Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F83 I1 R1
|
393 |
530.9 |
9427126 |
91.1% |
8588111 |
148.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 585 total aligned reads displayed.
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|
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ATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATA > SRR13214404.1482774/1‑150 (MQ=60)
TGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGGATAA < SRR13214404.445102/150‑1 (MQ=60)
AATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAG > SRR13214404.3977881/1‑150 (MQ=60)
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ATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGT > SRR13214404.1191467/1‑150 (MQ=60)
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TCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAA > SRR13214404.4716229/1‑150 (MQ=60)
CATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAAT < SRR13214404.662048/150‑1 (MQ=60)
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ATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATG < SRR13214404.4363569/150‑1 (MQ=60)
ATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATG > SRR13214404.3302505/1‑150 (MQ=60)
ATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATG > SRR13214404.3478805/1‑150 (MQ=60)
TCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGA > SRR13214404.38675/1‑150 (MQ=60)
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CATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAG > SRR13214404.2043753/1‑150 (MQ=60)
ATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGT > SRR13214404.669509/1‑150 (MQ=60)
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TCTCCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATA < SRR13214404.2730690/150‑1 (MQ=60)
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AGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCAT > SRR13214404.3771496/1‑150 (MQ=60)
AGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATAT > SRR13214404.4005130/1‑150 (MQ=60)
AGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATAT > SRR13214404.3039036/1‑150 (MQ=60)
GTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATG < SRR13214404.345250/150‑1 (MQ=60)
TAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGC > SRR13214404.4467953/1‑150 (MQ=60)
TAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGC > SRR13214404.4669167/1‑150 (MQ=60)
TAAAAGAAGATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGC > SRR13214404.1253582/1‑150 (MQ=60)
AAAAGAAGATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCA > SRR13214404.3557221/1‑150 (MQ=60)
AAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCAT > SRR13214404.2233714/1‑150 (MQ=60)
AAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCAT > SRR13214404.1235823/1‑150 (MQ=60)
AAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCAT > SRR13214404.2574312/1‑150 (MQ=60)
AGAAGATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCA > SRR13214404.2012149/1‑150 (MQ=60)
GAAGATAATTGTACCAACGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCAT < SRR13214404.4535725/150‑1 (MQ=60)
AAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATG > SRR13214404.69535/1‑150 (MQ=60)
AAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATG < SRR13214404.1568632/150‑1 (MQ=60)
AGATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGT < SRR13214404.4314965/150‑1 (MQ=60)
TAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTC > SRR13214404.280217/1‑150 (MQ=60)
TAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTC > SRR13214404.4101409/1‑150 (MQ=60)
ATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCT < SRR13214404.2367036/150‑1 (MQ=60)
ATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCT > SRR13214404.4403102/1‑150 (MQ=60)
TGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCTCC < SRR13214404.3445309/150‑1 (MQ=60)
GTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCTCCA < SRR13214404.2807386/150‑1 (MQ=60)
TAGCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCTCCAT < SRR13214404.4059115/150‑1 (MQ=60)
ACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCTCCATG < SRR13214404.28496/150‑1 (MQ=60)
ACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCTCCATG < SRR13214404.1419138/150‑1 (MQ=60)
CCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCTCCATGA < SRR13214404.2388873/150‑1 (MQ=60)
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CCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCTCCATGA > SRR13214404.2290628/1‑150 (MQ=60)
AGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCTCCATGATTC > SRR13214404.85237/1‑150 (MQ=60)
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AGTATAAGTTGCAAAATGTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCTCCATGATTC < SRR13214404.4553781/150‑1 (MQ=60)
GTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCTCCATGATTCA < SRR13214404.488334/150‑1 (MQ=60)
GTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCTCCATGATTCA < SRR13214404.1738529/150‑1 (MQ=60)
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CTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCTCCATGATTCAT > CP043523/481062‑481360
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
