Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F83 I1 R1
|
393 |
530.9 |
9427126 |
91.1% |
8588111 |
148.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 625 total aligned reads displayed.
TCCTCTTCAATTACATCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTA > CP043523/1707622‑1707919
|
TCCTCTTCAATTACATCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTC > SRR13214404.644390/1‑150 (MQ=60)
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CCTCTTCAATTACATCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCA > SRR13214404.504524/1‑150 (MQ=60)
TCTTCAATTACATCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAA < SRR13214404.3518528/150‑1 (MQ=60)
CTTCAATTACATCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAA > SRR13214404.1195397/1‑150 (MQ=60)
CTTCAATTACATCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAA < SRR13214404.737061/150‑1 (MQ=60)
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AATTACATCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTA > SRR13214404.3737841/1‑150 (MQ=60)
AATTACATCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTA > SRR13214404.4155721/1‑150 (MQ=60)
TTACATCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAAT < SRR13214404.3614623/150‑1 (MQ=60)
TTACATCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAAT > SRR13214404.3317959/1‑150 (MQ=60)
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TACATCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATC > SRR13214404.2221520/1‑150 (MQ=60)
CATCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCAT > SRR13214404.2865879/1‑150 (MQ=60)
ATCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATtagt > SRR13214404.1132287/1‑146 (MQ=60)
TCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTG < SRR13214404.3155642/150‑1 (MQ=60)
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CATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGC < SRR13214404.4372288/150‑1 (MQ=60)
ATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCG < SRR13214404.2133080/150‑1 (MQ=60)
TCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGT > SRR13214404.2486548/1‑150 (MQ=60)
CTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCCCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTC < SRR13214404.2936126/150‑1 (MQ=60)
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TATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCT > SRR13214404.2305415/1‑150 (MQ=60)
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TAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTT > SRR13214404.1279772/1‑150 (MQ=60)
AGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTC < SRR13214404.2370246/150‑1 (MQ=60)
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TTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTA < SRR13214404.1670513/150‑1 (MQ=60)
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TCCTCTTCAATTACATCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTA > CP043523/1707622‑1707919
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |