Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F98 I0 R1
|
799 |
294.1 |
9752082 |
92.2% |
8991419 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,954,751 |
G→T |
21.6% |
V239L (GTG→TTG) |
rep → |
DNA helicase and single‑stranded DNA‑dependent ATPase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,954,751 | 0 | G | T | 21.6%
| 684.0
/ 147.6
| 253 | V239L (GTG→TTG) | rep | DNA helicase and single‑stranded DNA‑dependent ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (100/98); new base T (25/30); total (125/128) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.44e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
GCCGACGTTGCTGCTGCAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCGGGCGTATTCTGAAAGCGGCGAAC > CP009273/3954603‑3954900
|
gCCGACGTTGCTGCTGCAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCgt < 2:4814856/150‑1 (MQ=255)
ccGACGTTGCTGCTGCAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCttg > 1:4580500/1‑150 (MQ=255)
cGTTGCTGCTGCAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTtggtgg < 2:1177328/150‑1 (MQ=255)
cGTTGCTGCTGCAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTtggtgg < 2:1815992/150‑1 (MQ=255)
cGTTGCTGCTGCAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTtggtgg < 2:3704471/150‑1 (MQ=255)
cGTTGCTGCTGCAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGtggtgg < 1:982367/150‑1 (MQ=255)
tgctgctgcAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTggtgggtg < 1:1344776/150‑1 (MQ=255)
tgctgcAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACg < 1:3938726/150‑1 (MQ=255)
ctgcAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGAt > 2:2145867/1‑150 (MQ=255)
tgcAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATg > 1:3494704/1‑150 (MQ=255)
tgcAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATg > 1:146068/1‑150 (MQ=255)
aCGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCa < 1:1832912/150‑1 (MQ=255)
gCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGt > 1:4616052/1‑150 (MQ=255)
cAATGAAGAAGGCCGCAAGCGCGGGCAGAACAAAATGCGCTAGCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGGATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTc < 2:1897728/150‑1 (MQ=255)
aaTGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCg < 2:4088602/150‑1 (MQ=255)
aaTGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCg > 2:1987072/1‑150 (MQ=255)
aaTGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCg > 1:28630/1‑150 (MQ=255)
aaTGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCg > 2:2045212/1‑150 (MQ=255)
aTGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGa > 1:2954764/1‑150 (MQ=255)
tGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGAt > 1:1158834/1‑150 (MQ=255)
gaagaaGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATc < 2:3126848/150‑1 (MQ=255)
aagaagTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCt > 1:1979692/1‑150 (MQ=255)
aagaagTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCt < 1:3290470/150‑1 (MQ=255)
tCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCt < 1:2258880/150‑1 (MQ=255)
ccGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTg < 2:2855169/150‑1 (MQ=255)
gCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGgc < 2:2952063/150‑1 (MQ=255)
cAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCCGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGgcg > 2:952450/1‑150 (MQ=255)
gcgcTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCgg > 1:3856662/1‑150 (MQ=255)
cAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGt > 2:3847567/1‑150 (MQ=255)
gAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTcc < 2:4312632/150‑1 (MQ=255)
gAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTcc > 1:637987/1‑150 (MQ=255)
aCAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGc > 2:1508808/1‑150 (MQ=255)
aTTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAAc > 2:2479061/1‑150 (MQ=255)
aTTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAAc < 2:3769875/150‑1 (MQ=255)
ttCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTCTGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAAcc < 2:4273069/150‑1 (MQ=255)
ttCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAAcc < 1:1369311/150‑1 (MQ=255)
tCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCt > 1:2045045/1‑150 (MQ=255)
cGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTg > 1:4873435/1‑150 (MQ=255)
gCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTgg > 1:460635/1‑150 (MQ=255)
cTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGt < 2:2512321/150‑1 (MQ=255)
tggATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTc < 2:2984786/150‑1 (MQ=255)
ggATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCa < 2:366942/150‑1 (MQ=255)
gATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAg > 1:4131453/1‑150 (MQ=255)
gATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAg > 2:1673147/1‑150 (MQ=255)
gAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGAt < 2:4753567/150‑1 (MQ=255)
gAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGAt > 2:1682782/1‑150 (MQ=255)
gAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGAt < 2:3551895/150‑1 (MQ=255)
gTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGAttt > 2:1651310/1‑150 (MQ=255)
gTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGAttt < 1:228207/150‑1 (MQ=255)
tATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGAtttt < 2:109182/150‑1 (MQ=255)
tCAGGACACCAACACCCGCCAGTATGAGCGGGAGAAACTGCTGGGGGGCAGCCGCGCGCGCTGTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTcc < 2:440006/150‑1 (MQ=255)
tCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTcc < 2:1047465/150‑1 (MQ=255)
cAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCg > 1:4206650/1‑150 (MQ=255)
ggACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGgc > 1:4050301/1‑150 (MQ=255)
gACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGgcg < 1:2582576/150‑1 (MQ=255)
caccaacaccaGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCt > 2:1848970/1‑150 (MQ=255)
caccaacaccaGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCt > 1:2412545/1‑150 (MQ=255)
caccaacaccaGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCt > 1:4859941/1‑150 (MQ=255)
accaacaccaGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTg < 2:1275943/150‑1 (MQ=255)
accaacaccaGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTg < 1:3994265/150‑1 (MQ=255)
ccaacaccaGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGa < 2:3710383/150‑1 (MQ=255)
ccaacaccaGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGa < 1:3229410/150‑1 (MQ=255)
caacaccaGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGaa < 2:3787012/150‑1 (MQ=255)
caccaGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGt > 2:840609/1‑150 (MQ=255)
caccaGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGt > 1:1710712/1‑150 (MQ=255)
accaGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTg > 1:9254/1‑150 (MQ=255)
accaGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTg < 1:2016193/150‑1 (MQ=255)
cagccagTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGAt > 1:3413510/1‑150 (MQ=255)
ccagTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTaa < 2:4621815/150‑1 (MQ=255)
ccagTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTaa > 1:58210/1‑150 (MQ=255)
aTGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTg < 1:334016/150‑1 (MQ=255)
gAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAg > 1:3114358/1‑150 (MQ=255)
aGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGc < 1:3727756/150‑1 (MQ=255)
gCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCa > 2:1458264/1‑150 (MQ=255)
tGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACt < 2:2713895/150‑1 (MQ=255)
gAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTa > 1:941888/1‑150 (MQ=255)
aaaCTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTAt > 1:2537490/1‑150 (MQ=255)
aaaCTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTAt > 1:2557737/1‑150 (MQ=255)
aaCTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATc > 1:4509784/1‑150 (MQ=255)
aaCTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATc > 2:4021174/1‑150 (MQ=255)
aaCTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATc < 1:2727097/150‑1 (MQ=255)
ctgctgGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGc > 2:1728/1‑150 (MQ=255)
tgctgGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGct < 2:4132507/150‑1 (MQ=255)
tgctgGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGct > 1:4688834/1‑150 (MQ=255)
tggtggGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCtt > 2:3856980/1‑150 (MQ=255)
tggGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCAGGTGCGGCTGAGTCAAGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATGAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCg < 2:2361934/150‑1 (MQ=255)
gggCAGCCGCGCGCGCTTTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCgg > 1:4292389/1‑150 (MQ=255)
cAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCGGGCg > 1:3584969/1‑150 (MQ=255)
aGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCGGGCGt > 2:2159670/1‑150 (MQ=255)
gCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCGGGCGTa > 1:417711/1‑150 (MQ=255)
ccGCGCGCGCTTTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCGGGCGTAt < 1:887213/150‑1 (MQ=255)
cgcgcgcgCTTTACCTTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCGGGCGTAtt > 2:2413812/1‑150 (MQ=255)
cgcgcgcgCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCGGGCGTAtt < 2:3186141/150‑1 (MQ=255)
gcgcTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCGGGCGTATTCTGaa > 2:931164/1‑150 (MQ=255)
tACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCGGGCGTATTCTGAAAgcggc < 1:1025583/150‑1 (MQ=255)
tACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCGGGCGTATTCTGAAAgcggc < 2:4872881/150‑1 (MQ=255)
aCCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCGGGCGTATTCTGAAAgcggcg < 2:637226/150‑1 (MQ=255)
ccGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCGGGCGTATTCTGAAAGCGGCGa < 2:3258525/150‑1 (MQ=255)
cGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCGGGCGTATTCTGAAAGCGGCGaa < 1:2396/150‑1 (MQ=255)
gtggtgGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCGGGCGTATTCTGAAAGCGGCGAAc < 2:3449947/150‑1 (MQ=255)
|
GCCGACGTTGCTGCTGCAACGCAATGAAGAAGTCCGCAAGCGCTGGCAGAACAAAATTCGCTATCTGCTGGTGGATGAGTATCAGGACACCAACACCAGCCAGTATGAGCTGGTGAAACTGCTGGTGGGCAGCCGCGCGCGCTTTACCGTGGTGGGTGACGATGACCAGTCGATCTACTCCTGGCGCGGTGCACGTCCGCAAAACCTGGTGCTGCTGAGTCAGGATTTTCCGGCGCTGAAGGTGATTAAGCTTGAGCAGAACTATCGCTCTTCCGGGCGTATTCTGAAAGCGGCGAAC > CP009273/3954603‑3954900
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
