Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A1 F83 I1 R1
|
393 |
530.9 |
9427126 |
91.1% |
8588111 |
148.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 645 total aligned reads displayed.
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|
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TTAACTTGCCCTTTAATCCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTT < SRR13214404.536761/150‑1 (MQ=60)
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AACTTGCCCTTTAATCCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTC > SRR13214404.4687492/1‑150 (MQ=60)
AACTTGCCCTTTAATCCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTC > SRR13214404.3212428/1‑150 (MQ=60)
AACTTGCCCTTTAATCCCAACTCCCGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTC > SRR13214404.753813/1‑150 (MQ=60)
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CTTGCCCTTTAATTCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCAT < SRR13214404.174201/150‑1 (MQ=60)
CTTGCCCTTTAATCCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCAT > SRR13214404.1986772/1‑150 (MQ=60)
CTTGCCCTTTAATCCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCAT > SRR13214404.4106062/1‑150 (MQ=60)
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TTGCCCTTTAATCCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATC < SRR13214404.4456318/150‑1 (MQ=60)
TTGCCCTTTAATCCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATC < SRR13214404.3425912/150‑1 (MQ=60)
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GCCCTTTAATTCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAG > SRR13214404.1686819/1‑150 (MQ=60)
GCCCTTTAATCCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATCTGGAGAATGTCTGTTTCATCAG < SRR13214404.159375/150‑1 (MQ=60)
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CCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAAT < SRR13214404.3486236/150‑1 (MQ=60)
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CAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAA > SRR13214404.2191567/1‑150 (MQ=60)
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CCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTA > SRR13214404.2291587/1‑150 (MQ=60)
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ATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAAT > SRR13214404.4586212/1‑150 (MQ=60)
ATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAAT > SRR13214404.1767139/1‑150 (MQ=60)
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CAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAG > SRR13214404.2811784/1‑150 (MQ=60)
CTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTA > SRR13214404.4713611/1‑150 (MQ=60)
TTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAA > SRR13214404.1656288/1‑150 (MQ=60)
TTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAA < SRR13214404.3888560/150‑1 (MQ=60)
TTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAAT < SRR13214404.2355844/150‑1 (MQ=60)
TTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATG > SRR13214404.503021/1‑150 (MQ=60)
TTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATG > SRR13214404.3966298/1‑150 (MQ=60)
TTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATG < SRR13214404.4598782/150‑1 (MQ=60)
TAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGT > SRR13214404.1894056/1‑150 (MQ=60)
AGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTT > SRR13214404.1901818/1‑150 (MQ=60)
GATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTC > SRR13214404.2284616/1‑150 (MQ=60)
ATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGAATTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCC > SRR13214404.3921112/1‑150 (MQ=60)
TTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCG > SRR13214404.28861/1‑150 (MQ=60)
TCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTT > SRR13214404.3329223/1‑150 (MQ=60)
CAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTTT < SRR13214404.271215/150‑1 (MQ=60)
AAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTTTT > SRR13214404.1670712/1‑150 (MQ=60)
GAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAAGTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTTTTAT < SRR13214404.4292259/150‑1 (MQ=60)
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GAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTTTTAT > SRR13214404.4113318/1‑150 (MQ=60)
GAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTTTTAT < SRR13214404.4154425/150‑1 (MQ=60)
AGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTTTTATC < SRR13214404.72076/150‑1 (MQ=60)
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CTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTTTTATCCATTAAGGCAT < SRR13214404.544663/150‑1 (MQ=60)
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AACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTACAAGTGCTGCCAGGACTTGGAGAGTGCCGGTTTCATCAGTACAATCAATGACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTGCCCGTTTTATCCCTAAAGGCATActc > SRR13214404.2233728/1‑147 (MQ=60)
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AACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTTTTATCCATTAAGGCATATTTAATTGTATTTATTTTTTCTAGAGAAGTTC < SRR13214404.1550018/150‑1 (MQ=60)
ACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTTTTATCCATTAAGGCATATTTAATTGTATTTATTTTTTCTAGAGAAGTTCT < SRR13214404.1356388/150‑1 (MQ=60)
ACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTTTTATCCATTAAGGCATATTTAATTGTATTTATTTTTTCTAGAGAAGTTCT > SRR13214404.1957353/1‑150 (MQ=60)
ACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTTTTATCCATTAAGGCATATTTAATTGTATTTATTTTTTCTAGAGAAGTTCT > SRR13214404.1915238/1‑150 (MQ=60)
TTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTTTTATCCATTAAGGCATATTTAATTGTATTTATTTTTTCTAGAGAAGTTCTGT < SRR13214404.3509969/150‑1 (MQ=60)
TTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTTTTATCCATTAAGGCATATTTAATTGTATTTATTTTTTCTAGAGAAGTTCTGT > SRR13214404.1614092/1‑150 (MQ=60)
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CTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTTTTATCCATTAAGGCATATTTAATTGTATTTATTTTTTCTAGAGAAGTTCTGTTTT > SRR13214404.2733002/1‑150 (MQ=60)
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GTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTTTTATCCATTAAGGCATATTTAATTGTATTTATTTTTTCTAGAGAAGTTCTGTTTTGAATTA > SRR13214404.59249/1‑150 (MQ=60)
GCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTTTTATCCATTAAGGCATATTTAATTGTATTTATTTTTTCTAGAGAAGTTCTGTTTTGAATTAAT < SRR13214404.3525628/150‑1 (MQ=60)
TGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTTTTATCCATTAAGGCATATTTAATTGTATTTATTTTTTCTAGAGAAGTTCTGTTTTGCATTAATAA > SRR13214404.2343374/1‑150 (MQ=60)
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GAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTTTTATCCATTAAGGCATATTTAATTGTATTTATTTTTTCTAGAGAAGTTCTGTTTTGAATTAATAAACCATTTTTAGC > SRR13214404.931299/1‑150 (MQ=60)
AGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTTTTATCCATTAAGGCATATTTAATTGTATTTATTTTTTCTAGAGAAGTTCTGTTTTGAATTAATAAACCATTTTTAGCA > SRR13214404.171574/1‑150 (MQ=60)
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GAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTTTTATCCATTAAGGCATATTTAATTGTATTTATTTTTTCTAGAGAAGTTCTGTTTTGAATTAATAAACCATTTTTAGCAG > SRR13214404.435026/1‑150 (MQ=60)
GAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTTTTATCCATTAAGGCATATTTAATTGTATTTATTTTTTCTAGAGAAGTTCTGTTTTGAATTAATAAACCATTTTTAGCAG < SRR13214404.1270336/150‑1 (MQ=60)
GAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTTTTATCCATTAAGGCATATTTAATTGTATTTATTTTTTCTAGAGAAGTTCTGTTTTGAATTAATAAACCATTTTTAGCAG < SRR13214404.2374718/150‑1 (MQ=60)
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AGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATCCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTTTTATCCATTAAGGCATATTTAATTGTATTTATTTTTTCTAGAGAAGTTCTGTTTTGAATTAATAAACCATTTTTAGCAGAA > CP043523/480121‑480419
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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |