Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F83 I1 R1
|
393 |
530.9 |
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91.1% |
8588111 |
148.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 557 total aligned reads displayed.
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|
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GGTGACCAATCAACATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCT < SRR13214404.1597274/150‑1 (MQ=60)
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GACCAATCAACATAATGACAATTAAAGTTACCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTAC < SRR13214404.3714149/150‑1 (MQ=60)
CCAATCAACATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGG < SRR13214404.4721062/150‑1 (MQ=60)
NAATCAACATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGC > SRR13214404.512900/1‑150 (MQ=60)
CAATCAACATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGC > SRR13214404.1759202/1‑150 (MQ=60)
CAATCAACATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGC > SRR13214404.406155/1‑150 (MQ=60)
CAATCAACATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGC < SRR13214404.2999233/150‑1 (MQ=60)
AATCAACATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCT > SRR13214404.427964/1‑150 (MQ=60)
ATCAACATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTT > SRR13214404.781961/1‑150 (MQ=60)
ATCAACATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTT > SRR13214404.4511217/1‑150 (MQ=60)
ATCAACATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTT < SRR13214404.529950/150‑1 (MQ=60)
ATCAACATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTC > SRR13214404.3738505/1‑150 (MQ=60)
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CAACATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTT > SRR13214404.1484125/1‑150 (MQ=60)
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ACATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTA < SRR13214404.3593511/150‑1 (MQ=60)
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ATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAAT > SRR13214404.3899270/1‑150 (MQ=60)
ATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAAT > SRR13214404.2071977/1‑150 (MQ=60)
ATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGAATCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAAT < SRR13214404.4051474/150‑1 (MQ=60)
AATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTC > SRR13214404.818265/1‑150 (MQ=60)
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TGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCAC > SRR13214404.1290616/1‑150 (MQ=60)
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AATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTT > SRR13214404.3124533/1‑150 (MQ=60)
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TTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTG > SRR13214404.4229275/1‑150 (MQ=60)
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AAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCT < SRR13214404.2487289/150‑1 (MQ=60)
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CATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAA > SRR13214404.1187673/1‑150 (MQ=60)
ATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAG > SRR13214404.1740816/1‑150 (MQ=60)
TATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGA > SRR13214404.632862/1‑150 (MQ=60)
TATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGA > SRR13214404.1895401/1‑150 (MQ=60)
GTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGGACCGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAA < SRR13214404.4266897/150‑1 (MQ=60)
TCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAAT > SRR13214404.3025254/1‑150 (MQ=60)
TCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAAT < SRR13214404.4446822/150‑1 (MQ=60)
TACGTTAAGACTCATAAATGTGGCATAAACAGAATAAGCATGGGCAACGGTAATTCCCATTGTACTCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAAT < SRR13214404.4665446/150‑1 (MQ=60)
CCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATT > SRR13214404.2287748/1‑150 (MQ=60)
GTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGT < SRR13214404.4622711/150‑1 (MQ=60)
GTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGT > SRR13214404.2571190/1‑150 (MQ=60)
TTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTACAAAAAGGAGTCCCAGAGTATAGGAAGATAATTGTA > SRR13214404.1513585/1‑150 (MQ=60)
TTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTA > SRR13214404.4458381/1‑150 (MQ=60)
TAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTAC > SRR13214404.843324/1‑150 (MQ=60)
TAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTAC > SRR13214404.108326/1‑150 (MQ=60)
AAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACC > SRR13214404.973410/1‑150 (MQ=60)
AAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACC < SRR13214404.4598663/150‑1 (MQ=60)
GACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAA > SRR13214404.1397940/1‑150 (MQ=60)
GACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAA > SRR13214404.2221759/1‑150 (MQ=60)
GACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAA > SRR13214404.3058300/1‑150 (MQ=60)
ACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAG > SRR13214404.1577108/1‑150 (MQ=60)
CTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGG < SRR13214404.254665/150‑1 (MQ=60)
CTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGT < SRR13214404.3237438/150‑1 (MQ=60)
CATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTAT < SRR13214404.3852055/150‑1 (MQ=60)
AATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAG > SRR13214404.3977881/1‑150 (MQ=60)
AATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAG > SRR13214404.3454002/1‑150 (MQ=60)
TTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGGATAAGTT < SRR13214404.2507193/150‑1 (MQ=60)
TGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTG > SRR13214404.898462/1‑150 (MQ=60)
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GCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAA < SRR13214404.1044801/150‑1 (MQ=60)
CATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAA > SRR13214404.4108880/1‑150 (MQ=60)
GTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAAT < SRR13214404.1587603/150‑1 (MQ=60)
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ACAAGGCTTGCTAAATCTTTCAATGCATCGCCAGCACCCATGATTGCTTTCATCTCAATCAGGTGACCAATCAACATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAAT > CP043523/480927‑481225
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
