Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F83 I1 R1
|
393 |
530.9 |
9427126 |
91.1% |
8588111 |
148.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP043523 |
1,848,162 |
1 bp→CA |
intergenic (+147/‑130) |
FTN78_chr1897 → / → FTN78_chr1898 |
Cold shock protein of CSP family/Cold shock protein of CSP family |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP043523 | 1,848,161 | 1 | . | C | 92.0%
| 763.0
/ 86.3
| 299 | intergenic (+146/‑131) | FTN78_chr1897/FTN78_chr1898 | Cold shock protein of CSP family/Cold shock protein of CSP family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (11/13); new base C (165/110); total (176/123) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.98e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP043523 | 1,848,162 | 0 | G | A | 92.3%
| 709.9
/ 50.0
| 299 | intergenic (+147/‑130) | FTN78_chr1897/FTN78_chr1898 | Cold shock protein of CSP family/Cold shock protein of CSP family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base A (166/109); minor base C (10/13); total (176/123) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.26e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
AAAGCATGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCATTACGATATGGATTTTATTAAT‑G‑GAGAGTAGTTTGACATTGACTATAATTAGTGTTATTATGAAGAAGTAAATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATGAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAA‑‑ATATTATGGCAAATGGAACAGTA > CP043523/1848023‑1848309
|||
aGCATGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGagtagt > 1:4335731/1‑148 (MQ=255)
cATGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGttt > 1:2722177/1‑148 (MQ=255)
cATGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGttt > 1:941716/1‑148 (MQ=255)
aTGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTg > 1:554721/1‑148 (MQ=255)
aTGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTg < 1:3649324/148‑1 (MQ=255)
ggggTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGAc > 1:35883/1‑148 (MQ=255)
gtgtCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACAtt > 1:1190884/1‑148 (MQ=255)
gtgtCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACAtt < 1:1341147/148‑1 (MQ=255)
tgtCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAACATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTg < 1:278053/148‑1 (MQ=255)
tgtCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTg > 1:4618065/1‑148 (MQ=255)
gtCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGa < 1:4361810/148‑1 (MQ=255)
tCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGag < 1:346873/148‑2 (MQ=39)
ccTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGagt > 1:2392199/1‑146 (MQ=38)
attGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAAT‑CAGAGAGTAGTTTGACATTGAGtat < 1:2321826/147‑1 (MQ=38)
tGCTTTTTTATTTATTGCTAATGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAAT‑CAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATaa < 1:3033770/148‑1 (MQ=37)
gCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAAt < 1:1249215/148‑1 (MQ=38)
gCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAAt < 1:3775695/148‑1 (MQ=38)
cTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAAtt < 1:1040851/148‑1 (MQ=38)
ttttATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAgt > 1:3641197/1‑148 (MQ=38)
atttatttaTTGATCTAGCAAAAATAAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAAT‑CAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAgt < 1:4084596/147‑1 (MQ=25)
tttatttaTTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAgtg < 1:4502597/148‑1 (MQ=38)
ttatttatTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAgtgt > 1:1602452/1‑148 (MQ=38)
ttatttatTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAgtgt > 1:2943503/1‑148 (MQ=38)
ttatttatTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAgtgt < 1:1401605/148‑1 (MQ=37)
atttattGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGtta > 1:1109723/1‑148 (MQ=37)
atttattGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGtta > 1:1701119/1‑148 (MQ=37)
atttattGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAAATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGtta < 1:4405085/148‑1 (MQ=37)
tttattGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGttat < 1:2217720/148‑1 (MQ=37)
tttattGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGttat > 1:87161/1‑148 (MQ=37)
tttattGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATGTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGATATTGAGTATAATTAGTGttat > 1:1286371/1‑148 (MQ=37)
attgctattgcAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTtattat > 1:4168950/1‑148 (MQ=37)
attgctattgcAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGCGTtattat > 1:3107474/1‑148 (MQ=37)
attgcAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATaaagaa < 1:3973112/148‑1 (MQ=37)
tgcAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGt > 1:3912213/1‑148 (MQ=37)
cAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTag > 1:716710/1‑147 (MQ=37)
aaTGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGAttt > 1:373258/1‑148 (MQ=25)
gAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGt > 1:3057057/1‑148 (MQ=25)
aTGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTa > 1:2053657/1‑148 (MQ=25)
aCTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGtt > 1:1455468/1‑148 (MQ=21)
agtgagGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTtat > 1:1891042/1‑148 (MQ=21)
agGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGAt < 1:313514/148‑1 (MQ=21)
gAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCa > 2:1433579/1‑148 (MQ=18)
aaaGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCAc > 2:636328/1‑148 (MQ=18)
aaGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTTTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACt > 1:3218549/1‑148 (MQ=18)
aGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAAT‑CAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACtt > 2:2738538/1‑148 (MQ=18)
gATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACttt > 1:4676183/1‑148 (MQ=18)
gATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACttt > 2:872865/1‑148 (MQ=18)
aTTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACtttt < 1:2852330/148‑1 (MQ=18)
aTTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACtttt < 1:2640740/148‑1 (MQ=18)
gTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCa < 1:1070892/148‑1 (MQ=18)
ttGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCaa > 2:3963091/1‑148 (MQ=18)
gCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTACTCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCaaaa > 2:4671390/1‑148 (MQ=18)
tttCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAAta > 1:4278147/1‑147 (MQ=18)
cccTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATaaga > 1:2115304/1‑148 (MQ=18)
cccTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATaaga < 2:3035187/148‑1 (MQ=18)
ccTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCG‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGAt < 1:3701921/148‑1 (MQ=18)
cTACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGAtt > 1:1642850/1‑148 (MQ=18)
tACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGAttt > 2:2064135/1‑148 (MQ=18)
tACAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGAttt > 2:187820/1‑148 (MQ=18)
cAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTAc > 2:288446/1‑148 (MQ=18)
cAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTAc > 1:1417275/1‑148 (MQ=18)
cAGTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTAc > 2:1691920/1‑148 (MQ=18)
gTTCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACaa > 1:2422353/1‑148 (MQ=18)
ttCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAAt > 2:2076466/1‑148 (MQ=18)
tCATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAAtt < 2:649966/148‑1 (MQ=18)
cATAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAAttt < 2:3074462/148‑1 (MQ=18)
tAAAATCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTg < 1:337732/148‑1 (MQ=18)
aaaaTCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGt > 1:2535275/1‑148 (MQ=18)
aaaaTCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGt < 2:316941/148‑1 (MQ=18)
aTCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGa > 2:1572679/1‑148 (MQ=17)
aTCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGa > 2:3506292/1‑148 (MQ=18)
aTCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAAT‑CAGAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGa < 2:1809389/148‑1 (MQ=18)
tCCATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGaa > 1:622782/1‑148 (MQ=17)
ccATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGaaa > 1:2527234/1‑148 (MQ=17)
ccATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGaaa > 2:3249596/1‑148 (MQ=17)
cATGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTGTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAg > 2:1768453/1‑148 (MQ=17)
aTGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAgg < 2:1701119/148‑1 (MQ=17)
tGTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGa > 1:1156916/1‑148 (MQ=17)
gTCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGaa > 2:2467354/1‑148 (MQ=17)
tCACTACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGaaa < 2:860046/148‑1 (MQ=17)
ctACGATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGaaataa > 2:3418896/2‑148 (MQ=17)
aagATATGGATTTTATTAATCA‑GAGAGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGaaataa‑‑at > 2:4257867/3‑148 (MQ=17)
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agagaGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAAATATATTATGGCAAATGGAACAg < 2:4316431/147‑1 (MQ=14)
gagaGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAAATATATTATGGCAAATGGAACAGt > 2:1464244/1‑148 (MQ=14)
gagaGTAGTTTGACATTGAGTATAATTAGTGTTATTATAAAGAAGTAGATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATAAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAAATATATTATGGCAAATGGAACAGt > 2:2240163/1‑148 (MQ=14)
|||
AAAGCATGGGGTGTCCTTTGCTTTTTTATTTATTGCTATTGCAAAAATGAATTAAAATGTTATACTGAGTGAGGGAAAGATTAGTTGCTTTCCCTACAGTTCATAAAATCCATGTCATTACGATATGGATTTTATTAAT‑G‑GAGAGTAGTTTGACATTGACTATAATTAGTGTTATTATGAAGAAGTAAATTTTGTCATGAGTAAAATGTTTTATAGATTCACTTTTCGCAAAATGAGATTTACAATTTTGTCGAAAGGAAATAA‑‑ATATTATGGCAAATGGAACAGTA > CP043523/1848023‑1848309
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
