Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F83 I1 R1
|
393 |
530.9 |
9427126 |
91.1% |
8588111 |
148.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 569 total aligned reads displayed.
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|
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TTAAAAAGTGAAACAGCGATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAA > SRR13214404.4272309/1‑150 (MQ=60)
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TAAAAAGTGAAACAGTAATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAA < SRR13214404.1575940/150‑1 (MQ=60)
AAAAAGTGAAACAGCGATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAG > SRR13214404.2441245/1‑150 (MQ=60)
AAAAGTGAAACAGTAATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGG < SRR13214404.2871384/150‑1 (MQ=60)
AAAAGTGAAACAGCGATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGG > SRR13214404.240721/1‑150 (MQ=60)
AAGTGAAACAGTAATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGAT < SRR13214404.2756560/150‑1 (MQ=60)
AGTGAAACAGTAATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATT > SRR13214404.695025/1‑150 (MQ=60)
AGTGAAACAGTAATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATT > SRR13214404.3788898/1‑150 (MQ=60)
AGTGAAACAGTAATTTTTGAGTTTCTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATT < SRR13214404.1586768/150‑1 (MQ=60)
AGTGAAACAGCGATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACT > SRR13214404.1371117/1‑150 (MQ=60)
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AAACCTTCAATGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCT < SRR13214404.1653197/150‑1 (MQ=60)
AACCTTCAATGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTG > SRR13214404.407435/1‑150 (MQ=60)
AACCTTCAATGGCAGACCTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAatcta < SRR13214404.907636/150‑6 (MQ=60)
ACCTTCAATGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTAT < SRR13214404.1828388/150‑1 (MQ=60)
ACCTTCAATGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTAT > SRR13214404.4163271/1‑150 (MQ=60)
ACCTTCAATGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTAT < SRR13214404.228531/150‑1 (MQ=60)
CCTTCAATGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTC < SRR13214404.719048/150‑1 (MQ=60)
CCTTCAATGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTC < SRR13214404.2473454/150‑1 (MQ=60)
TTCAATGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCAT < SRR13214404.3477632/150‑1 (MQ=60)
TCAATGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCATA > SRR13214404.4625964/1‑150 (MQ=60)
TCAATGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATA < SRR13214404.2205056/150‑1 (MQ=60)
CAATGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATAT < SRR13214404.1418834/150‑1 (MQ=60)
ATGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCATATAT < SRR13214404.4374907/150‑1 (MQ=60)
ATGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCATATAT > SRR13214404.4482816/1‑150 (MQ=60)
ATGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATATAT > SRR13214404.3879550/1‑150 (MQ=60)
TGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCATATATT > SRR13214404.660078/1‑150 (MQ=60)
TGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCATATATT > SRR13214404.520923/1‑150 (MQ=60)
TGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATATATT < SRR13214404.2280651/150‑1 (MQ=60)
GGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTATATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCATATATTT < SRR13214404.4288163/150‑1 (MQ=60)
GGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCATATATTT < SRR13214404.2368724/150‑1 (MQ=60)
GGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATATATTT > SRR13214404.3776926/1‑150 (MQ=60)
GCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGGCTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATATATTTA < SRR13214404.4587693/150‑1 (MQ=60)
CAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATATATTTAC > SRR13214404.2106279/1‑150 (MQ=60)
CAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATATATTTAC < SRR13214404.1768529/150‑1 (MQ=60)
AGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCATATATTTGCC > SRR13214404.255302/1‑150 (MQ=60)
AGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCATATATTTGCC > SRR13214404.1289811/1‑150 (MQ=60)
AGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATATATTTACC > SRR13214404.191752/1‑150 (MQ=60)
ACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATATATTTACCTA > SRR13214404.1110380/1‑150 (MQ=60)
CTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATATATTTACCTAT > SRR13214404.3855687/1‑150 (MQ=60)
TTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCATATATTTGCCTATG > SRR13214404.831967/1‑150 (MQ=60)
TTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCATATATTTGCCTATG < SRR13214404.3012351/150‑1 (MQ=60)
TTTTTTAAAGTTAAATCACCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCATATATTTGCCTATG < SRR13214404.4526213/150‑1 (MQ=60)
TTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATATATTTACCTATG > SRR13214404.161008/1‑150 (MQ=60)
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GCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGTAATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCATATATTTGCCTATGAA > CP043523/839352‑839650
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
