Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F83 I1 R1
|
393 |
530.9 |
9427126 |
91.1% |
8588111 |
148.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 218 total aligned reads displayed.
AATTTTAGTTTAACACCTTAATTATGCTGATATCCTCCGTAAACCTTAAATTTCAAGCAATACCGAAAAACCGAAGAGCTTTCCATTTCTTCGGTTC‑TTTTTGTATATGCCTCGAATAGTCTCCATGCCCTTTATCGTGGTTGAGGCAGTACGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCTATTAGATTGTTAA > CP043523/1882348‑1882565
|
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AGCCGAAGAGCGTTCCATTTCTTCGGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTAATAGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAA > SRR13214404.2322860/1‑150 (MQ=2)
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AATTTTAGTTTAACACCTTAATTATGCTGATATCCTCCGTAAACCTTAAATTTCAAGCAATACCGAAAAACCGAAGAGCTTTCCATTTCTTCGGTTC‑TTTTTGTATATGCCTCGAATAGTCTCCATGCCCTTTATCGTGGTTGAGGCAGTACGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCTATTAGATTGTTAA > CP043523/1882348‑1882565
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
