Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F250 I1 R1
|
466 |
525.0 |
9216842 |
90.5% |
8341242 |
150.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 451 total aligned reads displayed.
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|
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CCTTCAATGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAATCGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATC < SRR13214403.2443314/150‑1 (MQ=60)
CCTTCAATGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATC < SRR13214403.1218183/150‑1 (MQ=60)
CCTTCAATGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCAATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATC < SRR13214403.2957632/150‑1 (MQ=60)
CTTCAATGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCA > SRR13214403.3995197/1‑150 (MQ=60)
CTTCAATGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCA > SRR13214403.3019191/1‑150 (MQ=60)
CTTCAATGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCA > SRR13214403.3899744/1‑150 (MQ=60)
CTTCAATGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCA < SRR13214403.676831/150‑1 (MQ=60)
TTCAATGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCAT < SRR13214403.1159384/150‑1 (MQ=60)
TTCAACGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCAT < SRR13214403.4577636/150‑1 (MQ=60)
CAATGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATAT > SRR13214403.2988343/1‑150 (MQ=60)
AATGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCATATA > SRR13214403.2423006/1‑150 (MQ=60)
AATGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATATA > SRR13214403.1329759/1‑150 (MQ=60)
AATGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTGAAAACGATGTTGCCCCAAAACAAATAATCTATCATATA > SRR13214403.3909942/1‑150 (MQ=60)
ATGGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATATAT < SRR13214403.3066200/150‑1 (MQ=60)
TGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAGTAGTCTGTCATATATT > SRR13214403.3709143/1‑150 (MQ=60)
GGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCATATATTT > SRR13214403.3381386/1‑150 (MQ=60)
GGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCATATATTT > SRR13214403.3379801/1‑150 (MQ=60)
GGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATATATTT < SRR13214403.2943114/150‑1 (MQ=60)
GGCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATATATTT < SRR13214403.1726649/150‑1 (MQ=60)
GCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATATATTTA < SRR13214403.1694612/150‑1 (MQ=60)
GCAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATATATTTA > SRR13214403.949822/1‑150 (MQ=60)
CAGACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATATATTTAC > SRR13214403.2562689/1‑150 (MQ=60)
AGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCATATATTTGCC < SRR13214403.2519851/150‑1 (MQ=60)
GACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCATATATTTGCCT < SRR13214403.2485783/150‑1 (MQ=60)
GACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCATATATTTGCCT > SRR13214403.2207051/1‑150 (MQ=60)
GACTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATATATTTACCT < SRR13214403.2537818/150‑1 (MQ=60)
CTTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATATATTTACCTAT > SRR13214403.474644/1‑150 (MQ=60)
TTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCATATATTTGCCTATG > SRR13214403.1056408/1‑150 (MQ=60)
TTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATATATTTACCTATG < SRR13214403.1188468/150‑1 (MQ=60)
TTCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATATATTTACCTATG > SRR13214403.4170051/1‑150 (MQ=60)
TCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATATATTTACCTATGA < SRR13214403.3532225/150‑1 (MQ=60)
TCTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTCGAGGATAAAAAAGGACTACAATCAAGGCGATAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAATCTATCATATATTTACCTATGA < SRR13214403.2087809/150‑1 (MQ=60)
TTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCATATATTTGCCTATGAA > SRR13214403.57351/1‑150 (MQ=60)
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GCTTTTTGTGCCACTTCAACTCTAGGAATAATCTCACCTTTTATATCAATTTTTATCTTATTTTTAAAAAGTGAAACAGTAATTTTTGAGTTTTTAAGGTAATCATTTTCTTTTACTTTTTCACCTACAAAACCTTCAATGGCAGACTTTTTTAAAGTTAAATCTCCATTATTTGAAGTGAGTTGTACATCCATATAGGTTAGAGGGTAAAAAAGGATTACAATCAAGGCGAGAATTAATATGACTGTTAAAACGATGTTCCCCCAAAACAAATAGTCTGTCATATATTTGCCTATGAA > CP043523/839352‑839650
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
