Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F361 I0 R1
|
1353 |
250.7 |
8230166 |
96.0% |
7900959 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,437,184 |
G→T |
12.4% |
intergenic (‑84/‑124) |
ldhA ← / → ydbH |
fermentative D‑lactate dehydrogenase, NAD‑dependent/putative membrane‑anchored protein, function unknown |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,437,184 | 0 | G | T | 12.4%
| 763.8
/ 55.3
| 239 | intergenic (‑84/‑124) | ldhA/ydbH | fermentative D‑lactate dehydrogenase, NAD‑dependent/putative membrane‑anchored protein, function unknown |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (120/89); new base T (11/19); total (131/108) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
ACTCGTTCACCTGTTGCAGGTACTTCTTGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTACCCATGCTGGGTAAATATAAAGCCGTTC > CP009273/1437037‑1437332
|
aCTCGTTCACCTGTTGCAGGTACTTCTTGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGa < 1:1365115/149‑1 (MQ=255)
cTCGTTCACCTGTTGCAGGTACTTCTTGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGat > 2:1340185/1‑149 (MQ=255)
cTCGTTCACCTGTTGCAGGTACTTCTTGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGat < 1:3680901/149‑1 (MQ=255)
tCACCTGTTGCAGGTACTTCTTGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCTATATTGa < 2:826584/149‑1 (MQ=255)
aCCTGTTGCAGGTACTTCTTGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCTATATTGaaa < 1:1311552/149‑1 (MQ=255)
aCCTGTTGCAGGTAATTCTTGTCGTACTGTTTTGTGATATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCTATATTGaaa < 1:1311469/149‑1 (MQ=255)
ccTGTTGCAGGTACTTCTTGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGaaaa < 2:1251526/149‑1 (MQ=255)
ccTGTTGCAGGTACTTCTTGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGCCGATATTGaaaa > 2:2643248/1‑149 (MQ=255)
tGCAGGTACTTCTTGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATtca < 1:1237654/149‑1 (MQ=255)
gctggTACTTCTTATCGAACTTTTTTTTGATATACACGGCGAGTTTCATTAGACTTTCTCCCTTTATGTTGATTCACATTTTATCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCTATATTGAAAAATtcat < 1:1089929/146‑1 (MQ=255)
gCAGGTACTTCTTGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCTATATTGAAAAATtcat < 1:73588/149‑1 (MQ=255)
atgTACTTCTTGTCGTACTGTTTTGTTCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGAATTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCTATATTGAAAAATtcatca < 2:2311176/147‑1 (MQ=255)
ggTACTTCTTGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATcaa < 1:1668561/149‑1 (MQ=255)
ggTACTTCTTGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATcaa < 1:1012055/149‑1 (MQ=255)
ggTACTTCTTGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATcaa > 2:661941/1‑149 (MQ=255)
gTACTTCTTGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATcaac < 1:2967859/149‑1 (MQ=255)
gTACTTCTTGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATcaac > 1:1078427/1‑149 (MQ=255)
aCTTCTTGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGATATGGCGATATTGAAAAATTCATcaacaa > 2:3653826/1‑149 (MQ=255)
cttcttGTCGTACTTTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCaacaac < 1:2526545/149‑1 (MQ=255)
cttcttGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCaacaac < 1:2654082/149‑1 (MQ=255)
tcttGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTa < 2:3688565/149‑1 (MQ=255)
tcttGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTa < 2:466257/149‑1 (MQ=255)
gTACTGTTTTTTTCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCTATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAg < 1:42831/149‑1 (MQ=255)
gTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCTATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAg < 2:2433940/149‑1 (MQ=255)
gTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCTATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAg < 2:3166527/149‑1 (MQ=255)
gTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAg < 2:1602546/149‑1 (MQ=255)
gTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAg > 2:3428136/1‑149 (MQ=255)
gTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAg < 2:1215341/149‑1 (MQ=255)
tACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAgt < 1:2631697/149‑1 (MQ=255)
aCTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAgtg > 1:2240727/1‑149 (MQ=255)
gTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCTATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAg < 2:2044958/149‑1 (MQ=255)
gTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAg > 1:3553592/1‑149 (MQ=255)
gCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAAc > 1:3998836/1‑149 (MQ=255)
cTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAAcc < 1:2795107/149‑1 (MQ=255)
taAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTc > 2:1437029/1‑149 (MQ=255)
taAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTc < 1:644341/149‑1 (MQ=255)
aaCGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCaa > 1:1161779/1‑149 (MQ=255)
ggCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCTATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTg > 2:3539888/1‑149 (MQ=255)
aGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACg > 2:1064726/1‑149 (MQ=255)
gTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACgg > 1:1833564/1‑149 (MQ=255)
aaGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACa > 1:1946862/1‑149 (MQ=255)
ttCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCcac < 1:628264/149‑1 (MQ=255)
ttCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCcac < 1:2290720/149‑1 (MQ=255)
ctcCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCcacac > 2:2807606/1‑148 (MQ=255)
tcCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAAt > 2:3989821/1‑149 (MQ=255)
cAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATAc > 2:2394867/1‑149 (MQ=255)
aGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATAcc > 2:2494118/1‑149 (MQ=255)
gTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATAccc > 1:1790596/1‑149 (MQ=255)
aTCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCCTCAACAACTATGCTTAGTGTCGGCGCAACCTTCAAATGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATg > 2:527314/1‑149 (MQ=255)
aTCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATg < 2:693055/149‑1 (MQ=255)
tCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGc > 2:3577807/1‑149 (MQ=255)
cacaTTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCt < 2:3011447/149‑1 (MQ=255)
cacaTTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTAATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCt > 2:1538832/1‑149 (MQ=255)
aTTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTaa < 1:3055954/149‑1 (MQ=255)
aTTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTaa > 1:3419156/1‑149 (MQ=255)
tttAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAAt > 1:764103/1‑149 (MQ=255)
tactaAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGc > 1:3144774/1‑149 (MQ=255)
tactaAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGc > 1:3567979/1‑149 (MQ=255)
ctaAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTa > 1:1526017/1‑149 (MQ=255)
ctaAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTa > 2:721567/1‑149 (MQ=255)
taAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTaa < 1:3064132/149‑1 (MQ=255)
aaaaTATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAAt > 1:85596/1‑149 (MQ=255)
aaaaTATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAAt > 1:595650/1‑149 (MQ=255)
aaaaTATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTAATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAAt < 1:48655/149‑1 (MQ=255)
aaTATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCa < 2:3756869/149‑1 (MQ=255)
atatTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAg > 1:2669045/1‑149 (MQ=255)
atatTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAg > 1:1390642/1‑149 (MQ=255)
ttttACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGat > 2:1612656/1‑149 (MQ=255)
ttACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGatat > 2:2132544/1‑149 (MQ=255)
ttACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCACAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGatat > 2:3825948/1‑149 (MQ=255)
ttACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCACAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGatat > 2:1785771/1‑149 (MQ=255)
cAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCTATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTaa < 2:1260782/149‑1 (MQ=255)
cAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTaa > 2:1804194/1‑149 (MQ=255)
cAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTaa < 2:340649/149‑1 (MQ=255)
aaTTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTa > 2:2577823/1‑149 (MQ=255)
aaTTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTa < 2:2858979/149‑1 (MQ=255)
aTTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTAc > 2:2959538/1‑149 (MQ=255)
aTTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTAc < 2:3874170/149‑1 (MQ=255)
aTTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTAc > 2:3820994/1‑149 (MQ=255)
tttCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCTATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTAcc > 1:3427241/1‑149 (MQ=255)
ttCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTAccc > 1:2847812/1‑149 (MQ=255)
tCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTACCCa > 1:1129072/1‑149 (MQ=255)
cAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTACCCAt < 2:764103/149‑1 (MQ=255)
cAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTACCCAt > 2:1492542/1‑149 (MQ=255)
aaaTTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTACCCATg < 2:2376585/149‑1 (MQ=255)
aaTTTAATTGAAAGCTATGGCTATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTACCCATGc > 2:1739063/1‑149 (MQ=255)
aaTTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTACCCATGc > 2:966933/1‑149 (MQ=255)
aTTTAATTGAAAGCTATGGCTATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTACCCATGCt > 1:2047698/1‑149 (MQ=255)
aTTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTACCCATGCTGGGTa > 2:1402889/1‑149 (MQ=255)
tGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTCATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTACCCATGCTGGGTaaa < 2:225047/149‑1 (MQ=255)
gAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTACCCATGCTGGGTAAat < 1:2201371/149‑1 (MQ=255)
aaGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTACCCATGCTGGGTAAatat < 1:1579531/149‑1 (MQ=255)
aGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTACCCATGCTGGGTAAAtata < 1:1720027/149‑1 (MQ=255)
aGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTACCCATGCTGGGTAAAtata > 2:625823/1‑149 (MQ=255)
gCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTACCCATGCTGGGTAAATATaa > 2:1824144/1‑149 (MQ=255)
cTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTACCCATGCTGGGTAAATATaaa > 1:4030634/1‑149 (MQ=255)
tATGGCTATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTACCCATGCTGGGTAAATATAAAg > 2:184462/1‑149 (MQ=255)
gCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTACCCATGCTGGGTAAATATAAAGCCGt < 1:1741325/149‑1 (MQ=255)
cGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTACCCATGCTGGGTAAATATAAAGCCGtt < 1:2614383/149‑1 (MQ=255)
gATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTACCCATGCTGGGTAAATATAAAGCCGTtc > 1:310232/1‑149 (MQ=255)
|
ACTCGTTCACCTGTTGCAGGTACTTCTTGTCGTACTGTTTTGTGCTATAAACGGCGAGTTTCATAAGACTTTCTCCAGTGATGTTGAATCACATTTAAGCTACTAAAAATATTTTACAAAATTTCAAATTTAATTGAAAGCTATGGCGATATTGAAAAATTCATCAACAACTATGCTTAGTGTAGGCGCAACCTTCAACTGAACGGTTAAACATGCCACAATACCCGTATTGAATGCTTAATTTTTCGCTAAATCAGGATATTAACTACCCATGCTGGGTAAATATAAAGCCGTTC > CP009273/1437037‑1437332
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
