Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F361 I0 R1
|
1353 |
250.7 |
8230166 |
96.0% |
7900959 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,514,060 |
A→T |
44.5% |
P259P (CCA→CCT) |
curA → |
curcumin/dihydrocurcumin reductase, NADPH‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,514,060 | 0 | A | T | 44.5%
| 100.5
/ inf
| 252 | P259P (CCA→CCT) | curA | curcumin/dihydrocurcumin reductase, NADPH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (65/75); new base T (52/60); total (117/135) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.92e-01 |
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
CTGGCGAAAGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGAGATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGATAAAATCC > CP009273/1513914‑1514208
|
tGGCGAAAGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCAccc < 1:2939326/149‑1 (MQ=255)
ggCGAAAGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCg > 2:1417837/1‑149 (MQ=255)
gCGAAAGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCgg > 2:3989642/1‑149 (MQ=255)
gCGAAAGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCgg > 2:3989596/1‑149 (MQ=255)
aaaGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTcc > 1:3872298/1‑149 (MQ=255)
aGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCgg > 2:498203/1‑149 (MQ=255)
aGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCgg > 2:1110563/1‑149 (MQ=255)
cGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGAt < 1:2251618/149‑1 (MQ=255)
cGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGAt < 1:2808253/149‑1 (MQ=255)
cGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGAt < 1:509112/149‑1 (MQ=255)
cGTGACCTAAAGTTATTGATATATATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGAt < 2:3175650/149‑1 (MQ=255)
gTGCCCAACAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATc < 1:2959640/149‑1 (MQ=255)
gTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATc > 2:1559318/1‑149 (MQ=255)
gCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGt < 2:2058608/149‑1 (MQ=255)
aaGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACct < 1:360072/149‑1 (MQ=255)
ggTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACctct > 1:416499/1‑149 (MQ=255)
gTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTg > 1:3457726/1‑149 (MQ=255)
atatCTTTTATGAAATCGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTACTACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATg < 1:3514825/149‑1 (MQ=255)
tatCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATgg < 1:1200299/149‑1 (MQ=255)
tCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCt > 1:3755532/1‑149 (MQ=255)
tattatGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTAc > 1:901031/1‑149 (MQ=255)
attatGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACa < 2:1939192/149‑1 (MQ=255)
atGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTg > 2:1828045/1‑149 (MQ=255)
gAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCAGTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCt < 2:261685/149‑1 (MQ=255)
aaaaCGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTg < 2:1714259/149‑1 (MQ=255)
aaaaCGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCAGTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTg < 1:2404910/149‑1 (MQ=255)
aaaCGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATg < 1:3812695/136‑1 (MQ=255)
gTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGaaaaa > 2:2486467/1‑149 (MQ=255)
gggCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAAc > 2:406814/1‑149 (MQ=255)
cGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTa < 1:1338439/149‑1 (MQ=255)
tAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTc > 1:3646421/1‑149 (MQ=255)
aGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGc < 1:3577728/149‑1 (MQ=255)
aGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGc < 1:2105850/149‑1 (MQ=255)
aGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGc > 2:952840/1‑149 (MQ=255)
ggTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCt < 1:1027246/149‑1 (MQ=255)
ggTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCt < 1:1749651/149‑1 (MQ=255)
tATTCGATGCGGTGCTACTGTTACTTAATACATCTGCGACCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTAGAGAGCTAACACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTGGATGGATACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTg < 2:2249765/149‑1 (MQ=255)
tATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTg > 1:686225/1‑149 (MQ=255)
aTTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGc < 2:1012506/149‑1 (MQ=255)
tCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCaa < 2:3257231/149‑1 (MQ=255)
cGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAg > 2:3036671/1‑149 (MQ=255)
aTGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGt < 1:2553856/149‑1 (MQ=255)
ggTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCTCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTtta < 2:772/149‑1 (MQ=255)
gTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTttat > 1:3374712/1‑149 (MQ=255)
gTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTttat > 1:2497510/1‑149 (MQ=255)
gTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTttat > 1:752570/1‑149 (MQ=255)
cTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTtattat < 1:2110085/149‑1 (MQ=255)
aCCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCg > 1:2718211/1‑149 (MQ=255)
ccGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGc > 1:2536124/1‑149 (MQ=255)
gTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTc < 2:901017/149‑1 (MQ=255)
ttACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCa < 2:3811035/149‑1 (MQ=255)
ttAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGAt < 2:3604885/149‑1 (MQ=255)
aaTACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTa > 2:2822236/1‑149 (MQ=255)
aTACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTAt > 2:3850819/1‑149 (MQ=255)
aTACATCTGCGCGCAGTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTAt < 2:410088/149‑1 (MQ=255)
aCATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGAGTATgg > 1:2805486/1‑149 (MQ=255)
aTCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTc < 1:840881/149‑1 (MQ=255)
tCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCa > 1:3900329/1‑149 (MQ=255)
tCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCa > 2:337225/1‑149 (MQ=255)
cTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCAc < 2:3815191/149‑1 (MQ=255)
cTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCAc < 2:2358286/149‑1 (MQ=255)
cTGCGCGCAGTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCAc < 2:1249228/149‑1 (MQ=255)
tGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCAcc < 1:290330/149‑1 (MQ=255)
aTTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCa < 2:1881160/149‑1 (MQ=255)
aTTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCa < 1:3989642/149‑1 (MQ=255)
aTTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCa < 1:3989596/149‑1 (MQ=255)
ttCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCAt > 2:820145/1‑149 (MQ=255)
ccGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAg < 2:3671248/149‑1 (MQ=255)
cGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGt < 1:1388423/149‑1 (MQ=255)
gTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGtt > 1:1958496/1‑149 (MQ=255)
gTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGtt < 1:3171382/149‑1 (MQ=255)
tCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGttt > 1:3153677/1‑149 (MQ=255)
tCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGttt < 2:686225/149‑1 (MQ=255)
tCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGttt > 1:55062/1‑149 (MQ=255)
tCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGttt > 2:3180135/1‑149 (MQ=255)
tCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGttt > 1:2607095/1‑149 (MQ=255)
cTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTc < 1:1852182/149‑1 (MQ=255)
aTTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAggg > 1:1095268/1‑149 (MQ=255)
aGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGgata < 1:1454084/149‑3 (MQ=255)
gTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGatat > 1:3929005/1‑149 (MQ=255)
agcagcTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATggg > 2:651512/1‑149 (MQ=255)
agcagcTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATggg < 2:2953843/149‑1 (MQ=255)
cagcTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGc < 1:358703/149‑1 (MQ=255)
cagcTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGc < 1:2320977/149‑1 (MQ=255)
tataACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATg < 1:3204237/149‑1 (MQ=255)
aaCGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGt > 2:3333893/1‑149 (MQ=255)
aCGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGAGTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTg > 2:239352/1‑149 (MQ=255)
aCGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTg > 2:1296769/1‑149 (MQ=255)
agagCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAAGAgg > 1:3040229/1‑149 (MQ=255)
agagCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAAGAgg > 1:985554/1‑149 (MQ=255)
gagCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGa < 1:1559318/149‑1 (MQ=255)
gagCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGa < 1:1934900/149‑1 (MQ=255)
agCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGAt < 2:3209456/149‑1 (MQ=255)
agCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGAt < 1:1264338/149‑1 (MQ=255)
cTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGATaa > 2:1501461/1‑149 (MQ=255)
tACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGATaaa > 1:88904/1‑149 (MQ=255)
acctccCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGATaaaa > 1:3397472/1‑149 (MQ=255)
accaccCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGATaaaa > 1:3015439/1‑149 (MQ=255)
accaccCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGATaaaa > 1:3504556/1‑149 (MQ=255)
ccaccCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGATAAAAt > 1:1024702/1‑149 (MQ=255)
|
CTGGCGAAAGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGAGATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGATAAAATCC > CP009273/1513914‑1514208
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
