Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F250 I1 R1
|
466 |
525.0 |
9216842 |
90.5% |
8341242 |
150.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 487 total aligned reads displayed.
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|
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CGACGAATAAATTCCGCTAGTTTAAGATCAACAATAAGTGGTATTGTCAGTAACTTTTGTGATAAAAAAGGCAGTCGTAATTGCTCAATAAGTCGTCCTTGACCAAAAGGGATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTCCCACGCAAATCT < SRR13214403.2817752/150‑1 (MQ=60)
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AAGGCAGTCGTAATTGCTCAATAAGTCGTCCTTCCCCAAAAGGAATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTTCCACGCAAATCTTCATGAATCAGGGATTTTAATCTCATCTTCTGAGCTTTGAAATCTAACTCCCAATACTAGAAACCTC > SRR13214403.2198924/1‑150 (MQ=60)
AGGCAGTCGTAATTGCTCAATAAGTCGTCCTTGACCAAAAGGGATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTCCCACGCAAATCTTCATGAATCAGTGTCTTCAATCTCAGCTTCTGAGTTTTAAAATCTAATTCCCAATAATAGAAACggtt < SRR13214403.505873/150‑5 (MQ=60)
GGCAGTCGTAATTGCTCAATAAGTCGTCCTTGACCAAAAGGGATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTCCCACGCAAATCTTCATGAATCAGTGTCTTCAATCTCAGCTTCTGAGTTTTAAAATCTAATTCCCAATAATAGAAACggttc < SRR13214403.687465/150‑6 (MQ=60)
CAGTCGTAATTGCTCAATAAGTCGTCCTTCCCCAAAAGGAATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTTCCACGCAAATCTTCATGAATCAGGGATTTTAATCTCATCTTCTGAGCTTTGAAATCTAACTCCCAATAATAGAAACCTCTATT > SRR13214403.1044636/1‑150 (MQ=60)
CAGTCGTAATTGCTCAATAAGTCGTCCTTCCCCAAAAGGAATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTTCCACGCAAATCTTCATGAATCAGGGATTTTAATCTCATCTTCTGAGCTTTGAAATCTAACTCCCAATAATAGAAACCTCTATT > SRR13214403.2039952/1‑150 (MQ=60)
AGTCGTAATTGCTCAATAAGTCGTCCTTCCCCAAAAGGAATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTTCCACGCAAATCTTCATGAATCAGGGATTTTAATCTCATCTTCTGAGCTTTGAAATCTAACTCCCAATAATAGAAACCTCTATTT > SRR13214403.3464201/1‑150 (MQ=60)
GTCGTAATTGCTCAATAAGTCGTCCTTGACCAAAAGGGATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTCCCACGCAAATCTTCATGAATCAGTGTCTTCAATCTCAGCTTCTGAGTTTTAAAATCTAATTCCCAATAATAGAAACggttctgtt < SRR13214403.1124783/150‑10 (MQ=60)
GTCGTAATTGCTCAATAAGTCGTCCTTGACCAAAAGGGATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTCCCACGCAAATCTTCATGAATCAGTGTCTTCAATCTCAGCTTCTGAGTTTTAAAATCTAATTCCCAATAATAGAAACggttctgtt < SRR13214403.1252084/150‑10 (MQ=60)
GTAATTGCTCAATAAGTCGTCCTTCCCCAAAAGGAATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTTCCACGCAAATCTTCATGAATCAGGGATTTTAATCTCATCTTCTGAGCTTTGAAATCTAACTCCCAATAATAGAAACCTCTATTTTCTG > SRR13214403.1411368/1‑150 (MQ=60)
GTAATTGCTCAATAAGTCGTCCTTCCCCAAAAGGAATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTTCCACGCAAATCTTCATGAATCAGGGATTTTAATCTCATCTTCTGAGCTTTGAAATCTAACTCCCAATAATAGAAACCTCTATTTTCTG > SRR13214403.2983139/1‑150 (MQ=60)
