Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F181 I0 R1
|
1262 |
323.1 |
10297870 |
97.5% |
10040423 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
4,258,418 |
G→A |
8.9% |
intergenic (+183/+319) |
tyrB → / ← yjbS |
tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent/uncharacterized protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 4,258,418 | 0 | G | A | 8.9%
| 1047.9
/ 69.4
| 305 | intergenic (+183/+319) | tyrB/yjbS | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (119/158); new base A (18/9); total (137/168) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 |
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
AGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTGAGATTCAATTATAGTATCGTTAAATT > CP009273/4258269‑4258566
|
aGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTggg < 1:834671/150‑1 (MQ=255)
tGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTg < 1:2989781/150‑1 (MQ=255)
aaaTTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGa < 1:1014323/150‑1 (MQ=255)
ttAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGta < 2:4825305/150‑1 (MQ=255)
cTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGTTTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATTATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGATGGAGTaataat < 1:1838821/150‑1 (MQ=255)
tGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTTTAGATGATTTTTTTGATGCCATCTTTCTACGTTATAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAAtt < 2:3139634/150‑1 (MQ=255)
gtcgtcGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAAttt < 2:3204206/150‑1 (MQ=255)
gtcgtcGCTTTCACTATTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTTCGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAATCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAAttt < 1:2132174/150‑1 (MQ=255)
cgtcgCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTTATTCCATCGTTCTAAGTGAGAGATAATAAAAGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATACCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTTGGTGGAGTAATAAtttat > 1:1039197/1‑148 (MQ=255)
cgtcgCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCt < 1:4852756/150‑1 (MQ=255)
cgtcgCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCt < 1:1875724/150‑1 (MQ=255)
tttCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACAt < 1:1345400/150‑1 (MQ=255)
ttCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATc > 2:4080829/1‑150 (MQ=255)
ttCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATc > 2:1591878/1‑150 (MQ=255)
tCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCt < 2:1013762/150‑1 (MQ=255)
tCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCt < 2:2943148/150‑1 (MQ=255)
tCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGATTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCt < 2:427064/150‑1 (MQ=255)
cACTGTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGATATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTAGCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTa < 1:3052266/150‑1 (MQ=255)
ctctTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAAc > 1:3429686/1‑150 (MQ=255)
tctttcttTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAAcc < 1:980587/150‑1 (MQ=255)
tttctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCat > 2:4953067/1‑150 (MQ=255)
ctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCattat < 1:3624959/150‑1 (MQ=255)
ctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCattat < 1:423718/150‑1 (MQ=255)
ctttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGCTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCattat < 2:4218358/150‑1 (MQ=255)
tttATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCattatt > 2:1808484/1‑150 (MQ=255)
tataGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTaa > 2:3735642/1‑150 (MQ=255)
gatgatTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAAttt > 2:797493/1‑150 (MQ=255)
atTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTtaata < 1:2172948/150‑1 (MQ=255)
ttttttGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTtaataat > 1:1153391/1‑150 (MQ=255)
ttttttGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTAACCAGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTtaataat > 1:2792288/1‑150 (MQ=255)
tttGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAg < 2:1722450/150‑1 (MQ=255)
ttGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGt < 1:4539886/150‑1 (MQ=255)
tGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTa < 2:3776637/150‑1 (MQ=255)
aTGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATc > 1:566353/1‑150 (MQ=255)
gCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCgg < 2:632318/150‑1 (MQ=255)
gCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCgg < 2:1962213/150‑1 (MQ=255)
aTCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGtt < 1:3588079/150‑1 (MQ=255)
tCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGttt < 1:673834/150‑1 (MQ=255)
tCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTAGCCCAATTATCTGGAATTCCTTCTCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGttt < 2:1062447/150‑1 (MQ=255)
cGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTg > 1:91782/1‑150 (MQ=255)
gTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGATGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGt > 1:763014/1‑150 (MQ=255)
ttCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGtt > 2:2157190/1‑150 (MQ=255)
ttCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGtt < 1:2946980/150‑1 (MQ=255)
ttCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGtt > 2:691130/1‑150 (MQ=255)
tCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATACTGTTTTTTTGGATGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTa > 1:4044359/1‑150 (MQ=255)
cTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTAc > 1:250610/1‑150 (MQ=255)
tACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACg < 1:1235682/150‑1 (MQ=255)
tACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACg < 1:2900986/150‑1 (MQ=255)
aCGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGa > 2:652797/1‑150 (MQ=255)
aCGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGa > 1:3173722/1‑150 (MQ=255)
gTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATa > 1:1390409/1‑150 (MQ=255)
gTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATa < 2:651498/150‑1 (MQ=255)
gTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTAACACAATTATATGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATa > 2:1801468/1‑150 (MQ=255)
agagaTAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGaa < 1:3360999/150‑1 (MQ=255)
agaTAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAata < 2:1374859/150‑1 (MQ=255)
ataataAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGTGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATAtt < 2:124084/150‑1 (MQ=255)
aataaACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTc > 2:2348168/1‑150 (MQ=255)
aataaACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGATGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTc > 2:605982/1‑150 (MQ=255)
aaCGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTAACCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAAATTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGAAAGAAAATTTCtata > 1:3914966/1‑150 (MQ=255)
cGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATc < 1:3889924/150‑1 (MQ=255)
gttgttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATcc < 2:1288991/150‑1 (MQ=255)
gttgttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATcc < 2:3862891/150‑1 (MQ=255)
ttAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCaa < 2:2259356/150‑1 (MQ=255)
aGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGa < 1:645330/150‑1 (MQ=255)
ttttATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATg < 1:2448560/150‑1 (MQ=255)
tttATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGc < 1:1287675/150‑1 (MQ=255)
aTTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTTCACATATAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTAAAGAATATGCttt > 1:3761254/1‑150 (MQ=255)
aTTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCttt > 1:4143543/1‑150 (MQ=255)
ttGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTg > 2:562962/1‑150 (MQ=255)
ttGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTg > 2:840164/1‑150 (MQ=255)
ttGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTg < 1:1640482/150‑1 (MQ=255)
ttGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTg > 2:2559125/1‑150 (MQ=255)
ttAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCt > 2:1628531/1‑150 (MQ=255)
ttAAGCTTATCCCAATTATCTGAAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCt < 2:1448382/150‑1 (MQ=255)
ttAAGCTTATCACAATTTTCTGAAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGTTGTTGTAATAATTTCTTCACATCTAACCATTATTAAATTTAATTATAAGTATCGGGTTTGTTACTATAGAATATTTATTTATAATCAAGAATATGCTTTTCCt < 2:4016709/150‑1 (MQ=255)
tAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCtt > 1:365946/1‑150 (MQ=255)
tAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCtt > 1:530543/1‑150 (MQ=255)
tAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCtt > 1:5013002/1‑150 (MQ=255)
aaGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTa > 1:3936615/1‑150 (MQ=255)
aaGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCGTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTa < 1:4505063/150‑1 (MQ=255)
gCTTATCCCACTTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTAtt < 1:1450010/150‑1 (MQ=255)
cTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTg > 1:2638641/1‑150 (MQ=255)
ccAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCtgtg < 1:552014/150‑1 (MQ=255)
aTTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACt < 2:4529566/150‑1 (MQ=255)
aTTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACt > 2:4388943/1‑150 (MQ=255)
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tATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACttt > 1:1512551/1‑150 (MQ=255)
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aTTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTGAGAtt > 2:3037053/1‑150 (MQ=255)
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cTTATCCTGTTTTTTTGGATGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTGAGATTCAAt > 2:5131085/1‑150 (MQ=255)
tttGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCATGACTATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTGAGATTCAATTATAGTATCGTTa < 1:745446/150‑1 (MQ=255)
ttGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTGAGATTCAATTATAGTATCGTTaa < 2:3306069/150‑1 (MQ=255)
|
AGTGAAATTAAACTGTCGTCGCTTTCACTCTTTCTTTATAGATGATTTTTTTGATGCCATCGTTCTACGTGAGAGATAATAAACGTTGTTAGTTCTTTTATTGTTAAGCTTATCCCAATTATCTGGAATTCCTTATCCTGTTTTTTTGGGTGGAGTAATAATTTCTGCACATCTAACCATTATTAAATTTAATAATAAGTATCGGGTTTGTTACGATAGAATATTTCTATATCCTCAAGAATATGCTTTGCCTTATTGCCTGTGACTTTCTGAGATTCAATTATAGTATCGTTAAATT > CP009273/4258269‑4258566
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
