Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F250 I1 R1
|
466 |
525.0 |
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90.5% |
8341242 |
150.0 |
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N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 585 total aligned reads displayed.
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|
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ACACTGGCGTGAGGTGCTTAATGAAAATAATGCTTATAAATTAAATGGCAAACCTTTGTCTGATGTTGAATTTGGCTTAGTGATTCAAGAAGTTCAGAGGATTAAAACGCCTTATGATGATCAACTTTTATTGGTAGGGGAAGGGGGTGT > SRR13214403.2950736/1‑150 (MQ=60)
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CTTAATGAAAATAATGCTTATAAATTAAATGGCAAACCTTTGTCTGATGTTGAATTTGGCTTAGTGATGCAAGAAGTTCAAAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATAGGTAGGGGCAGGAGGTGTCGGCTCTATTCCTATA > SRR13214403.4034811/1‑150 (MQ=60)
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TAATGAAAATAATGCTTATAAATTAAATGGCAAACCTTTGTCTGATGTTGAATTTGGCTTAGTGATTCAAGAAGTTCAGAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGGGGTGTCGGCTCTATTCCTATAAC > SRR13214403.1019806/1‑150 (MQ=60)
AATGAAAATAATGCTTATAAATTAAATGGCAAACCTTTGTCTGATGTTGAATTTGGCTTAGTGATTCAAGAAGTTCAGAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGGGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACA > SRR13214403.2872756/1‑150 (MQ=60)
ATGAAAATAATGCTTATAAATTAAATGGCAAACCTTTGTCTGATGTTGAATTTGGCTTAGTGATTCAAGAAGTTCAGAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGGGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACAC < SRR13214403.4366641/150‑1 (MQ=60)
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ATAATGCTTATAAATTAAATGGCAAACCTTTGTCTGATGTTGAATTTGGCTTAGTGATGCAAGAAGTTCAAAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGAGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATG > SRR13214403.143308/1‑150 (MQ=60)
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CAAACCTTTGTCTGATGTTGAATTTGGCTTAGTGATGCAAGAAGTTCAAAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGAGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAGA > SRR13214403.3395475/1‑150 (MQ=60)
CAAACCTTTGTCTGATGTTGAATTTGGCTTAGTGATGCAAGAAGTTCAAAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGAGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAGA < SRR13214403.4541369/150‑1 (MQ=60)
ACCTTTGTCTGATGTTGAATTTGGCTTAGTGATTCAAGAAGTTCAGAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGGGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAtggac < SRR13214403.3120046/150‑6 (MQ=60)
CCTTTGTCTGATGTTGAATTTGGCTTAGTGATTCAAGAAGTTCAGAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGGGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAtggacc > SRR13214403.514178/1‑144 (MQ=60)
CTTTGTCTGATGTTGAATTTGGCTTAGTGATGCAAGAAGTTCAAAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGAGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAGAGATTT < SRR13214403.54950/150‑1 (MQ=60)
TTGTCTGATGTTGAATTTGGCTTAGTGATTCAAGAAGTTCAGAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGGGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAtggaccaat < SRR13214403.1535236/150‑10 (MQ=60)
TGTCTGATGTTGAATTTGGCTTAGTGATTCAAGAAGTTCAGAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGGGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAtggaccaatg > SRR13214403.705288/1‑140 (MQ=60)
GTCTGATGTTGAATTTGGCTTAGTGATGCAAGAAGTTCAAAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGAGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAGAGATTTTTTA > SRR13214403.3697113/1‑150 (MQ=60)
TCTGATGTTGAATTTGGCTTAGTGATTCAAGAAGTTCAGAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGGGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAtggaccaatgtc > SRR13214403.11042/1‑138 (MQ=60)
TCTGATGTTGAATTTGGCTTAGTGATTCAAGAAGTTCAGAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGGGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAtggaccaatgtc < SRR13214403.315223/150‑13 (MQ=60)
TCTGATGTTGAATTTGGCTTAGTGATGCAAGAAGTTCAAAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGAGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAGAGATTTTTTAT < SRR13214403.2296485/150‑1 (MQ=60)
TCTGATGTTGAATTTGGCTTAGTGATGCAAGAAGTTCAAAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGAGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAGAGATTTTTTAT > SRR13214403.1938820/1‑150 (MQ=60)
CTGATGTTGAATTTGGCTTAGTGATTCAAGAAGTTCAGAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGGGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAtggaccaatgtca < SRR13214403.4084594/150‑14 (MQ=60)
