Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F247 I0 R1
|
1496 |
299.8 |
9582018 |
97.8% |
9371213 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
4,258,418 |
G→A |
5.5% |
intergenic (+183/+319) |
tyrB → / ← yjbS |
tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent/uncharacterized protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 4,258,418 | 0 | G | A | 5.5%
| 732.6
/ 18.6
| 200 | intergenic (+183/+319) | tyrB/yjbS | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (75/114); new base A (5/6); total (80/120) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.57e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
GTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTGAGATTCAATTATAGTATCGTTAAATT > CP009273/4258270‑4258566
|
tGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATATATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGt < 2:4593522/149‑1 (MQ=255)
tGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGt < 1:429396/149‑1 (MQ=255)
gAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTg < 1:1971022/149‑1 (MQ=255)
aaccTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTGATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCGGATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGtaa < 2:3446315/146‑1 (MQ=255)
aaCTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑‑TTTTTTGGGTGGAGtaata < 1:4662047/149‑1 (MQ=255)
aaCTGTCGTCGCTTTCACTCTTTATTTATATATGATTTTTTTTATTCCAACGTTATACGTTAGAGATAATAAAAGTTGTTAGTTCTTTTATTTTTAATCTTATACCAATTATCTGGAAATCCATATACTG‑TTTTTTTTGGTGGAGtaat > 1:1159921/1‑149 (MQ=255)
aaCTGTCGTCGCTTTCACTCTTTATTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATACCAATTATATGGAATTCCTTATACTG‑TTTTTTTTGATGGAGtaat > 2:4401434/1‑149 (MQ=255)
cTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGtaataa < 1:1974079/149‑1 (MQ=255)
tGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATATATGATTTTTTTGATTCCATAGTTATAAGTGAGAGATAATAAAAGTTGTTAGTTATTTTATTGTTAAGCTTATACCAATTATCTGGAAATACTTATCCTG‑TTTTTTTTGGTGGAGTaataat > 2:4753514/1‑149 (MQ=255)
gtcgtcGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAAtt < 2:1004435/149‑1 (MQ=255)
gtcgtcGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAAtt < 1:648148/149‑1 (MQ=255)
gtcgtcGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAAtt < 1:1790349/149‑1 (MQ=255)
gtcgtcGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAAtt < 1:4180328/149‑1 (MQ=255)
gtcgtcGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCGTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAAtt < 1:1049861/149‑1 (MQ=255)
cgtcgCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTc < 2:2062314/149‑1 (MQ=255)
tcgCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTg > 1:372987/1‑149 (MQ=255)
gCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGca < 1:4514586/149‑1 (MQ=255)
cTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGcac > 2:2531047/1‑149 (MQ=255)
tttCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGcaca > 1:3195529/1‑149 (MQ=255)
cACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCt < 2:4064727/149‑1 (MQ=255)
ctctTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTaa < 2:3626792/149‑1 (MQ=255)
tctttcttTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAAc < 2:3866223/149‑1 (MQ=255)
tttctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCa > 2:2844794/1‑149 (MQ=255)
tttctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCa > 2:2567121/1‑149 (MQ=255)
tttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCattat > 1:1008410/1‑149 (MQ=255)
ttATAGATGATTTTTGTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCattatt < 1:1613542/149‑1 (MQ=255)
ataGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTaa < 2:4205685/149‑1 (MQ=255)
ataGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTaa < 1:2408363/149‑1 (MQ=255)
taGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTaaa < 2:1334787/149‑1 (MQ=255)
aGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAAt < 2:1638030/149‑1 (MQ=255)
aGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAAt > 2:3059586/1‑149 (MQ=255)
gATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTa < 2:4276914/149‑1 (MQ=255)
gCCATCGTTCTACGTTAGAGATAATAAAAGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTAGCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑ATTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCg < 2:4464959/149‑1 (MQ=255)
gCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCg > 1:3649954/1‑149 (MQ=255)
gCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCg > 2:708032/1‑149 (MQ=255)
aTCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGATGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGt > 2:1450622/1‑149 (MQ=255)
tCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGtt < 2:4450401/149‑1 (MQ=255)
cGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGttt < 2:2887634/149‑1 (MQ=255)
gTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTg > 2:70633/1‑149 (MQ=255)
ttCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGt > 2:35856/1‑149 (MQ=255)
ttCTACGTAAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGt < 1:3943339/149‑1 (MQ=255)
cTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTa < 2:349250/149‑1 (MQ=255)
cTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTa < 1:203177/149‑1 (MQ=255)
cTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTACTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTa < 2:1143680/149‑1 (MQ=255)
cTACGTGAGAGAGAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTa < 1:202683/149‑1 (MQ=255)
tACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTAc > 1:2519131/1‑149 (MQ=255)
tACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTAc < 1:458218/149‑1 (MQ=255)
tACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGATGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTAc < 2:2598277/149‑1 (MQ=255)
aCGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACg > 1:4215082/1‑149 (MQ=255)
cGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGa < 1:2232274/149‑1 (MQ=255)
gTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGAt < 2:120761/149‑1 (MQ=255)
taataaACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATAtt > 1:168337/1‑149 (MQ=255)
aaaCGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCta > 1:1902256/1‑149 (MQ=255)
aaaCGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCta > 2:3417753/1‑149 (MQ=255)
aaCGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCtat < 1:4090776/149‑1 (MQ=255)
aCGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCtata > 2:4040420/1‑149 (MQ=255)
gttgttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATc < 1:3224377/149‑1 (MQ=255)
ttgttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATcc > 1:2386045/1‑149 (MQ=255)
gttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTc < 2:49228/149‑1 (MQ=255)
gTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCTGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGa > 1:4153012/1‑149 (MQ=255)
ttttATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAatat < 1:763429/149‑1 (MQ=255)
ttttATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTGATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAatat < 2:3026501/149‑1 (MQ=255)
ttATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGc > 1:437984/1‑149 (MQ=255)
ttGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCttt < 2:2665389/149‑1 (MQ=255)
tGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCCTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTg < 1:1668720/149‑1 (MQ=255)
ttAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGcc > 2:1766288/1‑149 (MQ=255)
aGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTa > 2:3192838/1‑149 (MQ=255)
aGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTa > 1:2259965/1‑149 (MQ=255)
aGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTa > 2:802547/1‑149 (MQ=255)
aGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGATGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTa < 1:1578521/149‑1 (MQ=255)
gCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTAt < 1:4652500/149‑1 (MQ=255)
cTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATGCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTAtt < 1:1929764/149‑1 (MQ=255)
cTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTAtt < 2:2754932/149‑1 (MQ=255)
ttATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAAAATATGCTTTGCCTTATTg > 2:491873/1‑149 (MQ=255)
ttATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATAATTCTATATCCTCAAGAATATGCTATGCCTTAGTg > 2:3879726/1‑149 (MQ=255)
tATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTg > 2:4587954/1‑149 (MQ=255)
cccAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCtg < 2:2149196/149‑1 (MQ=255)
cccAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCtg > 1:1424342/1‑149 (MQ=255)
ccAAGTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCtgt < 2:1578030/149‑1 (MQ=255)
cAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATATAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCtgtg > 2:2130643/1‑149 (MQ=255)
tATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACtt < 2:3276103/149‑1 (MQ=255)
tCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTc > 1:2186370/1‑149 (MQ=255)
aaTTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTgaga < 1:2791115/149‑1 (MQ=255)
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tG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTGAGATTCAATTATAGt < 1:3108533/149‑1 (MQ=255)
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gTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTGAGATTCAATTATAGTATCGTTAAAtt < 1:1208791/149‑1 (MQ=255)
gTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTGAGATTCAATTATAGTATCGTTAAAtt > 1:2972950/1‑149 (MQ=255)
gTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTGAGATTCAATTATAGTATCGTTAAAtt > 2:584379/1‑149 (MQ=255)
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GTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTG‑TTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTGAGATTCAATTATAGTATCGTTAAATT > CP009273/4258270‑4258566
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
