Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
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A1 F83 I1 R1
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393 |
530.9 |
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91.1% |
8588111 |
148.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 284 total aligned reads displayed.
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|
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gaccccattcaatcctcttaattcttttaactcgtcataaagcggatagacgttcttttgcaaacctTGGAGCTATACTATAAAAGTGGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTC < SRR13214404.3572953/83‑1 (MQ=60)
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accccattcaatcctcttaattcttttaactcgtcataaagcggatagacgttcttttgcaaacctTGGAGCTATACTATAAAAGTGGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTATATGTCA > SRR13214404.472557/67‑150 (MQ=60)
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aacctTGGAGCTATACTATAAAAGTGGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTA > SRR13214404.1802608/6‑150 (MQ=60)
cctTGGAGCTATACTATAAAAGTGGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAA > SRR13214404.250059/4‑150 (MQ=60)
T‑‑TGGAGCTATACTATAAAAGTGGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAAC < SRR13214404.69971/150‑1 (MQ=60)
ctTGGAGCTATACTATAAAAGTGGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAA > SRR13214404.459311/3‑150 (MQ=60)
TGGAGCTATACTATAAAAGTGGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACA > SRR13214404.968003/1‑150 (MQ=60)
TGGAGCTATACTATAAAAGTGGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACA < SRR13214404.378190/150‑1 (MQ=60)
GCTATACTATAAAAGTGGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAA > SRR13214404.4548288/1‑150 (MQ=60)
TATACTATAAAAGTGGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACT < SRR13214404.138053/150‑1 (MQ=60)
TATACTATAAAAGTGGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACT > SRR13214404.2294695/1‑150 (MQ=60)
TACTATAAAAGTGGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGA > SRR13214404.1242190/1‑150 (MQ=60)
TACTATAAAAGTGGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGA > SRR13214404.1317878/1‑150 (MQ=60)
CTATAAAAGTGGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAAC > SRR13214404.4174216/1‑150 (MQ=60)
TATAAAAGTGGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACT < SRR13214404.1486250/150‑1 (MQ=60)
ATAAAAGTGGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTC > SRR13214404.3248071/1‑150 (MQ=60)
TAAAAGTGGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCT < SRR13214404.4573414/150‑1 (MQ=60)
AAAAGTGGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCTG > SRR13214404.4596114/1‑150 (MQ=60)
AAAGCGGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCTGT < SRR13214404.3855309/150‑1 (MQ=60)
AAGTGGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCTGTA < SRR13214404.1452614/150‑1 (MQ=60)
AGTGGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCTGTAA > SRR13214404.1123743/1‑150 (MQ=60)
AGTGGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCTGTAA < SRR13214404.742677/150‑1 (MQ=60)
TGGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCTGTAAAG > SRR13214404.4537352/1‑150 (MQ=60)
TGGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCTGTAAAG > SRR13214404.2682369/1‑150 (MQ=60)
GGACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCTGTAAAGA > SRR13214404.2765692/1‑150 (MQ=60)
GACAGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCTGTAAAGAT > SRR13214404.2112987/1‑150 (MQ=60)
AGAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCTGTAAAGATTAT < SRR13214404.1808044/150‑1 (MQ=60)
GAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCTGTAAAGATTATG < SRR13214404.68233/150‑1 (MQ=60)
GAAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCTGTAAAGATTATG < SRR13214404.320203/150‑1 (MQ=60)
AAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCTGTAAAGATTATGG < SRR13214404.2312628/150‑1 (MQ=60)
AAAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCTGTAAAGATTATGG < SRR13214404.1831017/150‑1 (MQ=60)
AAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCTGTAAAGATTATGGG > SRR13214404.1885831/1‑150 (MQ=60)
AAATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCTGTAAAGATTATGGG > SRR13214404.3398529/1‑150 (MQ=60)
AATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCTGTAAAGATTATGGGG < SRR13214404.2858456/150‑1 (MQ=60)
AATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCTGTAAAGATTATGGGG > SRR13214404.3137987/1‑150 (MQ=60)
AATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCTGTAAAGATTATGGGG < SRR13214404.1995663/150‑1 (MQ=60)
ATTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCTGTAAAGATTATGGGGT > SRR13214404.2301205/1‑150 (MQ=60)
TTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCTGTAAAGATTATGGGGTA < SRR13214404.2545822/150‑1 (MQ=60)
TTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCTGTAAAGATTATGGGGTA > SRR13214404.2205021/1‑150 (MQ=60)
TTGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCTGTAAAGATTATGGGGTA > SRR13214404.468511/1‑150 (MQ=60)
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TTATCCGTGACAATTACTCTAGGTTCAACAAACTGCTTATGTAGTCGTTTCAAGAATGCATAAGCCGCTTGAGTATCCCGTTTCTTTCGTAACCAGATATCTAAAGTCAATCCAAAC‑‑TGGAGCTATACTATAAAAGTGGACAGAAAAATGTGTGTTATAATCTGTCTATTAAGACACAAAAATGAAAGGACTTTTATGTCAGGTTTTAAACGTTACGACGAGGATTTCAAACAATCGCTCGTTAATCTCTATCAAACTGGTAAAACACAAACTGAACTCTGTAAAGATTATGGGGTA > CP043523/1882649‑1882945
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
