Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F60 I0 R1
|
465 |
320.4 |
10502068 |
95.5% |
10029474 |
149.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
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|
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TAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTC < SRR19973084.1579580/150‑1 (MQ=60)
AGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGA > SRR19973084.2781805/1‑150 (MQ=60)
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TAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAATGGTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAAT > SRR19973084.325388/1‑150 (MQ=60)
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TTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGC > SRR19973084.3148027/1‑150 (MQ=60)
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TTACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTA > SRR19973084.1460682/1‑150 (MQ=60)
TTACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTA > SRR19973084.2205386/1‑150 (MQ=60)
ACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAG > SRR19973084.1579477/1‑150 (MQ=60)
ACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAG > SRR19973084.4207015/1‑150 (MQ=60)
CCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATA > SRR19973084.79145/1‑150 (MQ=60)
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CGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATAC > SRR19973084.1274546/1‑150 (MQ=60)
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GGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACG < SRR19973084.838458/150‑1 (MQ=60)
GAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAATGGTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACG > SRR19973084.256076/1‑150 (MQ=60)
AAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTC > SRR19973084.2314303/1‑150 (MQ=60)
AAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTC > SRR19973084.2314295/1‑150 (MQ=60)
AGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCA < SRR19973084.1094894/150‑1 (MQ=60)
AGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCA < SRR19973084.1094709/150‑1 (MQ=60)
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GACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAG < SRR19973084.4437634/150‑1 (MQ=60)
GGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAA > SRR19973084.2384206/1‑150 (MQ=60)
GCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAG > SRR19973084.1868922/1‑150 (MQ=60)
GCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAG > SRR19973084.1869139/1‑150 (MQ=60)
GCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAG < SRR19973084.2089989/150‑1 (MQ=60)
GCAAAGACGTGTTCTTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAATGGTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAA < SRR19973084.3847214/150‑1 (MQ=60)
GCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAATGGTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAA < SRR19973084.3937539/150‑1 (MQ=60)
CAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATT < SRR19973084.1718658/150‑1 (MQ=60)
AAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTC < SRR19973084.2126617/150‑1 (MQ=60)
AAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTC > SRR19973084.4152215/1‑150 (MQ=60)
AAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTC < SRR19973084.3891264/150‑1 (MQ=60)
GACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAA < SRR19973084.4071803/150‑1 (MQ=60)
GACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAA > SRR19973084.4370517/1‑150 (MQ=60)
GACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAA > SRR19973084.4370748/1‑150 (MQ=60)
ACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGTTACGTCAGCAAGAATTCAAAA < SRR19973084.622640/150‑1 (MQ=60)
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GTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCG < SRR19973084.2015184/150‑1 (MQ=60)
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ACTTCTCCGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCA < SRR19973084.3062181/150‑1 (MQ=60)
TTCTCTGCAATCCAGACTAATGGTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAG < SRR19973084.5231442/150‑1 (MQ=60)
CTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGG < SRR19973084.1707225/150‑1 (MQ=60)
CTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGG < SRR19973084.4079568/150‑1 (MQ=60)
CTCTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGG < SRR19973084.4080000/150‑1 (MQ=60)
atctAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGGGT < SRR19973084.2524958/146‑1 (MQ=60)
CTGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGGGT > SRR19973084.3582737/1‑150 (MQ=60)
TGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGGGTT < SRR19973084.2805295/150‑1 (MQ=60)
TGCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGGGTT < SRR19973084.1631130/150‑1 (MQ=60)
GCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGGGTTT < SRR19973084.3431370/150‑1 (MQ=60)
GCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGGGTTT < SRR19973084.797604/150‑1 (MQ=60)
GCAATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGGGTTT < SRR19973084.797418/150‑1 (MQ=60)
ATCCAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGGGTTTTTT > SRR19973084.997326/1‑150 (MQ=60)
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CAGACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGGGTTTTTTTTG > SRR19973084.4417216/1‑150 (MQ=60)
GACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGGGTTTGTTTTGGT > SRR19973084.2836850/1‑150 (MQ=60)
ACTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGGGTTTTTTTTGGTC > SRR19973084.1884806/1‑150 (MQ=60)
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CTAAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGGGTTTTTTTTGGTCT > SRR19973084.36761/1‑150 (MQ=60)
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AAT‑GTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGGGTTTTTTTTGGTCTTT > SRR19973084.2779018/1‑150 (MQ=60)
ATGGTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGGGTTTTTTTTGGTCTTT > SRR19973084.2218072/1‑150 (MQ=60)
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atGTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGGGTTTTTTTTGGTCTTTA < SRR19973084.4894516/148‑1 (MQ=60)
atGTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGAAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGGGTTTTTTTTGGTCTTTA < SRR19973084.2268444/148‑1 (MQ=60)
TGTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGGGTTTTTTTTGGTCTTTAG < SRR19973084.4365612/150‑1 (MQ=60)
TGTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGGGTTTTTTTTGGTCTTTAG > SRR19973084.1203290/1‑150 (MQ=60)
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TGTGTCTATTTTTCATGTAAAGGTAATTTTGATGTCTAAGATTAAAGGTAACGTTAAGTGGTTTAATGAGTCCAAAGGATTCGGTTTCATTACTCCGGAAGACGGCAGCAAAGACGTGTTCGTACACTTCTCTGCAATCCAGACTAATGGTTTTAAAACTCTTGCTGAAGGTCAGCGCGTAGAGTTCGAAATCACTAACGGTGCCAAAGGCCCTTCTGCTGCAAACGTAATCGCTCTGTAAGATACGTCAGCAAGAATTCAAAACCCGCTTAATCAGCGGGTTTTTTTTGGTCTTTAG > CP009273/652717‑653014
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
