Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F527 I0 R1
|
1651 |
322.4 |
10661268 |
95.2% |
10149527 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,052,229 |
G→T |
13.3% |
L171F (TTG→TTT) |
torT → |
periplasmic sensory protein associated with the TorRS two‑component regulatory system |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,052,229 | 0 | G | T | 13.3%
| 915.9
/ 78.1
| 293 | L171F (TTG→TTT) | torT | periplasmic sensory protein associated with the TorRS two‑component regulatory system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (136/118); new base T (23/16); total (159/134) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.06e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.90e-01 |
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
GTAGCAAGTCTGCCGGTGATCGAACTGGTAAATGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATAACGATATTGAAATCCAGCGTAACCTGTTGCAGGAGATGCTGG > CP009273/1052080‑1052377
|
aGCAAGTCTGCCGGTGATCGAACTGGTAAATGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGAt < 1:291924/150‑1 (MQ=255)
cAAGTCTGCCGGTGATCGAACTGGTAAATGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTTATGc < 1:5267234/150‑1 (MQ=255)
aGTCTGCCGGTGATCGAACTGGTAAATGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGccc > 1:4807641/1‑150 (MQ=255)
gTCTGCCGGTGATCGAACTGGTAAATGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCg > 2:869060/1‑150 (MQ=255)
tCTGCCGGTGATCGAACTGGTAAATGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCgg < 1:1516507/150‑1 (MQ=255)
gTGATCGAACTGGTAAATGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGAt < 1:4331998/150‑1 (MQ=255)
tGATCGAACTGGTAAATGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATa > 1:374525/1‑150 (MQ=255)
gATCGAACTGGTAAATGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTTATGCCCGGACCCGATaa > 1:4982783/1‑150 (MQ=255)
tCGAACTGGTAAATGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACg < 2:2964613/150‑1 (MQ=255)
gAACTGGTAAATGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGcc < 2:4416691/150‑1 (MQ=255)
gAACTGGTAAAGGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTTATGCCCGGACCCGATAACGcc > 1:2768245/1‑150 (MQ=255)
cTGGTAAATGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCggg > 2:4663325/1‑150 (MQ=255)
tGGTAAATGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCgggg > 2:1491757/1‑150 (MQ=255)
ggTAAATGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTTATGCCCGGACCCGATAACGCCggggg > 2:4308351/1‑150 (MQ=255)
gTAAATGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTTATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGc > 1:4662419/1‑150 (MQ=255)
gTAAATGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGc > 2:3046782/1‑150 (MQ=255)
aaaTGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAg < 2:3481810/150‑1 (MQ=255)
aaTGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTTATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGt > 1:1368740/1‑150 (MQ=255)
aaTGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTTATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGt > 1:1429065/1‑150 (MQ=255)
aaTGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGt < 2:1166844/150‑1 (MQ=255)
aTGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTa > 2:2761279/1‑150 (MQ=255)
ttcTATTGATTCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTTGTTTCAGATGTGCTATCAACCGTGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTat < 2:2144358/148‑2 (MQ=255)
tGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTTATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTaa < 2:3584552/150‑1 (MQ=255)
tGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTaa > 2:4158441/1‑150 (MQ=255)
aTTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTTATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGgag < 2:2376079/150‑1 (MQ=255)
aTTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGgag > 1:964526/1‑150 (MQ=255)
aTGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATgg < 1:3104082/150‑1 (MQ=255)
aTGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATgg > 2:4922598/1‑150 (MQ=255)
aTGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATgg > 1:567088/1‑150 (MQ=255)
aTGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATgg > 2:2277493/1‑150 (MQ=255)
gCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTc < 2:4543299/150‑1 (MQ=255)
cTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTTATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCg > 1:4115363/1‑150 (MQ=255)
cccAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAgg > 1:1905666/1‑150 (MQ=255)
cccAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAgg > 1:2423733/1‑150 (MQ=255)
ccAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAggg < 2:218034/150‑1 (MQ=255)
cAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGt > 2:2498555/1‑150 (MQ=255)
aGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTTATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGtt > 1:5188511/1‑150 (MQ=255)
ggTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGttt < 2:2743997/150‑1 (MQ=255)
tGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGTTTTCAGTTGGGATATCACCCGGGGCTATATCTGGTTCAATGGGCGCACGTTAAACCACTGAATGTGCTGTTTATGCCCGGACCCTATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTc < 1:2334204/150‑1 (MQ=255)
aaaaGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTcgc > 1:4444327/1‑150 (MQ=255)
ccGCGTTGGGGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAAGGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGc < 2:73793/150‑1 (MQ=255)
cgTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCAt < 1:1639021/150‑1 (MQ=255)
gtgggTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCAtt < 1:1060126/147‑1 (MQ=255)
gTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCAtt < 1:1609799/150‑1 (MQ=255)
tGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGc < 1:1174948/150‑1 (MQ=255)
ggTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTTATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGcc < 2:1254742/150‑1 (MQ=255)
gtgtGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCg > 1:3212175/1‑150 (MQ=255)
tgtgCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTGTCGCGCAGCCATTGCCgg > 2:1012169/1‑150 (MQ=255)
gCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAg < 1:1574147/150‑1 (MQ=255)
cTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGccc < 1:2845028/150‑1 (MQ=255)
tttCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGTACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTg < 1:2005753/150‑1 (MQ=255)
aGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTa < 1:3545651/150‑1 (MQ=255)
aGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTa > 1:5104020/1‑150 (MQ=255)
tGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTTATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTAttg < 1:3319066/150‑1 (MQ=255)
gggCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTAttgt > 2:2912783/1‑150 (MQ=255)
ggCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTAttgtt > 1:752913/1‑150 (MQ=255)
ggCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTAttgtt < 1:3146250/150‑1 (MQ=255)
cTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGa < 2:1907476/150‑1 (MQ=255)
tATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTTATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGat < 2:1773387/150‑1 (MQ=255)
aTCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGata > 1:3565916/1‑150 (MQ=255)
aaCCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTg < 1:2225440/150‑1 (MQ=255)
cGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTgcgc < 1:2665839/150‑1 (MQ=255)
ggggCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACAGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGAGTATTGTTGATATTGCGCt > 1:373165/1‑150 (MQ=255)
gggCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCtt < 2:3985612/150‑1 (MQ=255)
ggCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTg > 2:2668236/1‑150 (MQ=255)
cGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTTATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGt > 1:2551673/1‑150 (MQ=255)
cGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGt > 2:4838677/1‑150 (MQ=255)
atatCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGa > 1:2122655/1‑150 (MQ=255)
atatCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGa > 2:684964/1‑150 (MQ=255)
tatCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGAt < 1:3449573/150‑1 (MQ=255)
tatCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGAt < 1:3804536/150‑1 (MQ=255)
atCTGGTGCACTGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATa < 1:2893548/150‑1 (MQ=255)
atCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTTATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATa > 1:4421777/1‑150 (MQ=255)
tCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATaa < 2:198737/150‑1 (MQ=255)
tGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATAACg < 1:4237949/150‑1 (MQ=255)
cAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTTATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATAACGATAtt < 2:1407060/150‑1 (MQ=255)
cAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATAACGATAtt > 1:3956708/1‑150 (MQ=255)
aaTGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATAACGATATTg < 2:581839/150‑1 (MQ=255)
aaTGGGCGCACGGAAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGAACCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATAGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGGAGATATTGCGCTTTGTGATAACTATATTg > 2:3405921/1‑150 (MQ=255)
aTGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATAACGATATTGa > 2:3160304/1‑150 (MQ=255)
gcgcACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGAGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATAACGATATTGAAATc < 2:374525/150‑1 (MQ=255)
gcgcACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCAGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATAACGATATTGAAATc < 1:3074620/150‑1 (MQ=255)
cACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATAACGATATTGAAATCCAg < 1:4635314/150‑1 (MQ=255)
cGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATAACGATATTGAAATCCAGCg > 1:2181353/1‑150 (MQ=255)
cGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATAACGATATTGAAATCCAGCg > 1:1250478/1‑150 (MQ=255)
cGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATAACGATATTGAAATCCAGCg > 1:124814/1‑150 (MQ=255)
cGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATAACGATATTGAAATCCAGCg > 1:1749597/1‑150 (MQ=255)
ggTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATAACGATATTGAAATCCAGCGt > 2:4516747/1‑150 (MQ=255)
aaaCCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATAACGATATTGAAATCCAGCGTAAc > 1:4747688/1‑150 (MQ=255)
aaCCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATAACGATATTGAAATCCAGCGTAAcc < 2:5185455/150‑1 (MQ=255)
aCCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATAACGATATTGAAATCCAGCGTAACCt < 2:4358055/150‑1 (MQ=255)
tGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATAACGATATTGAAATCCAGCGTAACCTGTTGc < 2:384867/150‑1 (MQ=255)
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aTGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATAACGATATTGAAATCCAGCGTAACCTGTTGCAgg < 1:654914/150‑1 (MQ=255)
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gCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATAACGATATTGAAATCCAGCGTAACCTGTTGCAGGAGAt < 1:5154519/150‑1 (MQ=255)
tGTTTATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATAACGATATTGAAATCCAGCGTAACCTGTTGCAGGAGATGc > 2:946395/1‑150 (MQ=255)
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GTAGCAAGTCTGCCGGTGATCGAACTGGTAAATGCTATTGATGCTCCCCAGGTGAAAAGCCGCGTTGGTGTGCCCTGGTTTCAGATGGGCTATCAACCGGGGCGATATCTGGTGCAATGGGCGCACGGTAAACCACTGAATGTGCTGTTGATGCCCGGACCCGATAACGCCGGGGGCAGTAAGGAGATGGTCGAGGGTTTTCGCGCAGCCATTGCCGGAAGCCCGGTGCGTATTGTTGATATTGCGCTTGGTGATAACGATATTGAAATCCAGCGTAACCTGTTGCAGGAGATGCTGG > CP009273/1052080‑1052377
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
