Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F361 I0 R1
|
1353 |
250.7 |
8230166 |
96.0% |
7900959 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,336,599 |
T→C |
22.0% |
L141P (CTT→CCT) |
pyrF → |
orotidine‑5'‑phosphate decarboxylase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,336,599 | 0 | T | C | 22.0%
| 504.4
/ 161.8
| 246 | L141P (CTT→CCT) | pyrF | orotidine‑5'‑phosphate decarboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (93/98); new base C (21/33); total (115/131) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.19e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.02e-01 |
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
GTGTGGATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGTTACGCCGGGC > CP009273/1336454‑1336747
|
gtgGATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCa > 1:209015/1‑149 (MQ=255)
tgGATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACGGGTGCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCACCAGGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCAt < 1:1741965/149‑1 (MQ=255)
gATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGa > 1:2325250/1‑149 (MQ=255)
gATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGa > 1:1069052/1‑149 (MQ=255)
gATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGa < 1:2071462/149‑1 (MQ=255)
aTGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGac < 1:1331062/149‑1 (MQ=255)
tGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGaca > 2:2764788/1‑149 (MQ=255)
tGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGACACTg > 1:2503207/1‑149 (MQ=255)
tGAATGGTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTg < 2:3071012/149‑1 (MQ=255)
gAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGt < 2:3356649/149‑1 (MQ=255)
aaTGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTc < 1:3604407/149‑1 (MQ=255)
tGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCAc > 2:3273312/1‑149 (MQ=255)
tGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCAc > 2:1062275/1‑149 (MQ=255)
ttCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATTACACTGTCAcca > 1:10377/1‑148 (MQ=255)
ttCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGACACTGTCACCt < 2:3593807/149‑1 (MQ=255)
tGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAg > 2:3727856/1‑149 (MQ=255)
tGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGACACTGTCACCTGCAg > 1:3366937/1‑149 (MQ=255)
ccTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGAt > 1:1506103/1‑149 (MQ=255)
ctGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTAt < 1:1971912/149‑1 (MQ=255)
ctGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTAt < 1:2240531/149‑1 (MQ=255)
tggtggGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATg < 2:614499/149‑1 (MQ=255)
tggtggGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATg > 1:464131/1‑149 (MQ=255)
ggtggGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGc > 2:871298/1‑149 (MQ=255)
tggGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAg < 1:1528873/149‑1 (MQ=255)
tggGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAg < 1:1207513/149‑1 (MQ=255)
gggCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGaa < 2:2321710/149‑1 (MQ=255)
gggCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGAGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGaa > 2:4022069/1‑149 (MQ=255)
gatgaCCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTggcgg > 1:476509/1‑149 (MQ=255)
atgaCCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTggcggc > 1:1117330/1‑149 (MQ=255)
aGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGc < 1:3642552/149‑1 (MQ=255)
cgcgTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCaa < 2:205681/149‑1 (MQ=255)
cgcgTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCaa < 2:1903169/149‑1 (MQ=255)
cgTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCaaaa < 2:2506441/149‑1 (MQ=255)
tGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAAt < 2:86281/149‑1 (MQ=255)
tGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAAt < 2:315077/149‑1 (MQ=255)
aGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAAtgt < 2:1240332/149‑1 (MQ=255)
ggCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAAtgtg > 2:3558791/1‑149 (MQ=255)
cTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCt < 1:2870173/149‑1 (MQ=255)
cTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCt > 2:3510586/1‑149 (MQ=255)
tGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCtt < 2:3324251/149‑1 (MQ=255)
gTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGa < 2:2266274/149‑1 (MQ=255)
ttCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGAt < 1:75868/149‑1 (MQ=255)
ccGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGAtgg < 2:1133299/149‑1 (MQ=255)
tttGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGAtggtgt < 1:2139753/149‑1 (MQ=255)
tttGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGAtggtgt > 2:1882062/1‑149 (MQ=255)
ggCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGAtggtgtggt > 2:2407002/1‑149 (MQ=255)
ggCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGAtggtgtggt > 2:454220/1‑149 (MQ=255)
ggCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGAtggtgtggt < 2:2568822/149‑1 (MQ=255)
gCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGAtggtgtggtg < 2:2353022/149‑1 (MQ=255)
gCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGAtggtgtggtg > 1:315474/1‑149 (MQ=255)
aaGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGgtgtgt < 2:2630628/149‑1 (MQ=255)
aTGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCt > 1:889054/1‑149 (MQ=255)
tGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTg > 2:3618295/1‑149 (MQ=255)
gCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGc > 2:341910/1‑149 (MQ=255)
ccGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCa < 1:2176020/149‑1 (MQ=255)
cTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGa < 1:2736339/149‑1 (MQ=255)
cTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGa < 2:2865782/149‑1 (MQ=255)
ttttGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGaa < 2:1984966/149‑1 (MQ=255)
ttttGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGaa < 1:1424592/149‑1 (MQ=255)
tGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCt < 1:2410431/149‑1 (MQ=255)
tGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCt < 1:3327893/149‑1 (MQ=255)
aTTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCtgt < 1:1613191/149‑1 (MQ=255)
cTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTgcgc < 2:379314/149‑1 (MQ=255)
tgtgACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCt > 1:3667589/1‑149 (MQ=255)
tgtgACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCt < 1:168252/149‑1 (MQ=255)
tgtgACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCt < 1:3964592/149‑1 (MQ=255)
gtgACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCtt > 1:3861628/1‑149 (MQ=255)
gtgACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCtt > 1:3117773/1‑149 (MQ=255)
gtgtTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACa > 1:532384/1‑149 (MQ=255)
gtgtTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACa > 1:2738936/1‑149 (MQ=255)
ttGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGt < 1:1596413/149‑1 (MQ=255)
ttGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGt > 2:694579/1‑149 (MQ=255)
tGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTa < 2:3097085/149‑1 (MQ=255)
gACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTAt > 2:154283/1‑149 (MQ=255)
gACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTAt < 1:179208/149‑1 (MQ=255)
ccAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTc < 1:1661686/149‑1 (MQ=255)
gCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGt > 2:882735/1‑149 (MQ=255)
cATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTc < 1:3229333/149‑1 (MQ=255)
cATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTc < 2:3905430/149‑1 (MQ=255)
tGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAg > 1:401509/1‑149 (MQ=255)
tGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAg > 1:214451/1‑149 (MQ=255)
tGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAg > 1:903490/1‑149 (MQ=255)
tGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCGGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGGGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAg > 1:2472857/1‑149 (MQ=255)
aaGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAg < 2:720660/149‑1 (MQ=255)
aaGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAg > 1:1341254/1‑149 (MQ=255)
gCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGtt > 1:3237128/1‑149 (MQ=255)
gCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGtt > 1:1185999/1‑149 (MQ=255)
ccAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTc < 1:2098950/149‑1 (MQ=255)
ccAGCGACCTGGTCGATCCTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTc < 2:2503207/149‑1 (MQ=255)
cAGCGACCTGGTCGATCGTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCa > 2:2050806/1‑149 (MQ=255)
aGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCaa < 1:2995135/149‑1 (MQ=255)
aGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCaa > 1:928494/1‑149 (MQ=255)
cGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAAc < 2:1352360/149‑1 (MQ=255)
gACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACt < 1:552963/149‑1 (MQ=255)
aCCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTg > 2:1478366/1‑149 (MQ=255)
tGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGtt > 2:2811348/1‑149 (MQ=255)
ggTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGTTa < 2:1579488/149‑1 (MQ=255)
ggTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGTTa < 1:1426637/149‑1 (MQ=255)
tCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGTTACg > 2:1956065/1‑149 (MQ=255)
cGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGTTACGc < 1:25702/149‑1 (MQ=255)
|
GTGTGGATGGTGAATGTTCATGCCTCTGGTGGGGCGCGTATGATGACCGCAGCGCGTGAGGCACTGGTTCCGTTTGGCAAAGATGCACCGCTTTTGATTGCTGTGACAGTGTTGACCAGCATGGAAGCCAGCGACCTGGTCGATCTTGGCATGACACTGTCACCTGCAGATTATGCAGAACGTCTGGCGGCACTGACGCAAAAATGTGGCCTTGATGGTGTGGTGTGTTCTGCTCAGGAAGCTGTGCGCTTTAAACAGGTATTCGGTCAGGAGTTCAAACTGGTTACGCCGGGC > CP009273/1336454‑1336747
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
