Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F83 I1 R1
|
393 |
530.9 |
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91.1% |
8588111 |
148.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 311 total aligned reads displayed.
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|
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AAACTGATATTTTTGATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATC < SRR13214404.254090/150‑1 (MQ=60)
AACTGATATTTTTGATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCC < SRR13214404.657260/150‑1 (MQ=60)
AACTGATATTTTTGATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCC > SRR13214404.453570/1‑150 (MQ=60)
CTGATATTTTTGATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTC > SRR13214404.1939128/1‑150 (MQ=60)
CTGATATTTTTGATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTC > SRR13214404.1173133/1‑150 (MQ=60)
TGATATTTTTGATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCT < SRR13214404.2001773/150‑1 (MQ=60)
TGATATTTTTGATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCT > SRR13214404.3795799/1‑150 (MQ=60)
TGATATTTTTGATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAAGTTAAATCCTCT > SRR13214404.3838758/1‑150 (MQ=60)
GATATTTTTGATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTG < SRR13214404.1046184/150‑1 (MQ=60)
GATATTTTTGATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTG < SRR13214404.4277803/150‑1 (MQ=60)
TATTTTTGATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGAC < SRR13214404.1845403/150‑1 (MQ=60)
TATTTTTGATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGAC > SRR13214404.3894902/1‑150 (MQ=60)
TATTTTTGATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGAC > SRR13214404.1195290/1‑150 (MQ=60)
ATTTTTGATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACC > SRR13214404.4142746/1‑150 (MQ=60)
TTTTGATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCAC < SRR13214404.1296501/150‑1 (MQ=60)
TTGATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTT < SRR13214404.4551812/150‑1 (MQ=60)
TGATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTC > SRR13214404.2080107/1‑150 (MQ=60)
ATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTC > SRR13214404.352416/1‑150 (MQ=60)
TTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTT < SRR13214404.4068261/150‑1 (MQ=60)
AGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTG < SRR13214404.2029085/150‑1 (MQ=60)
AGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTG > SRR13214404.1077215/1‑150 (MQ=60)
GGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTGTGTC < SRR13214404.2269311/150‑1 (MQ=60)
GAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTGTGTCA > SRR13214404.1217706/1‑150 (MQ=60)
GAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTGTGTCA > SRR13214404.4355808/1‑150 (MQ=60)
GAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTGTGTCA > SRR13214404.4733851/1‑150 (MQ=60)
AACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTGTGTCAT > SRR13214404.506965/1‑150 (MQ=60)
CTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTGTGTCATGA > SRR13214404.2200852/1‑150 (MQ=60)
TATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTGTGTCATGAG < SRR13214404.66784/150‑1 (MQ=60)
TATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTGTGTCATGAG > SRR13214404.32695/1‑150 (MQ=60)
TATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTGTGTCATGAG > SRR13214404.1980685/1‑150 (MQ=60)
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TTTTTTCTCCTCGTTCACTTTCAAATGATAATATGCTTAACTCTATTATAACAATAACATTTTATCAGTTTTAATGTTTTTTTTATTGTTTTTCACTCTAAAAAAAGATATAATATCAGTAAAACTGATATTTTTGATTTAGGAGGAACAATGGAACAATTAAAATTAAATCAATACTTTGACTATTCCCTTGAGCCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTGTGTCATGAG > CP043523/1884169‑1884467
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
