Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F83 I1 R1
|
393 |
530.9 |
9427126 |
91.1% |
8588111 |
148.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 637 total aligned reads displayed.
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|
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CAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAAcc < SRR13214404.2576911/150‑3 (MQ=60)
CAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAAcc < SRR13214404.4600817/150‑3 (MQ=60)
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TATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAA < SRR13214404.1897701/150‑1 (MQ=60)
ATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAAcccgaa < SRR13214404.2029176/150‑7 (MQ=60)
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AATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAAcccgaattgctagttgattatttagccatgactatgattatatatcgcgatatcacatt > SRR13214404.3996340/1‑91 (MQ=60)
ATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAA < SRR13214404.239077/150‑1 (MQ=60)
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TTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTCCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTA > SRR13214404.4149301/1‑150 (MQ=60)
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TGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATT < SRR13214404.85385/150‑1 (MQ=60)
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TAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATTTT < SRR13214404.1621330/150‑1 (MQ=60)
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CATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATTTTATTC < SRR13214404.2344015/150‑1 (MQ=60)
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TTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATTTTATTCTG > SRR13214404.92254/1‑150 (MQ=60)
GTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAAcccgaattgctagttgattatttagccatgactatgattatatatcgcgatatcacatttaagttacaaaagaaacctatagatta > SRR13214404.2739327/1‑64 (MQ=60)
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CATCATCTATTTTATCAAATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATTTTATTCTG > CP043523/1707635‑1707933
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |