Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
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Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F250 I1 R1
|
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150.0 |
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N/A
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BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 453 total aligned reads displayed.
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|
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TGATTGTGATGATGCTCAGACATCATTTCTTCGTGATTAGACGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTGTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATT < SRR13214403.3049010/150‑1 (MQ=60)
TGATTATGATGATGCTCAGACATCATTTCATCGTGATTAGACGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATT < SRR13214403.962730/150‑1 (MQ=60)
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GATTGTGATGATGCTCAGACATCATTTCTTCGTGATTAGACGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTC > SRR13214403.4217694/1‑150 (MQ=60)
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cggtggtcgccgtATCATTTCTTCGTGATTAGACGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAAT > SRR13214403.3323393/14‑150 (MQ=60)
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TGATGCTCAGACATCATTTCATCGTGATTAGACGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGCTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATA > SRR13214403.51491/1‑150 (MQ=60)
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ATGCTCAGACATCATTTCTTCGTGATTAGACGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTT > SRR13214403.3806662/1‑150 (MQ=60)
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TTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAAT < SRR13214403.2326068/150‑1 (MQ=60)
TTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAACTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAAT < SRR13214403.895734/150‑1 (MQ=60)
TTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATG < SRR13214403.400126/150‑1 (MQ=60)
TTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATG > SRR13214403.4123601/1‑150 (MQ=60)
TATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAACTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTTAATGT > SRR13214403.459281/1‑150 (MQ=60)
TATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAACTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGT > SRR13214403.3538462/1‑150 (MQ=60)
TTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGA > SRR13214403.2205749/1‑150 (MQ=60)
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TTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgggt < SRR13214403.111546/150‑51 (MQ=52)
TTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAACTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGAGAGA < SRR13214403.732857/150‑1 (MQ=60)
TTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAACTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGAGAGA < SRR13214403.749185/150‑1 (MQ=60)
CATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgggtttaa > SRR13214403.307716/1‑96 (MQ=49)
CATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgggtttaa < SRR13214403.4615161/150‑55 (MQ=49)
CATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgggtttaa > SRR13214403.2562185/1‑96 (MQ=49)
ATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgggttttat < SRR13214403.4393729/150‑56 (MQ=50)
TTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgggtttaatg < SRR13214403.1278521/150‑57 (MQ=50)
TGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgggtttaatgtt < SRR13214403.2474508/150‑59 (MQ=49)
GTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgggtttaatgttt > SRR13214403.478397/1‑91 (MQ=47)
GTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgggtttaatgttt > SRR13214403.1977073/1‑91 (MQ=47)
TAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgggtttaatgtttt < SRR13214403.3421275/150‑61 (MQ=46)
AAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAACTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGAGAGAATAAATGAAA > SRR13214403.1037918/1‑150 (MQ=60)
AAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgggtttaatgtttta > SRR13214403.863448/1‑89 (MQ=44)
AAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgggtttaatgtttta > SRR13214403.2652231/1‑89 (MQ=44)
AACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgggtttaatgttttat < SRR13214403.3028135/150‑63 (MQ=42)
AACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcggctttaatgttttat > SRR13214403.4382647/1‑88 (MQ=42)
ACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgggtttaatgttttata > SRR13214403.670670/1‑87 (MQ=40)
TATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAACTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGAGAGAATAAATGAAAAAAA > SRR13214403.594063/1‑150 (MQ=60)
TATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgggtttaatgttttatatt > SRR13214403.2355917/1‑85 (MQ=37)
ATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgggtttaatgttttatattg < SRR13214403.975906/150‑67 (MQ=35)
ATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgggtttaatgttttatattg > SRR13214403.150485/1‑84 (MQ=35)
ATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgggtttaatgttttatattg < SRR13214403.756865/150‑67 (MQ=35)
ATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgggtttaatgttttatattg > SRR13214403.3797791/1‑84 (MQ=35)
ATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATCGCGATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGAGAGAATAAATGAAAAAAAT > SRR13214403.4476278/1‑150 (MQ=60)
TCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAACTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGAGAGAATAAATGAAAAAAATA > SRR13214403.4261592/1‑150 (MQ=60)
CAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAACTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGAGAGAATAAATGAAAAAAATAC < SRR13214403.2636609/150‑1 (MQ=60)
AAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAACTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGAGAGAATAAATGAAAAAAATACG < SRR13214403.1801921/150‑1 (MQ=60)
AAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAACTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGAGAGAATAAATGAAAAAAATACG < SRR13214403.4395717/150‑1 (MQ=60)
AAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAACTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGAGAGAATAAATGAAAAAAATACGG < SRR13214403.3549771/150‑1 (MQ=60)
CAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAACTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGAGAGAATAAATGAAAAAAATACGGCCAG < SRR13214403.2922023/150‑1 (MQ=60)
AGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACACAATAATAACTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGAGAGAATAAATGAAAAAAATACGGCCAGAA < SRR13214403.4172157/150‑1 (MQ=60)
AGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACACAATAATAACTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGAGAGAATAAATGAAAAAAATACGGCCAGAA < SRR13214403.4175351/150‑1 (MQ=60)
GGAAAAAAGTTGTATTGTATAAATATTACAAAATAATAACTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGAGAGAATAAATGAAAAAAATACGGCCAGAAG < SRR13214403.3724634/150‑1 (MQ=60)
GAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAACTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGAGAGAATAAATGAAAAAAATACGGCCAGAAGT < SRR13214403.562564/150‑1 (MQ=60)
AAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAACTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGAGAGAATAAATGAAAAAAATACGGCCAGAAGTG < SRR13214403.2198293/150‑1 (MQ=60)
AAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAACTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGAGAGAATAAATGAAAAAAATACGGCCAGAAGTGACT > SRR13214403.4046507/1‑150 (MQ=60)
GCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAACTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGAGAGAATAAATGAAAAAAATACGGCCAGAAGTGACTACT < SRR13214403.2835054/150‑1 (MQ=60)
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TATTTCATGATTATGATGATGCTCAGACATCATTTCATCGTGATTAGACGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAACTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGAGAGAATAAATGAAAAAAATACGGCCAGAAGTGACTACT > CP043523/481442‑481740
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
