Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F83 I1 R1
|
393 |
530.9 |
9427126 |
91.1% |
8588111 |
148.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 655 total aligned reads displayed.
AATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATTTTATTCTGTATTTTCAGGAAAGGAA > CP043523/1707652‑1707950
|
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TTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTT < SRR13214404.1109444/150‑1 (MQ=60)
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CGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTTCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTTGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTCAAAACGTAATTAGTGCGTCTTAAATCAGATTTTTTC < SRR13214404.3324187/150‑1 (MQ=60)
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GACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATTTTATTCTGTATTTTCAGGAAAGG < SRR13214404.3194835/150‑1 (MQ=60)
ATTTTTTCTCTAAATTCTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAAcccgaattgctagttgattatttagccatgactatgattatatatcgcgatatcacatttaagttacaaaagaaacctatagattattatttcgtaacattt < SRR13214404.3917461/150‑103 (MQ=60)
ACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATTTTATTCTGTATTTTCAGGAAAGGA < SRR13214404.4106947/150‑1 (MQ=60)
ACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATTTTATTCTGTATTTTCAGGAAAGGA > SRR13214404.4136390/1‑150 (MQ=60)
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AATTCTCGGAAATGACACAATATATAGGTTAAATTATGTAAACACACACAATATCTTGTGTTGCTTGTTTTCATTCCCTTTTCTCAATTTCGCAAAGCAAAATATAATCTCTTTGTATTTAAAATGTAATCATTGCGTCTTAAATCAGACTTTTTCTCTAAATTTTCACATTTTCTAGCCAATATAAAACATTAAATAAAAAACGTTTACAAACCGCCACATAATTGTCATCTTTTTCTTCCATTAACCGTGGTAAAATAGGGTAGTACTTATTTTATTCTGTATTTTCAGGAAAGGAA > CP043523/1707652‑1707950
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
