Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F250 I1 R1
|
466 |
525.0 |
9216842 |
90.5% |
8341242 |
150.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 549 total aligned reads displayed.
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|
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TGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAG > SRR13214403.4483217/1‑150 (MQ=60)
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GGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGC > SRR13214403.1478302/1‑150 (MQ=60)
GGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGC > SRR13214403.446536/1‑150 (MQ=60)
GGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGC < SRR13214403.2486927/150‑1 (MQ=60)
CTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGG < SRR13214403.4603421/150‑1 (MQ=60)
TTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGA > SRR13214403.2338858/1‑150 (MQ=60)
TTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGA < SRR13214403.798672/150‑1 (MQ=60)
TACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAA < SRR13214403.2083003/150‑1 (MQ=60)
TACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAA > SRR13214403.393049/1‑150 (MQ=60)
TACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAA > SRR13214403.3222573/1‑150 (MQ=60)
ACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAAT < SRR13214403.4208395/150‑1 (MQ=60)
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CGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATC > SRR13214403.1594635/1‑150 (MQ=60)
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GGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCA > SRR13214403.3607713/1‑150 (MQ=60)
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TTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTA > SRR13214403.2845431/1‑150 (MQ=60)
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TTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAA > SRR13214403.1175036/1‑150 (MQ=60)
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AATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATG < SRR13214403.1288951/150‑1 (MQ=60)
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TCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATA < SRR13214403.4253834/150‑1 (MQ=60)
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AAAAGAAGATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCA < SRR13214403.2004221/150‑1 (MQ=60)
AAAAGAAGATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCA > SRR13214403.617374/1‑150 (MQ=60)
AAAGAAGATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCAT > SRR13214403.3041174/1‑150 (MQ=60)
AAAGAAGATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCAT > SRR13214403.3974537/1‑150 (MQ=60)
AAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATC > SRR13214403.2925190/1‑150 (MQ=60)
AGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCA < SRR13214403.2991793/150‑1 (MQ=60)
AGAAGATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCA < SRR13214403.988783/150‑1 (MQ=60)
GAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCAT > SRR13214403.640788/1‑150 (MQ=60)
GAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCAT < SRR13214403.4576506/150‑1 (MQ=60)
AGATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGT < SRR13214403.3115413/150‑1 (MQ=60)
GATAATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTG > SRR13214403.3801773/1‑150 (MQ=60)
ATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGT < SRR13214403.42211/150‑1 (MQ=60)
ATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGT < SRR13214403.40453/150‑1 (MQ=60)
TAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTC < SRR13214403.3263213/150‑1 (MQ=60)
AATTGTACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCC > SRR13214403.716328/1‑150 (MQ=60)
ATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCT < SRR13214403.2878373/150‑1 (MQ=60)
TGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTCTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCTCC < SRR13214403.2305413/150‑1 (MQ=60)
TACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAGGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCTCCAT > SRR13214403.1087007/1‑150 (MQ=60)
TACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCTCCAT > SRR13214403.1915485/1‑150 (MQ=60)
TACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCTCCAT < SRR13214403.3671040/150‑1 (MQ=60)
ACCAAGGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCTCCATG < SRR13214403.504670/150‑1 (MQ=60)
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GTATAATTTGCAATATTTCATTTACGTGGAATTTAAGGATAGGAAAGCTAGCGATTGGTTAAATGAGTAGTAGCGAAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCTCCATGATTCA < SRR13214403.1106738/150‑1 (MQ=60)
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GGATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGAAGCGGAATCATTAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCTCCATGATTCA < SRR13214403.3548245/150‑1 (MQ=60)
TATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCTCCATGATTCAT < SRR13214403.1248409/150‑1 (MQ=60)
TATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCTCCATGATTCAT > SRR13214403.3962767/1‑150 (MQ=60)
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CTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAGTTGCAAAATTTCACTTCCGGGGAATTTAAGGATAGTAAAGCCAGCGATTGGTGAAATGAGTAGTAGCGGAATCATAAGAATGATAGCCACTTTGAGCTTTTTACTCATATCACCCATATGCATCATGTGTCCTCCATGATTCAT > CP043523/481062‑481360
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