GTAATTGCTCAATAAGTCGTCCTTCCCCAAAAGGAATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTTCCACGCAAATCTTCATGAATCAGGGATTTTAATCTCATCTTCTGAGCTTTGAAATCTAACTCCCAATAATAGAAACCTCTATTTTCTG > SRR13214403.2001944/1‑150 (MQ=60)
TAATTGCTCAATAAGTCGTCCTTGACCAAAAGGGATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTCCCACGCAAATCTTCATGAATCAGTGTCTTCAATCTCAGCTTCTGAGTTTTAAAATCTAATTCCCAATAATAGAAACggttctgttgcaa < SRR13214403.4342515/150‑14 (MQ=60)
AATTGCTCAATAAGTCGTCCTTCCCCAAAAGGAATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTTCCACGCGAATCTTCATGAATCAGGGATTTTAATCTCATCTTCTGAGCTTTGAAATCTAACTCCCAATAATAGAAACCTCTATTTTCTGAA < SRR13214403.3034904/150‑1 (MQ=60)
ATTGCTCAATAAGTCGTCCTTGACCAAAAGGGATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTCCCACGCAAATCTTCATGAATCAGTGTCTTCAATCTCAGCTTCTGAGTTTTAAAATCTAATTCCCAATAATAGAAACggttctgttgcaaag > SRR13214403.2663415/1‑135 (MQ=60)
ATTGCTCAATAAGTCGTCCTTCCCCAAAAGGAATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTTCCACGCAAATCTTCATGAATCAGGGATTTTAATCTCATCTTCTGAGCTTTGAAATCTAACTCCCAATAATAGAAACCTCTATTTTCTGAAA > SRR13214403.1420493/1‑150 (MQ=60)
ATTGCTCAATAAGTCGTCCTTCCCCAAAAGGAATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTTCCACGCAAATCTTCATCAATCAGGGATTTTAATCTCATCTCCTGAGCTTTGAAATCTAACTCCCAATAATAGAAACCTCTATCTTCTGAAA > SRR13214403.2577893/1‑150 (MQ=60)
TGCTCAATAAGTCGTCCTTCCCCAAAAGGAATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTTCCACGCAAATCTTCATGAATCAGGGATTTTAATCTCATCTTCTGAGCTTTGAAATCTAACTCCCAATAATAGAAACCTCTATTTTCTGAAAAA < SRR13214403.4403001/150‑1 (MQ=60)
TCAATAAGTCGTCCTTCCCCAAAAGGAATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTTCCACGCAAATCTTCATGAATCAGGGATTTTAATCTCATCTTCTGAGCTTTGAAATCTAACTCCCAATAATAGAAACCTCTATTTTCTGAAAAATAG > SRR13214403.2312480/1‑150 (MQ=60)
TCAATAAGTCGTCCTTCCCCAAAAGGAATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTTCCACGCAAATCTTCATGAATCAGGGATTTTAATCTCATCTTCTGAGCTTTGAAATCTAACTCCCAATAATAGAAACCTCTATTTTCTGAAAAATAG < SRR13214403.4326924/150‑1 (MQ=60)
CAATAAGTCGTCCTTCCCCAAAAGGAATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTTCCACGCAAATCTTCATGAATCAGGGATTTTAATCTCATCTTCTGAGCTTTGAAATCTAACTCCCAATAATAGAAACCTCTATTTTCTGAAAAATAGA > SRR13214403.826179/1‑150 (MQ=60)
CAATAAGTCGTCCTTCCCCAAAAGGAATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTTCCACGCAAATCTTCATGAATCAGGGATTTTAATCTCATCTTCTGAGCTTTGAAATCTAACTCCCAATAATAGAAACCTCTATTTTCTGAAAAATAGA > SRR13214403.3612551/1‑150 (MQ=60)
CAATAAGTCGTCCTTCCCCAAAAGGAATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTTCCACGCAAATCTTCATGAATCAGGGATTTTAATCTCATCTTCTGAGCTTTGAAATCTAACTCCCAATAATAGAAACCTCTATTTTCTGAAAAATAGA > SRR13214403.519737/1‑150 (MQ=60)
