Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F250 I1 R1
|
466 |
525.0 |
9216842 |
90.5% |
8341242 |
150.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 562 total aligned reads displayed.
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|
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TTTGGTACTCTTTCACAATTTCTGCTTTATCTTCAGGTTTTAATTCCGCTCTAAATTCGGGAATATTTAGTGCACTAGCAATTTTTTGAGCAGTTTCTTTATTATCACCCGTGAGCATAACAGGGGTAATTCCTTGGGCTAATAAACCAT < SRR13214403.4472786/150‑1 (MQ=60)
TTGGTACTCTTTCACAATTTCTGCTTTATCTTCAGGTTTTAATTCCGCTCTAAATTCGGGAATATTTAGTGCACTAGCAATTTTTTGAGCAGTTTCTTTATTATCACCCGTGAGCATAACAGGGGTAATTCCTTGGGCTAATAAACCATT > SRR13214403.1907850/1‑150 (MQ=60)
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CTTTCACAATTTCTGCTTTATCTTCAGGTTTTAATTCCGCTCTAAATTCGGGAATATTTAGTGCACTAGCAATTTTTTTAGCAGTTTCTTTATTATCACCCGTGAGCATAACAGGGGTAATTCCTTGGGCTAATAAACCATTAATAAAGG > SRR13214403.2330342/1‑150 (MQ=60)
CTTTCACAATTTCTGCTTTATCTTCAGGTTTTAATTCCGCTCTAAATTCGGGAATATTTAGTGCACTAGCAATTTTTTTAGCAGTTTCTTTATTATCACCCGTGAGCATAACAGGGGTAATTCCTTGGGCTAATAAACCATTAATAAAGG > SRR13214403.4533537/1‑150 (MQ=60)
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TTTCACAATTTCTGCTTTATCTTCAGGTTTTAATTCCGCTCTAAATTCGGGAATATTTAGTGCACTAGCAATTTTTTGAGCAGTTTCTTTATTATCACCCGTGAGCATAACAGGGGTAATTCCTTGGGCTAATAAACCATTAATAAAGGC > SRR13214403.2414250/1‑150 (MQ=60)
TTTCACAATTTCTGCTTTATCTTCAGGTTTTAATCCCGCTCTAAATTCGGGAATATTTAGTGCACTAGCAATTTTTTGAGCAGTTTCTTTATTATCACCCGTGAGCATAACAGGGGTAATTCCTTGGGCTAATAAACCATTAATAAAGGC < SRR13214403.4058136/150‑1 (MQ=60)
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TTCTGCTTTATCTTCAGGTTTTAATTCCGCTCTAAATTCGGGAATATTTAGTGCACTAGCAATTTTTTGAGCAGTTTCTTTATTATCACCCGTGAGCATAACAGGGGTAATTCCTTGGGCTAATAAACCATTAATAAAGGCTTTgacgtt < SRR13214403.383845/150‑7 (MQ=60)
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TCTGCTTTATCTTCAGGTTTTAATTCCGCTCTAAATTCGGGAATATTTAGTGCACTAGCAATTTTTTGAGCAGTTTCTTTATTATCACCCGTGAGCATAACAGGGGTAATTCCTTGGGCTAATAAACCATTAATAAAGGCTTTCGCGTCT < SRR13214403.3300055/150‑1 (MQ=60)
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TGCTTTATCTTCAGGTTTTAATTCCGCTCTAAATTCGGGAATATTTAGTGCACTAGCAATTTTTTGAGCAGTTTCTTTATTATCACCCGTGAGCATAACAGGGGTAATTCCTTGGGCTAATAAACCATTAATAAAGGCTTTCGCGTCTGC > SRR13214403.2628336/1‑150 (MQ=60)
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AGCAGTTGCAAGAGCTGGGGAATCATTGACACCATCACCAATGAAAAGCACGCCGGCTTTCTTTTGGTACTCTTTCACAATTTCTGCTTTATCTTCAGGTTTTAATTCCGCTCTAAATTCGGGAATATTTAGTGCACTAGCAATTTTTTTAGCAGTTTCTTTATTATCACCCGTGAGCATAACAGGGGTAATTCCTTGGGCTAATAAACCATTAATAAAGGCTTTCGCGTCTGCTTTAGGAGAATCTCCTAAGGCAATAAATCCTAAAACATCTTGTTGTTCATTGATTAGGAAAGATA > CP043523/479729‑480027
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
