Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F250 I1 R1
|
466 |
525.0 |
9216842 |
90.5% |
8341242 |
150.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 278 total aligned reads displayed.
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|
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TTTGATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACT < SRR13214403.800037/150‑1 (MQ=60)
TTGATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTT < SRR13214403.1525600/150‑1 (MQ=60)
TTGATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTT < SRR13214403.562314/150‑1 (MQ=60)
TGATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTC > SRR13214403.1520219/1‑150 (MQ=60)
GATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCT > SRR13214403.1992805/1‑150 (MQ=60)
GATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCT > SRR13214403.1825405/1‑150 (MQ=60)
GATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCT > SRR13214403.1995754/1‑150 (MQ=60)
GATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCT > SRR13214403.2320865/1‑150 (MQ=60)
GATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCT > SRR13214403.1705180/1‑150 (MQ=60)
GATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCT < SRR13214403.1136258/150‑1 (MQ=60)
GATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCT > SRR13214403.1825632/1‑150 (MQ=60)
GATTCAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGATCCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCT < SRR13214403.3505602/150‑1 (MQ=60)
ATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTC < SRR13214403.2044698/150‑1 (MQ=60)
ATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTC > SRR13214403.3611734/1‑150 (MQ=60)
ATTTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTC < SRR13214403.2378421/150‑1 (MQ=60)
TTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTT < SRR13214403.327474/150‑1 (MQ=60)
TTAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTT < SRR13214403.327240/150‑1 (MQ=60)
TAGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTT < SRR13214403.4353180/150‑1 (MQ=60)
AGGAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTG > SRR13214403.2013673/1‑150 (MQ=60)
GAGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTGTG > SRR13214403.2638428/1‑150 (MQ=60)
AGGAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTGTGT > SRR13214403.2944463/1‑150 (MQ=60)
GAACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTGTGTCA > SRR13214403.4152417/1‑150 (MQ=60)
AACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTGTGTCAT > SRR13214403.1020622/1‑150 (MQ=60)
AACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTGTGTCAT > SRR13214403.1957264/1‑150 (MQ=60)
AACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTGTGTCAT < SRR13214403.4470513/150‑1 (MQ=60)
AACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTGTGTCAT > SRR13214403.3598887/1‑150 (MQ=60)
ACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTGTGTCATG > SRR13214403.3418258/1‑150 (MQ=60)
ACTATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTGTGTCATG > SRR13214403.3418710/1‑150 (MQ=60)
TATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTGTGTCATGAG > SRR13214403.2335250/1‑150 (MQ=60)
TATGGAACAATTAAAATTAAATAAATACTTTGACTACTCGCTTGAACCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTGTGTCATGAG < SRR13214403.1291795/150‑1 (MQ=60)
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TTTTTCTCCTCGTTCACTTTCAAATGATAATATGCTTAACTCTATTATAACAATAACATTTTATCAGTTTTAATGTTT‑TTTTTATTGTTTTTCACTCTAAAAAAAGATATAATATCAGTAAAACTGATATTTTTGATTTAGGAGGAACAATGGAACAATTAAAATTAAATCAATACTTTGACTATTCCCTTGAGCCACGTCGTGCCATCCTCTTTCAAGATGTCAAGTCTAATTATGCTTCAATTGAATGCGTTCAGCGAAATTTAAATCCTCTGACCACTTCTCTTTGTGTCATGAG > CP043523/1884170‑1884467
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
