Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F83 I1 R1
|
393 |
530.9 |
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91.1% |
8588111 |
148.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 365 total aligned reads displayed.
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|
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ATTTCTTCGGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCaatgaggttattgagatacttcgcggttcg > SRR13214404.611150/1‑120 (MQ=60)
ATTTCTTCGGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAAGGGTCTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCG > SRR13214404.1385144/1‑150 (MQ=0)
TTCTTCGGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGAT > SRR13214404.2659398/1‑150 (MQ=60)
TTCTTCGGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGAT < SRR13214404.752472/150‑1 (MQ=60)
TTCTTCGGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGAT < SRR13214404.932901/150‑1 (MQ=60)
TCTTCGGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTACACTTCGATAAAATTTATTTCGACGTTTGATTGGCCGATGGTCccgctcactgcggataatacaattctccactaatccaat > SRR13214404.3356023/1‑111 (MQ=57)
TTCGGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCT < SRR13214404.2554914/150‑1 (MQ=60)
TCGGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGTTCTATTAAATTGTTAAGATACTTCACAGTTCGGTGCTC > SRR13214404.4719574/1‑150 (MQ=16)
TCGGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTC < SRR13214404.4506718/150‑1 (MQ=60)
CGGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCT > SRR13214404.4319775/1‑150 (MQ=60)
CGGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCT < SRR13214404.4120252/150‑1 (MQ=60)
GGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTG > SRR13214404.1725225/1‑150 (MQ=60)
GGTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTG > SRR13214404.3582175/1‑150 (MQ=60)
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GTTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGT > SRR13214404.4397457/1‑150 (MQ=60)
TTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTC > SRR13214404.914980/1‑150 (MQ=60)
TTC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTC > SRR13214404.146772/1‑150 (MQ=60)
TC‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCT > SRR13214404.3402133/1‑150 (MQ=60)
C‑TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTT < SRR13214404.2697368/150‑1 (MQ=60)
TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTA > SRR13214404.4282526/1‑150 (MQ=60)
TTTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTA > SRR13214404.3591045/1‑150 (MQ=60)
TTTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTgga < SRR13214404.50298/150‑4 (MQ=60)
TTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGT < SRR13214404.2349040/150‑1 (MQ=60)
TTTGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGT > SRR13214404.1242999/1‑150 (MQ=60)
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TGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTAT < SRR13214404.1264594/150‑1 (MQ=60)
TGTATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTAT > SRR13214404.1857857/1‑150 (MQ=60)
TATATTCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGATGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATAT > SRR13214404.700945/1‑150 (MQ=60)
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TCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAacc < SRR13214404.1254999/150‑4 (MQ=60)
TCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAacc > SRR13214404.3121137/1‑147 (MQ=60)
TCCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAacc > SRR13214404.1422536/1‑147 (MQ=60)
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CCTCGAATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAaccg > SRR13214404.3875507/1‑146 (MQ=60)
AATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAaccgttact > SRR13214404.1569176/1‑141 (MQ=60)
ATTGTTTCCATGCCCTTAATCGTGGTTGAGGCAGTTCGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCAATGAGGTTATTGAGATACTTCGCGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAAaccgttactc < SRR13214404.586003/150‑11 (MQ=60)
|
AATTTTAGTTTAACACCTTAATTATGCTGATATCCTCCGTAAACCTTAAATTTCAAGCAATACCGAAAAACCGAAGAGCTTTCCATTTCTTCGGTTC‑TTTTTGTATATGCCTCGAATAGTCTCCATGCCCTTTATCGTGGTTGAGGCAGTACGTAGACTTCGATAAAATTTATTGCGTCGTTTGATTGGTCGATGGTCTTGCTCTATTAGATTGTTAAGGTATTTCACGGTTCGATGCTCTGTCTTAGTATATAATTCATTACTC > CP043523/1882348‑1882612
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
