256738
|
cgtgAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTaa > 1:3344024/1‑150 (MQ=255)
cgtgAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTaa < 2:352872/150‑1 (MQ=255)
cgtgAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTaa < 1:40084/150‑1 (MQ=255)
gtgAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAg > 1:3941696/1‑150 (MQ=255)
gtgAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAg > 2:369421/1‑150 (MQ=255)
tgAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGt > 1:247181/1‑150 (MQ=255)
aGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTAc > 1:1432498/1‑150 (MQ=255)
aGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTAc > 1:4507016/1‑150 (MQ=255)
tcATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTTTGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTAcc < 1:4259750/149‑1 (MQ=255)
aTAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGa > 2:1392101/1‑150 (MQ=255)
tAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGAt < 2:3809823/150‑1 (MQ=255)
tAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGAt > 1:1292229/1‑150 (MQ=255)
aaaGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGAtt > 2:4302093/1‑150 (MQ=255)
aaGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTg < 2:2412205/150‑1 (MQ=255)
aGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGt < 2:242668/150‑1 (MQ=255)
aGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGt > 2:3013717/1‑150 (MQ=255)
aGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGt < 2:303483/150‑1 (MQ=255)
gCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTc > 2:3473416/1‑150 (MQ=255)
gCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCATGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTc > 2:3673683/1‑150 (MQ=255)
ccGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCg > 1:3761537/1‑150 (MQ=255)
cGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCgg > 2:4319440/1‑150 (MQ=255)
cGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCgg > 2:2186851/1‑150 (MQ=255)
agagCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGgcg > 1:2296241/1‑150 (MQ=255)
tGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGc < 1:664959/150‑1 (MQ=255)
gTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCg < 1:2203330/150‑1 (MQ=255)
ttGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGa < 1:4170287/150‑1 (MQ=255)
ggTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATg < 1:278995/150‑1 (MQ=255)
gTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATgg < 2:4515913/150‑1 (MQ=255)
gTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATgg > 2:2788836/1‑150 (MQ=255)
ttATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGa > 1:1199970/1‑150 (MQ=255)
tATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGat > 1:3050967/1‑150 (MQ=255)
aTGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGata < 2:3365542/150‑1 (MQ=255)
ggtggAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATg < 2:1036334/150‑1 (MQ=255)
gAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCt < 2:57663/150‑1 (MQ=255)
gAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCt < 2:57698/150‑1 (MQ=255)
gAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCt < 2:1182701/150‑1 (MQ=255)
ccTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCg > 2:4109413/1‑150 (MQ=255)
ccTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCg < 1:1950799/150‑1 (MQ=255)
tGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTa > 2:563259/1‑150 (MQ=255)
tAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACt < 1:4495687/150‑1 (MQ=255)
aaGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACtt > 2:2559803/1‑150 (MQ=255)
aaGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACtt < 2:765184/150‑1 (MQ=255)
aGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTa < 2:1166437/150‑1 (MQ=255)
aaCGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTc > 1:986138/1‑150 (MQ=255)
aCGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTcc > 2:1477485/1‑150 (MQ=255)
cGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCca < 1:2583996/150‑1 (MQ=255)
gTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCcac > 2:847364/1‑150 (MQ=255)
gATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAg < 2:2059774/150‑1 (MQ=255)
tACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGgc > 2:647041/1‑150 (MQ=255)
tACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGgc > 2:1632737/1‑150 (MQ=255)
cccGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGgcgc > 1:1508083/1‑150 (MQ=255)
cGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAg < 1:1648715/150‑1 (MQ=255)
cGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAg < 1:1745015/150‑1 (MQ=255)
gTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAgg < 2:3602700/150‑1 (MQ=255)
tCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGa < 1:1056238/150‑1 (MQ=255)
ttGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACa > 2:257504/1‑150 (MQ=255)
tAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCg < 1:4093030/150‑1 (MQ=255)
tAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCg > 2:2673100/1‑150 (MQ=255)
gTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCggg > 2:2883291/1‑150 (MQ=255)
gTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCggg < 2:179644/150‑1 (MQ=255)
tGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCgg < 2:4164670/150‑1 (MQ=255)
cTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCAt > 1:2108667/1‑150 (MQ=255)
cTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCAt < 1:3992128/150‑1 (MQ=255)
tttGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCAtt < 1:737547/148‑1 (MQ=255)
gCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGACCGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTAt < 2:2253250/150‑1 (MQ=255)
gATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATgg < 2:4005092/150‑1 (MQ=255)
tGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATgggg > 2:3814183/1‑150 (MQ=255)
tGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATgggg > 2:1553110/1‑150 (MQ=255)
tGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATgggg < 1:3013717/150‑1 (MQ=255)
tGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGAGGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATgggg < 1:4435213/150‑1 (MQ=255)
ttATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGa < 2:2840974/150‑1 (MQ=255)
aTCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAg > 2:1371681/1‑150 (MQ=255)
cgccgcgccgTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGcc < 2:3822237/150‑1 (MQ=255)
cgccgcgccgTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGcc < 2:2224137/150‑1 (MQ=255)
ccgcgccgTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCg > 2:3175743/1‑150 (MQ=255)
gTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACg < 1:3650988/150‑1 (MQ=255)
ccGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTa < 1:3314154/150‑1 (MQ=255)
cGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTAt < 1:3232484/150‑1 (MQ=255)
cGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTAt < 1:679845/150‑1 (MQ=255)
cGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTAt > 2:53141/1‑150 (MQ=255)
ggTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATc < 1:1246481/150‑1 (MQ=255)
ggTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATc > 1:3982010/1‑150 (MQ=255)
aCGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCt < 1:1523508/150‑1 (MQ=255)
aCGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCt < 1:3779566/150‑1 (MQ=255)
cAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGaca > 1:463822/1‑148 (MQ=255)
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aGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAAt > 1:4363664/1‑150 (MQ=255)
gTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATg > 2:1290751/1‑150 (MQ=255)
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ggTGAACGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATGACGaa < 1:2559803/150‑1 (MQ=255)
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ggTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATGACGaa < 1:650258/150‑1 (MQ=255)
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aaCGGTCGCTAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATGACGAAAGTa > 2:2333862/1‑150 (MQ=255)
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aCGGTCGCGAAGGACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATGACGAAAGTaa < 2:1761428/150‑1 (MQ=255)
gTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATGACGAAAGTAAgcg > 2:3540258/1‑150 (MQ=255)
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gAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATGACGAAAGTAAGCGCTTAc > 2:2771535/1‑150 (MQ=255)
|
CGTGAGCATAAAGCCGGAGAGCCTGTTGGTTATGGTGGAACCTGGGTAAGCGAACGTGATACCCGTCTTGGCGTAGTCGCGATGGGCTATGGCGATGGTTATCCGCGCGCCGCGCCGTCCGGTACGCCAGTGCTGGTGAACGGTCGCGAAGTACCGATTGTCGGGCGCGTGGCGATGGATATGATCTGCGTAGACTTAGGTCCACAGGCGCAGGACAAAGCCGGGGATCCGGTCATTTTATGGGGCGAAGGTTTGCCCGTAGAACGTATCGCTGAAATGACGAAAGTAAGCGCTTAC > CP009273/4256442‑4256738
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
