Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F204 I0 R1
|
1155 |
255.8 |
8356456 |
95.7% |
7997128 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,332,486 |
G→T |
41.1% |
R800L (CGA→CTA) |
acnA → |
aconitate hydratase 1 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,332,486 | 0 | G | T | 41.1%
| 252.9
/ 260.9
| 219 | R800L (CGA→CTA) | acnA | aconitate hydratase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (60/69); new base T (41/49); total (101/118) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
TATGATGCTGCGATGCGCTATAAGCAGGAGCAAACGCCGCTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGGAAGAGAAGATTGATATTGGCGATCTGCAAAACCTACAACCCGGCGCGACGGTTCCGGTGA > CP009273/1332338‑1332635
|
tATGATGCTGCGATGCGCTATAAGCAGGAGCAAACGCCGCTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGa > 2:2330484/1‑150 (MQ=255)
tATGATGCTGCGATGCGCTATAAGCAGGAGCAAACGCCGCTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGa > 2:2585572/1‑150 (MQ=255)
tgatgCTGCGATGCGCTATACGCAGGAGCAAACGCCGCTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAAt < 1:929349/150‑1 (MQ=255)
tgatgCTGCGATGCGCTATAAGCAGGAGCAAACGCCGCTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAAt > 1:279982/1‑150 (MQ=255)
gatgCTGCGATGCGCTATAAGCAGGAGCAAACGCCGCTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAAtt > 2:1868657/1‑150 (MQ=255)
gatgCTGCGATGCGCTATAAGCAGGAGCAAACGCCGCTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAAATAAtt > 2:3167207/1‑150 (MQ=255)
atgCTGCGATGCGCTATAAGCAGGAGCAAACGCCGCTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTc > 1:1332728/1‑150 (MQ=255)
atgCTGCGATGCGCTATAAGCAGGAGCAAACGCCGCTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTc < 1:668790/150‑1 (MQ=255)
atgCTGCGATGCGCTATAAGCAGGAGCAAACGCCGCTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTc < 1:2054665/150‑1 (MQ=255)
ctgcGATGCGCTATAAGCAGGAGCAAACGCCGCTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCAcc < 2:1927784/150‑1 (MQ=255)
tgcGATGCGCTATAAGCAGGAGCAAACGCCGCTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCg > 2:483510/1‑150 (MQ=255)
cGATGCGCTATAAGCAGGAGCAAACGCCGCTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGtt < 2:1082582/150‑1 (MQ=255)
gATGCGCTATAAGCAGGAGCAAACGCCGCTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTc < 2:3257206/150‑1 (MQ=255)
cgcTATAAGCAGGAGCAAACGCCGCTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAAt > 1:1003520/1‑150 (MQ=255)
taAGCAGGAGCAAACGCCGCTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAAt < 2:3411225/150‑1 (MQ=255)
cgCAGGAGCAAACGCCGCTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTg < 2:2120939/149‑1 (MQ=255)
aGGAGCAAACGCCGCTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCa > 2:1453943/1‑150 (MQ=255)
ggAGCAAACGCCGCTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCAt > 1:1612223/1‑150 (MQ=255)
aaaCGCCGCTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCa > 1:3293516/1‑150 (MQ=255)
aaCGCCGCTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCAt > 2:2423164/1‑150 (MQ=255)
ccgccgcTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATc < 2:904054/149‑1 (MQ=255)
cgccgcTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATcc > 1:2577529/1‑150 (MQ=255)
cgcTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGc > 1:3300985/1‑150 (MQ=255)
gcTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGcc > 2:3369968/1‑150 (MQ=255)
cTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCg < 1:3604148/150‑1 (MQ=255)
gCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTg < 2:1550271/150‑1 (MQ=255)
gCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTg < 2:1550267/150‑1 (MQ=255)
cGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTgg < 1:3655396/150‑1 (MQ=255)
gTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGaa < 1:3579133/150‑1 (MQ=255)
gTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGaa < 1:3579125/150‑1 (MQ=255)
tGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAAt > 2:3100218/1‑150 (MQ=255)
gATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAAtt > 1:1364909/1‑150 (MQ=255)
gATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAAtt < 1:1556335/150‑1 (MQ=255)
tGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTcc < 1:425007/150‑1 (MQ=255)
cGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCa > 1:667746/1‑150 (MQ=255)
ggAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAg > 1:886489/1‑150 (MQ=255)
gagTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTa < 1:2945206/150‑1 (MQ=255)
gagTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTa < 1:856089/150‑1 (MQ=255)
gagTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTa < 2:2087761/150‑1 (MQ=255)
gATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTa > 1:3269096/1‑150 (MQ=255)
gATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTa > 1:1177116/1‑150 (MQ=255)
tCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTaaa > 1:634859/1‑150 (MQ=255)
tCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTaaa > 2:2743465/1‑150 (MQ=255)
tCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTaaa > 2:2245506/1‑150 (MQ=255)
aGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAAc > 1:1081703/1‑150 (MQ=255)
cTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGtt < 2:178026/150‑1 (MQ=255)
ccAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAg > 1:1031722/1‑150 (MQ=255)
ccAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAg < 2:4077748/150‑1 (MQ=255)
cAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAgg < 2:1232560/150‑1 (MQ=255)
gTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGc > 2:2540621/1‑150 (MQ=255)
tCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCt > 1:1283660/1‑150 (MQ=255)
gACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAACCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAAcc < 2:2909693/150‑1 (MQ=255)
aCTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCg < 1:2178596/150‑1 (MQ=255)
tGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCggg > 1:1974752/1‑150 (MQ=255)
gggCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCgggg < 1:3361948/150‑1 (MQ=255)
gcggcAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGgaa < 2:3526149/150‑1 (MQ=255)
cAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGgaagaga < 2:9335/150‑1 (MQ=255)
aaaaGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGgaagagaa > 1:3471641/1‑150 (MQ=255)
aaaaGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGgaagagaa < 1:1162448/150‑1 (MQ=255)
aaaaGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGgaagtgaa > 1:3795740/1‑150 (MQ=255)
aaaGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGgaagagaag > 1:4125869/1‑150 (MQ=255)
taGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGgaagagaaga < 2:3369200/149‑1 (MQ=255)
aaGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCCAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGgaagagaaga > 2:390783/1‑150 (MQ=255)
ccGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTCACCGGGGAAGAGAAGATTGat > 1:966969/1‑150 (MQ=255)
cgcgTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGGAAGAGAAGATTGata < 1:1806795/150‑1 (MQ=255)
cgcgTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGGAAGAGAAGATTGata > 2:3641276/1‑150 (MQ=255)
cgcgTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGGAAGAGAAGATTGata < 1:1806714/150‑1 (MQ=255)
gcgTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGGAAGAGAAGATTGatat < 1:3734904/150‑1 (MQ=255)
cgTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGGAAGAGAAGATTGATAtt > 1:3879712/1‑150 (MQ=255)
cgTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGGAAGAGAAGATTGATAtt > 1:2779031/1‑150 (MQ=255)
cTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGGAAGAGAAGATTGATATTGGc < 2:1277610/150‑1 (MQ=255)
tGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGGAAGAGAAGATTGATATTGGCg > 1:3317712/1‑150 (MQ=255)
tGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGGAAGAGAAGATTGATATTGGCg < 2:2160228/150‑1 (MQ=255)
gCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGGAAGAGAAGATTGATATTGGCGa < 1:1750763/150‑1 (MQ=255)
ttGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGGAAGAGAAGATTGATATTGGCGATc > 1:2379511/1‑150 (MQ=255)
aTTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGGAAGAGAAGATTGATATTGGCGATCTGCaa < 1:3842558/150‑1 (MQ=255)
aTTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGGAAGAGAAGATTGATATTGGCGATCTGCaa > 2:1792587/1‑150 (MQ=255)
tgtgGTGATTGCCGAATCGTTTGAACTAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGGAAGAGAAGATTGATATTGGCGATCTGCAAAACCt < 2:3803810/150‑1 (MQ=255)
tgtgGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGGAAGAGAAGATTGATATTGGCGATCTGCAAAACCt < 1:1910364/150‑1 (MQ=255)
tgtgGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGGAAGAGAAGATTGATATTGGCGATCTGCAAAACCt < 2:150289/150‑1 (MQ=255)
tggtgATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGGAAGAGAAGATTGATATTGGCGATCTGCAAAACCTAc < 1:3059357/150‑1 (MQ=255)
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gAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGGAAGAGAAGATTGATATTGGCGATCTGCAAAACCTACAACCCGGCGCGACGGTTCCg > 1:1348637/1‑150 (MQ=255)
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aaCGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGGAAGAGAAGATTGATATTGGCGATCTGCAAAACCTACAACCCGGCGCGACGGTTCCgg > 2:2878795/1‑150 (MQ=255)
aCGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGGAAGAGAAGATTGATATTGGCGATCTGCAAAACCTACAACCCGGCGCGACGGTTCCGGt < 1:2562686/150‑1 (MQ=255)
cGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGGAAGAGAAGATTGATATTGGCGATCTGCAAAACCTACAACCCGGCGCGACGGTTCCGGTg < 1:809657/150‑1 (MQ=255)
|
TATGATGCTGCGATGCGCTATAAGCAGGAGCAAACGCCGCTGGCGGTGATTGCCGGGAAAGAGTATGGATCAGGCTCCAGTCGTGACTGGGCGGCAAAAGGTCCGCGTCTGCTTGGTATTCGTGTGGTGATTGCCGAATCGTTTGAACGAATTCACCGTTCGAATTTAATTGGCATGGGCATCCTGCCGCTGGAATTTCCGCAAGGCGTAACGCGTAAAACGTTAGGGCTAACCGGGGAAGAGAAGATTGATATTGGCGATCTGCAAAACCTACAACCCGGCGCGACGGTTCCGGTGA > CP009273/1332338‑1332635
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
