Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,514,060 |
A→T |
16.4% |
P259P (CCA→CCT) |
curA → |
curcumin/dihydrocurcumin reductase, NADPH‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,514,060 | 0 | A | T | 16.4%
| 641.7
/ 106.6
| 244 | P259P (CCA→CCT) | curA | curcumin/dihydrocurcumin reductase, NADPH‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (102/102); new base T (21/19); total (123/121) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.63e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
TGGCGAAAGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGAGATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGATAAAATC > CP009273/1513915‑1514207
|
gCGAAAGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCg > 2:1505134/1‑148 (MQ=255)
aaaGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTc < 2:2948676/148‑1 (MQ=255)
aaaGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTc < 2:247240/148‑1 (MQ=255)
aaaGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTc > 2:1836718/1‑148 (MQ=255)
gCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCgg > 1:2095539/1‑148 (MQ=255)
cGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGa > 2:1489847/1‑148 (MQ=255)
ccAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCAGTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGtt < 2:25312/148‑1 (MQ=255)
cAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGttt < 2:922314/148‑1 (MQ=255)
cAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGttt > 1:444660/1‑148 (MQ=255)
aaaaGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTa < 1:1558073/148‑1 (MQ=255)
aaaGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTAc < 2:3777583/148‑1 (MQ=255)
aGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACct < 2:294161/148‑1 (MQ=255)
ggTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACctc > 1:3398993/1‑148 (MQ=255)
tATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTg > 2:1378316/1‑148 (MQ=255)
aTTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGt < 2:3489242/148‑1 (MQ=255)
aTTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGt < 1:485921/148‑1 (MQ=255)
aTTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGt < 2:66695/148‑1 (MQ=255)
gATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGa < 1:2139356/148‑1 (MQ=255)
gATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGa < 2:1083044/148‑1 (MQ=255)
tatCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATg > 1:2606211/1‑148 (MQ=255)
atCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATgg > 2:3396599/1‑148 (MQ=255)
atCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATgg > 1:1465414/1‑148 (MQ=255)
atCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATgg > 2:3701101/1‑148 (MQ=255)
atCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATgg > 1:1630978/1‑148 (MQ=255)
cTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCt > 1:3817279/1‑148 (MQ=255)
tatGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAg < 1:3523641/148‑1 (MQ=255)
tGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTg > 1:2205601/1‑148 (MQ=255)
aaaCGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTg > 2:3017698/1‑148 (MQ=255)
aaaCGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTg > 1:3072180/1‑148 (MQ=255)
aaCGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGa > 1:3792297/1‑148 (MQ=255)
aaCGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGa > 1:34809/1‑148 (MQ=255)
aCGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGaa > 2:1365920/1‑148 (MQ=255)
aCGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGATGaa > 2:3542354/1‑148 (MQ=255)
gTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGaaaa < 2:529139/148‑1 (MQ=255)
cGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGt < 1:3463998/148‑1 (MQ=255)
tAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTAtt > 1:1057226/1‑148 (MQ=255)
tAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTAtt > 1:3108073/1‑148 (MQ=255)
aaGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTc > 1:1914049/1‑148 (MQ=255)
ggTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGc > 1:2983477/1‑148 (MQ=255)
gTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCt < 1:2514427/148‑1 (MQ=255)
tATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCtt > 1:3326922/1‑148 (MQ=255)
tATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCtt > 1:3322259/1‑148 (MQ=255)
tCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCAGTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCa < 2:801783/148‑1 (MQ=255)
aTGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAgg < 2:1590806/148‑1 (MQ=255)
tGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGt < 1:3426801/148‑1 (MQ=255)
gCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGtt < 2:404050/148‑1 (MQ=255)
tGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTttat < 2:13083/148‑1 (MQ=255)
aCCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATc > 1:899059/1‑148 (MQ=255)
ccGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCg < 1:1850999/148‑1 (MQ=255)
tACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCa > 1:1991053/1‑148 (MQ=255)
ttAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGa < 2:2199344/148‑1 (MQ=255)
aaTACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGAtt > 2:768341/1‑148 (MQ=255)
tACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTAt < 1:2805287/148‑1 (MQ=255)
aCATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATg > 2:1233543/1‑148 (MQ=255)
cATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATgg > 2:2685944/1‑148 (MQ=255)
cTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCa < 1:1554673/148‑1 (MQ=255)
cTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCa > 1:216673/1‑148 (MQ=255)
gcATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCAt < 1:2874780/148‑1 (MQ=255)
gcATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCAt < 2:3150154/148‑1 (MQ=255)
ttCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCa > 1:3259074/1‑148 (MQ=255)
cccGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATg < 1:2624900/148‑1 (MQ=255)
ccGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGa < 2:1712775/148‑1 (MQ=255)
ccGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGa > 1:3139052/1‑148 (MQ=255)
cGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAg > 1:3726488/1‑148 (MQ=255)
cGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAg > 1:1726891/1‑148 (MQ=255)
gCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCa > 1:2083027/1‑148 (MQ=255)
cGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCag < 1:2642354/148‑1 (MQ=255)
cGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCag < 2:2840749/148‑1 (MQ=255)
aTTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAgg > 2:692292/1‑148 (MQ=255)
aTTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAgg < 1:94124/148‑1 (MQ=255)
ttAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAggg < 2:190394/148‑1 (MQ=255)
ttAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAggg < 2:2763833/148‑1 (MQ=255)
tAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGga < 2:2261183/148‑1 (MQ=255)
tAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGga < 1:2445693/148‑1 (MQ=255)
tAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGga < 1:741889/148‑1 (MQ=255)
tGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAgggctat > 2:2328153/1‑144 (MQ=255)
tGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGatat < 2:737478/148‑1 (MQ=255)
gAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATg > 1:123812/1‑148 (MQ=255)
gAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATg < 2:1348854/148‑1 (MQ=255)
agcagcTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATgg < 2:2487934/148‑1 (MQ=255)
agcagcTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATgg < 1:995874/148‑1 (MQ=255)
cagcTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATgggg < 2:1764261/148‑1 (MQ=255)
cagcTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATgggg < 2:1612353/148‑1 (MQ=255)
gcTATAACGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCa > 2:3085838/1‑148 (MQ=255)
gcTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATTGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCa < 1:577597/148‑1 (MQ=255)
gcTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCa < 1:577574/148‑1 (MQ=255)
aaCGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATggg < 2:2458453/148‑1 (MQ=255)
aaCGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATggg < 2:3310016/148‑1 (MQ=255)
cGCTACAGAGCTACCTCCCGGTCCGGATCGTTTACCTGTGATGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTg > 1:1978424/1‑148 (MQ=255)
cGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTg > 2:3584506/1‑148 (MQ=255)
aCAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAag < 1:3507268/148‑1 (MQ=255)
cAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAaga > 2:3466618/1‑148 (MQ=255)
cAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAaga < 2:3072180/148‑1 (MQ=255)
agCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCACTGGGTGAAAGAGGa > 1:655216/1‑148 (MQ=255)
agCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGa < 1:3580217/148‑1 (MQ=255)
cTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTTTTGATGGCTACAGTGATGAAAAAACGTATTAGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCAAAGCATACATGAGTTTAAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGATa > 1:362143/1‑148 (MQ=255)
accaccCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGATaaa > 1:1394805/1‑148 (MQ=255)
ccaccCGTTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGATACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTAGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGTTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGAAATGGGTGAAAGAGGAGaaaa > 2:2860243/1‑148 (MQ=255)
caccCGGTCCGGATCGTTGACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGATAAAAt < 2:2035413/148‑1 (MQ=255)
accCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGATATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGATAAAATc > 2:1985837/1‑148 (MQ=255)
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TGGCGAAAGCGTGCCCAAAAGGTATTGATATCTATTATGAAAACGTGGGCGGTAAGGTATTCGATGCGGTGCTACCGTTACTTAATACATCTGCGCGCATTCCCGTCTGCGGATTAGTGAGCAGCTATAACGCTACAGAGCTACCACCCGGTCCGGATCGTTTACCTCTGTTGATGGCTACAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGAGATGGGGCAATGGGTGAAAGAGGATAAAATC > CP009273/1513915‑1514207
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
