Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F361 I0 R1
|
1353 |
250.7 |
8230166 |
96.0% |
7900959 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,598,250 |
G→T |
27.0% |
T325T (ACG→ACT) |
lsrC → |
autoinducer 2 import system permease protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,598,250 | 0 | G | T | 27.0%
| 533.8
/ 163.2
| 255 | T325T (ACG→ACT) | lsrC | autoinducer 2 import system permease protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (108/78); new base T (39/30); total (147/108) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.87e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.94e-01 |
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
TAGCGTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCT > CP009273/1598103‑1598398
|
tAGCGTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGc < 2:881605/149‑1 (MQ=255)
tAGCGTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGc < 1:4047301/149‑1 (MQ=255)
gCGTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCa > 2:1870482/1‑149 (MQ=255)
gCGTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCa > 1:643582/1‑149 (MQ=255)
tACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCg > 2:2306158/1‑149 (MQ=255)
tGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATcc > 1:3056424/1‑149 (MQ=255)
tGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATcc > 1:234123/1‑149 (MQ=255)
gTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTa < 1:3203593/149‑1 (MQ=255)
gTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTa > 1:2490225/1‑149 (MQ=255)
gcgcATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAAc < 2:578120/149‑1 (MQ=255)
ttCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCt > 2:2108954/1‑149 (MQ=255)
ttCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCt > 2:616248/1‑149 (MQ=255)
ttCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCt > 1:3952989/1‑149 (MQ=255)
ggCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGt > 2:3599784/1‑149 (MQ=255)
ggCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGt < 1:1581506/149‑1 (MQ=255)
gCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTc > 2:3509687/1‑149 (MQ=255)
cATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCa < 1:3363058/149‑1 (MQ=255)
aTGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAg < 2:340151/149‑1 (MQ=255)
aTGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAg < 1:1962334/149‑1 (MQ=255)
ggtggAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGt < 2:326478/149‑1 (MQ=255)
aaTGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTaaaaa > 1:1908048/1‑149 (MQ=255)
aaTGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTaaaaa > 1:1257334/1‑149 (MQ=255)
aTGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTaaaaaa < 2:839768/149‑1 (MQ=255)
aTGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTaaaaaa < 1:2196049/149‑1 (MQ=255)
aTTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACgg > 1:2282403/1‑149 (MQ=255)
aTTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACgg > 1:426/1‑149 (MQ=255)
aTTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACgg < 2:2937541/149‑1 (MQ=255)
ttttATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACggg > 2:545993/1‑149 (MQ=255)
ttttATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACggg < 1:830897/149‑1 (MQ=255)
tttATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGa < 1:1014497/149‑1 (MQ=255)
tttATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGa < 1:4088476/149‑1 (MQ=255)
ttgaTCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGa < 2:817162/146‑1 (MQ=255)
ttATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAg > 2:2873833/1‑149 (MQ=255)
tCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGcc < 2:2303724/149‑1 (MQ=255)
cgcgGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCg < 1:1460911/149‑1 (MQ=255)
gcgGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGACAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGc > 1:2815796/1‑149 (MQ=255)
ggTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATa > 2:3755809/1‑149 (MQ=255)
gTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATaa < 2:1766104/149‑1 (MQ=255)
tCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAAt > 2:3320403/1‑149 (MQ=255)
tGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGc > 1:2815847/1‑149 (MQ=255)
tGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGc > 2:2260499/1‑149 (MQ=255)
gTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGt < 1:673208/149‑1 (MQ=255)
ttCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTa > 2:2661493/1‑149 (MQ=255)
ttCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTa < 2:2490225/149‑1 (MQ=255)
ctgctgGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTAtt > 1:1171936/1‑149 (MQ=255)
ctgctgGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTAtt > 1:3072546/1‑149 (MQ=255)
gctgGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGACTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCg > 2:1100335/1‑149 (MQ=255)
ggCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTa < 2:2012490/149‑1 (MQ=255)
tgtTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAAc < 1:1865607/149‑1 (MQ=255)
tgtTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAAc < 1:4001436/149‑1 (MQ=255)
ttGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTgg < 1:2108954/149‑1 (MQ=255)
gATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGct > 1:3548579/1‑149 (MQ=255)
gATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGct > 1:3615477/1‑149 (MQ=255)
aTGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGctc > 1:939612/1‑149 (MQ=255)
tGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGctct < 2:2245159/149‑1 (MQ=255)
aCGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGc < 1:3015243/149‑1 (MQ=255)
cTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCa > 1:2879193/1‑149 (MQ=255)
tGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCAc < 2:786297/149‑1 (MQ=255)
tGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCAc > 2:1673562/1‑149 (MQ=255)
gCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACt > 1:1076025/1‑149 (MQ=255)
ttGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCt > 1:488863/1‑149 (MQ=255)
tgtgCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTc < 1:1097158/149‑1 (MQ=255)
tgtgCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTc < 1:2936472/149‑1 (MQ=255)
cTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTAtt > 1:599454/1‑149 (MQ=255)
ggAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTga > 2:2075298/1‑149 (MQ=255)
ggAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTga > 1:806888/1‑149 (MQ=255)
ggAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTga > 2:4109480/1‑149 (MQ=255)
aaCGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTgaga < 2:3878737/149‑1 (MQ=255)
aaCGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTgaga > 2:3196697/1‑149 (MQ=255)
aCGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGAt < 2:2198140/149‑1 (MQ=255)
aCGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGAt < 1:3297115/149‑1 (MQ=255)
gTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTg > 2:300690/1‑149 (MQ=255)
gTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTg > 2:2386729/1‑149 (MQ=255)
tAATCTACGGCGGCAAAACTATGCCCGCTTTCTGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGACAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGt < 2:3371135/149‑1 (MQ=255)
aaTCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTc > 2:1598646/1‑149 (MQ=255)
tCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGc < 1:996029/149‑1 (MQ=255)
tACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCAt > 1:3479638/1‑149 (MQ=255)
cggcggCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCAttt < 1:2875106/149‑1 (MQ=255)
cggcggCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCAttt < 1:1378858/149‑1 (MQ=255)
ggcAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTg < 2:971016/149‑1 (MQ=255)
gcAAAAATATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGc < 2:867736/149‑1 (MQ=255)
aaaaaTATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCaa < 2:1280039/149‑1 (MQ=255)
aaaaTATGCCCGCTTTATGACTCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAAt > 2:3975444/1‑149 (MQ=255)
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|
TAGCGTACTGGTGCTGTTGCGCATTCCGGCATGGTGGAATGATTTTATCGCGGGTCTGGTTCTGCTGGCGGTGCTGGTGTTTGATGGACGCCTGCGTTGTGCGCTGGAACGTAATCTACGGCGGCAAAAATATGCCCGCTTTATGACGCCACCGCCATCCGTTAAACCCGCTTCGTCAGGTAAAAAACGGGAGGCCGCATAATGCGTATTCGCTACGGTTGGGAACTGGCTCTTGCCGCACTGCTCGTTATTGAGATTGTCGCATTTGGTGCAATTAACCCGCGAATGTTAGATCT > CP009273/1598103‑1598398
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