ATAAGTCGTCCTTGACCAAAAGGGATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTCCCACGCAAATCTTCATGAATCAGTGTCTTCAATCTCAGCTTCTGAGTTTTAAAATCTAATTCCCAATAATAGAAACggttctgttgcaaagttttctga < SRR13214403.1305304/150‑24 (MQ=60)
ATAAGTCGTCCTTCCCCAAAAGGAATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTTCCACGCAAATCTTCATGAATCAGGGATTTTAATCTCATCTTCTGAGCTTTGAAATCTAACTCCCAATAATAGAAACCTCTATTTTCTGAAAAATAGACT < SRR13214403.4617064/150‑1 (MQ=60)
TAAGTCGTCCTTGACCAAAAGGGATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTCCCACGCAAATCTTCATGAATCAGTGTCTTCAATCTCAGCTTCTGAGTTTTAAAATCTAATTCCCAATAATAGAAACggttctgttgcaaagttttctgat > SRR13214403.2760317/1‑126 (MQ=60)
AGTCGTCCTTGACCAAAAGGGATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTCCCACGCAAATCTTCATGAATCAGTGTCTTCAATCTCAGCTTCTGAGTTTTAAAATCTAATTCCCAATAATAGAAACggttctgttgcaaagttttctgataa > SRR13214403.1107257/1‑124 (MQ=60)
AGTCGTCCTTCCCCAAAAGGAATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTTCCACGCAAATCTTCATGAATCAGGGATTTTAATCTCATCTTCTGAGCTTTGAAATCTAACTCCCAATAATAGAAACCTCTATTTTCTGAAAAATAGACTAGA > SRR13214403.3993936/1‑150 (MQ=60)
CGTCCTTCCCCAAAAGGAATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTTCCACGCAAATCTTCATGAATCAGGGATTTTAATCTCATCTTCTGAGCTTTGAAATCTAACTCCCAATAATAGAAACCTCTATTTTCTGAAAAATAGACTAGATTT < SRR13214403.781322/150‑1 (MQ=60)
GTCCTTGACCAAAAGGGATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTCCCACGCAAATCTTCATGAATCAGTGTCTTCAATCTCAGCTTCTGAGTTTTAAAATCTAATTCCCAATAATAGAAACggttctgttgcaaagttttctgataagtct < SRR13214403.3370614/150‑31 (MQ=60)
GTCCTTCCCCAAAAGGAATTTCTTCGTGTAAATAAATAATTTTTCCACGCAAATCTTCATGAATCAGGGATTTTAATCTCATCTTCTGAGCTTTGAAATCTAACTCCCAATAATAGAATCCTCTATTTTCTGAAAAATAGACTAGATTTT < SRR13214403.1383990/150‑1 (MQ=60)
TCCTTGACCAAAAGGGATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTCCCACGCAAATCTTCATGAATCAGTGTCTTCAATCTCAGCTTCTGAGTTTTAAAATCTAATTCCCAATAATAGAAACggttctgttgcaaagttttctgataagtcta < SRR13214403.247629/150‑32 (MQ=60)
CCTTCCCCAAAAGGAATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTTCCACGCAAATCTTCATGAATCAGGGATTTTAATCTCATCTTCTGAGCTTTGAAATCTAACTCCCAATAATAGAAACCTCTATTTTCTGAAAAATAGACTAGATTTTTT > SRR13214403.2867909/1‑150 (MQ=60)
TTCCCCAAAAGGAATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTTCCACGCAAATCTTCATGAATCAGGGATTTTAATCTCATCTTCTGAGCTTTGAAATCTAACTCCCAATAATAGAAACCTCTATTTTCTGAAAAATAGACTAGATTTTTTTG < SRR13214403.3757993/150‑1 (MQ=60)
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ATATTTTTCCTGAAGTTTCAACCATTTTGGTGAACAATAATAAAGTTGCCGACGAATAAATTCCGCTAGTTTAAGATCAACAATAAGTGGTATTGTCAGTAACTTTTGTGATAAAAAAGGCAGTCGTAATTGCTCAATAAGTCGTCCTTCCCCAAAAGGAATTTCTTCTTGTAAATAAATAATTTTTCCACGCAAATCTTCATGAATCAGGGATTTTAATCTCATCTTCTGAGCTTTGAAATCTAACTCCCAATAATAGAAACCTCTATTTTCTGAAAAATAGACTAGATTTTTTTG > CP043523/1319251‑1319547
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