ATGTTGAATTTGGCTTAGTGATTCAAGAAGTTCAGAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGGGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAtggaccaatgtcaaat < SRR13214403.1442644/150‑17 (MQ=60)
ATGTTGAATTTGGCTTAGTGATGCAAGAAGTTCAAAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGAGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAGAGATTTTTTATGAAG > SRR13214403.4251602/1‑150 (MQ=60)
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TGTTGAATTTGGCTTAGTGATGCAAGAAGTTCAAAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGAGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAGAGATTTTTTATGAAGA < SRR13214403.3055777/150‑1 (MQ=60)
GTTGAATTTGGCTTAGTGATTCAAGAAGTTCAGAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGGGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAtggaccaatgtcaaatat > SRR13214403.2167821/1‑132 (MQ=60)
TGAATTTGGCTTAGTGATTCAAGAAGTTCAGAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGGGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAtggaccaatgtcaaatattt > SRR13214403.4189642/1‑130 (MQ=60)
TGAATTTGGCTTAGTGATTCAAGAAGTTCAGAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGGGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAtggaccaatgtcaaatattt < SRR13214403.3024764/150‑21 (MQ=60)
GAATTTGGCTTAGTGATTCAAGAAGTTCAGAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGGGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAtggaccaatgtcaaatattta < SRR13214403.2085441/150‑22 (MQ=60)
GAATTTGGCTTAGTGATTCAAGAAGTTCAGAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGGGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAtggaccaatgtcaaatattta < SRR13214403.2571010/150‑22 (MQ=60)
AATTTGGCTTAGTGATTCAAGAAGTTCAGAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGGGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAtggaccaatgtcaaatatttag > SRR13214403.205796/1‑128 (MQ=60)
AATTTGGCTTAGTGATGCAAGAAGTTCAAAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGTGCAGGAGGTGGCGGGTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAGAGATTTTTTATGAAGATGATG > SRR13214403.4471071/1‑150 (MQ=60)
TTTGGCTTAGTGATGCAAGAAGTTCAAAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGAGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAGAGATTTTTTATGAAGATGATGTG > SRR13214403.753812/1‑150 (MQ=60)
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GGCTTAGTGATTCAAGAAGTTCAGAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGGGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAtggaccaatgtcaaatatttagacaca > SRR13214403.2093573/1‑123 (MQ=60)
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GCTTAGTGATGCAAGAAGTTCAAAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGAGGTGTCGGCTCTATTCCGATAACACGAGATGACGGCTCTAACTCAGAAGTAGAGATTTTTTATGAAGATGATGTGGCTG < SRR13214403.2594086/150‑1 (MQ=60)
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TTAGTGATGCAAGAAGTTCAAAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGAGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAGAGATTTTTTATGAAGATGATGTGGCTGGT > SRR13214403.525607/1‑150 (MQ=60)
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GATTCAAGAAGTTCAGAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGGGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAtggaccaatgtcaaatatttagacacaaaatgagc < SRR13214403.456978/150‑36 (MQ=60)
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TGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGAGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAGAGATTTTTTATGAAGATGATGTGGCTGGTGGTCGGTCACGCTATGAAGTCGTCAGCCAAGTGATTTTTGA > SRR13214403.3218183/1‑150 (MQ=60)
CTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGAGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAGAGATTTTTTATGAAGATGATGTGGCTGGTGGTCGGTCACGCTATGAAGTCGTCAGCCAAGTGATTTTTGATG > SRR13214403.1589297/1‑150 (MQ=60)
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GAGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAGAGATTTTTTATGAAGATGATGTGGCTGGTGGTCGGTCACGCTATGAAGTCGTCAGCCAAGTGATTTTTGATGAGCTCCCTCATGGACTAGCGAGCA > SRR13214403.2407545/1‑150 (MQ=60)
AGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAGAGATTTTTTATGAAGATGATGTGGCTGGTGGTCGGTCACGCTATGAAGTCGTCAGCCAAGTGATTTTTGATGAGCTCCCTCATCGACTAGCGAGCAA > SRR13214403.411138/1‑150 (MQ=60)
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GAGGGACACTGGCGTGAGGTGCTTAATGAAAATAATGCTTATAAATTAAATGGCAAACCTTTGTCTGATGTTGAATTTGGCTTAGTGATGCAAGAAGTTCAAAGGATTAAAACGCCTTATGATGCTCAACTTTTATTGGTAGGGGCAGGAGGTGTCGGCTCTATTCCTATAACACGAGATGACGGCTCTAACTTAGAAGTAGAGATTTTTTATGAAGATGATGTGGCTGGTGGTCGGTCACGCTATGAAGTCGTCAGCCAAGTGATTTTTGATGAGCTCCCTCATGGACTAGCGAGCAA > CP043523/249063‑249361
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |